Algéria több évig közvetlen katonai uralom alatt állt, amelynek során a párt a háború első részében továbbra is ellenzékben maradt a kormánnyal szemben, nevezetesen 1995-ben, aláírva a Sant ‘ Egidio Platform, amely rendkívül kritikus volt a katonai létesítmény iránt. A belső hatalmi harcok és a vezetőváltás után visszatért az elnökség támogatásához. A hivatalos demokrácia helyreállítása után az FLN kezdetben nem tudta visszanyerni kiemelkedő pozícióját; az 1997-es parlamenti választásokon a harmadik legnagyobb pártként jelent meg, a Szavazatok 14%-át megszerezve 69-et nyert a 231 mandátumból. A 2002-es választásokon azonban földcsuszamlás győzelmet aratott, 199 mandátumot nyert a 389 mandátumból.
a párt Ali Benflist jelölte a 2004-es elnökválasztás jelöltjeként. A hivatalban lévő Abdelaziz Bouteflika második helyezettjeként végzett, de a szavazatok csak 6,4% – át kapta. 2005-ben az FLN elnöki szövetséget kötött a Nemzeti Rally for Democracy (RND) és a társadalom a békéért (MSP) mozgalommal.
a 2007-es parlamenti választásokon az FLN 163 mandátumra csökkent, bár az FLN-ek Abdelaziz Belkhadem miniszterelnök maradt. Bouteflika volt a párt jelöltje a 2009-es elnökválasztás, amelyet a szavazatok 90% – ával nyert meg.
2012-ben az MSP kilépett az elnöki szövetségből és csatlakozott a zöld Algéria Szövetséghez. Ennek ellenére az FLN továbbra is a legnagyobb párt maradt a 2012-es parlamenti választások, 208-at nyert a 462 mandátumból. Bouteflikát újraválasztották a FLN jegy a 2014-es elnökválasztás a szavazatok 82% – ával. Az idős és gyengélkedő Bouteflikát széles körben pusztán frontembernek tekintik annak, amit gyakran “árnyékos” tábornokok és hírszerző tisztek csoportjának neveznek, amelyet az algériaiak együttesen le pouvoir (“a hatalom”) néven ismernek, és amelynek egyes tagjait d-dccideurs-nak hívják, az Economist 2012-ben írta: “az ország leghatalmasabb embere Mohamed Medi-Dcccideurs, más néven Toufiq, aki két évtizede vezette a katonai hírszerzést”. Általános Mohamed Medi Ons, a vezető katonai hírszerzés 1990-től 2015 – ig volt ismert, hogy a vezető d ‘DAC-cicideur belül le pouvior és az ő titoktartás a The Economist jelentési szeptember 21-én 2013:” annak ellenére, hogy vezető szerepet legyőzte az Iszlám militánsok egy brutális polgárháború között 1991 és 2000, és a kevésbé nyilvános szerepe, mint királycsináló a pouvoir, Általános Mediene arca ismeretlen marad; azt mondják, hogy bárki, aki látta lejár hamarosan.”Szeptember 13-án 2015-ben bejelentették, hogy a Medi Enterprises visszavonul, és Bouteflika elnök kinevezte Általános Athmane Tartag, hogy sikerül neki. Mediuplin elbocsátását a Bouteflika-val folytatott hosszú “kulisszák mögötti hatalmi harc” csúcspontjának tekintették, így az utóbbi teljes mértékben felelős volt, és több hatalmat adott neki, hogy meghatározza saját utódját.
a 2017-es parlamenti választásokon az FLN 164 mandátumot nyert a 462 mandátumból, így 44 mandátumot veszített; az RND jó teljesítményének köszönhetően (amely 100 helyet nyert) az elnöki Szövetség képes volt fenntartani a parlamenti többséget és továbbra is uralni az országot.
kapcsolat a zsidó Algériaiakkal
Az Algériai zsidók francia állampolgárságot kaptak az 1870-ben kezdődő gyarmati korszakban, míg a muszlimok megtagadták az állampolgárságot. Az Algériai zsidókat a francia-muszlim kapcsolatok közvetítőjének tekintették; a muszlimok nevében az állampolgárság hiánya azonban feszültséget okozott a két csoport között. Az algériai háború alatt a zsidók úgy érezték, hogy kénytelenek választani; vagy algériaiak voltak, és az FLN-vel harcoltak a függetlenségért, vagy franciák voltak, és harcoltak a franciákkal, hogy Algériát kolóniaként tartsák. Az algériai háború kezdetén az FLN felajánlotta a zsidóknak, hogy csatlakozzanak erőfeszítéseikhez, cserébe a zsidók Algériai állampolgárságot kapnak, amikor Algéria elnyerte függetlenségét. Az Algériai zsidók többsége a francia kormány oldalára állt, az FLN és támogatóik legnagyobb megdöbbenésére. A háború folyamán az algériai zsidók úgy érezték, mintha az FLN a zsidókat célozná meg, nem csak az Algériában élő franciákat. Ez fokozta a feszültséget a zsidók és a muzulmánok között a térségben. A háború után az algériai állampolgárságot csak azokra a muszlimokra terjesztették ki, akiknek apja és nagyapja muszlim volt abban az időben, amikor az FLN elnyerte függetlenségét a francia kormánytól. Az algériai zsidókat már nem tekintették Algériainak, de továbbra is megtartották a francia állampolgárságot. Francia állampolgárságukkal Az Algériai zsidók többsége úgy döntött, hogy kivándorol Franciaországba, kis számú zsidó úgy döntött, hogy kivándorol Izraelbe, és még kisebb számú zsidó úgy döntött, hogy Algériában marad az FLN uralma alatt.