prima și a doua republici
discordia și violența au marcat Burundi de la independență. Deși vărsarea de sânge nu a avut loc la scara văzută în Rwanda, conflictul etnic a dus la sute de mii de morți și sute de mii de oameni strămutați din casele lor. Primul incident nu a avut loc decât în ianuarie 1965, când Pierre Ngendandumwe, un Hutu, a preluat funcția de prim-ministru pentru a doua oară, la cererea monarhului constituțional, Mwami Mwambutsa. Ngendandumwe a fost asasinat de un pistolar Tutsi pe 15 ianuarie, înainte de a avea șansa de a înființa un guvern. Joseph Bamina, un alt Hutu, a servit apoi ca prim-ministru până când alegerile ar putea avea loc mai târziu în acel an. Deși alegerile au dat Hutu o majoritate clară de locuri în Adunarea Națională, Mwambutsa a ignorat rezultatele și a numit un Tutsi—l Biha, secretarul său privat—prim-ministru. Mwambutsa a insistat că puterea va continua să se odihnească cu coroana, chiar și atunci când a ales să părăsească țara după o lovitură de stat nereușită condusă de un grup de ofițeri Hutu în octombrie; el a decretat că fiul său, Prințul Charles Ndizeyeto, urma să domnească în absența sa.
controlul Burundi a căzut complet în mâinile Tutsi înainte de sfârșitul anului următor. După lovitura de stat abortivă, aproximativ 34 de ofițeri Hutu au fost executați, iar controlul Tutsi a fost consolidat în continuare când Michel Micombero a fost numit prim-ministru în iulie 1966. Tutsi-Bahima din provincia Bururi, Micombero a jucat un rol cheie în contracararea loviturii de Stat din 1965 și în organizarea revoltelor anti-Hutu în mediul rural. Tot în iulie 1966, Mwambutsa a fost destituit de fiul său, care a început ceea ce avea să fie o domnie extrem de scurtă, deoarece el însuși a fost destituit de politicienii Tutsi în noiembrie. Odată cu răsturnarea formală a monarhiei și proclamarea formală a Primei Republici (cu Micombero ca președinte), ultimul obstacol în calea dominației Tutsi a fost înlăturat.
niciun alt eveniment nu a discreditat mai mult Prima Republică decât crimele genocide comise împotriva comunității Hutu în aprilie și mai 1972. Deși Hutu a ucis inițial aproximativ 2.000 de Tutsi, în cele din urmă aproximativ 100.000 până la 200.000 de Hutu au fost uciși, precum și alți 10.000 de Tutsi. Masacrul a luat viața a aproximativ 5 la sută din populație și a eliminat practic toți Hutu educați, precum și a provocat mai mult de 100.000 de Hutu să fugă din țară. Pe lângă crearea de ură profundă și durabilă de ambele părți ale diviziunii etnice, evenimentele din 1972 au devenit sursa unei tensiuni considerabile în cadrul minorității Tutsi, deschizând astfel calea pentru răsturnarea lui Micombero în 1976 și apariția a doua republică sub președinția lui Jean-Baptiste Bagaza. Deși el însuși un Tutsi-Bahima din Bururi (ca Micombero), Bagaza și-a propus să revigoreze UPRONA la o scară fără precedent. În același timp, s-au făcut toate eforturile pentru a aduce Biserica Romano-Catolică ferm sub controlul statului, deoarece guvernul controlat de Tutsi credea că politicile Bisericii favorizează Hutu. Ca urmare a eforturilor guvernului, activitățile bisericii au fost reprimate.