de första och andra republikerna
oenighet och våld har markerat Burundi sedan självständigheten. Även om blodsutgjutelse inte har inträffat på den skala som ses i Rwanda, etnisk konflikt har resulterat i hundratusentals dödsfall och hundratusentals människor som fördrivits från sina hem. Den första händelsen inträffade först i januari 1965, då Pierre Ngendandumwe, en Hutu, tillträdde som premiärminister för andra gången, på begäran av den konstitutionella monarken, Mwami Mwambutsa. Ngendandumwe mördades av en Tutsi gunman Januari 15, innan han hade en chans att upprätta en regering. Joseph Bamina, en annan Hutu, tjänade sedan som premiärminister tills val kunde hållas senare samma år. Även om valen gav Hutu en klar majoritet av platserna i nationalförsamlingen, ignorerade Mwambutsa resultaten och utsåg en Tutsi—l Brasiliopold Biha, hans privata sekreterare—premiärminister. Mwambutsa insisterade på att makten skulle fortsätta att vila med kronan, även när han valde att lämna landet efter en misslyckad kupp ledd av en grupp Hutu officerare i oktober; han bestämde att hans son, prins Charles Ndizeyeto, skulle regera i hans frånvaro.
kontrollen över Burundi föll helt i händerna på Tutsi före slutet av nästa år. Efter den misslyckade kuppen avrättades cirka 34 hutu-officerare och Tutsi-kontrollen stärktes ytterligare när Michel Micombero utsågs till premiärminister i juli 1966. En Tutsi-Bahima från Bururi-provinsen, Micombero hade spelat en nyckelroll för att motverka kuppen 1965 och för att organisera anti-Hutu-upplopp på landsbygden. Även i juli 1966 avsattes Mwambutsa av sin son, som började vad som skulle bli en extremt kort regeringstid, eftersom han själv avsattes av Tutsi-politiker i November. Med monarkins formella störning och den första Republikens formella proklamation (med Micombero som president) avlägsnades det sista hindret i Tutsi-dominansens väg.
ingen annan händelse kastade större diskreditering på den första republiken än de folkmordsmord som begåtts mot Hutu-samhället i April och maj 1972. Även om Hutu ursprungligen dödade cirka 2000 Tutsi, uppskattades slutligen 100 000 till 200 000 Hutu, liksom ytterligare 10 000 Tutsi. Blodbadet tog livet av cirka 5 procent av befolkningen och eliminerade praktiskt taget alla utbildade Hutu, samt orsakade mer än 100 000 Hutu att fly från landet. Förutom att skapa djupt och varaktigt hat på båda sidor av den etniska klyftan blev händelserna 1972 källan till betydande spänningar inom Tutsi-minoriteten, vilket banade väg för störtandet av Micombero 1976 och tillkomsten av andra republiken under ordförandeskapet för Jean-Baptiste Bagaza. Även om han själv var en Tutsi-Bahima från Bururi (som Micombero), satte Bagaza sig för att återuppliva UPRONA i en aldrig tidigare skådad skala. Samtidigt gjordes alla ansträngningar för att få den Romersk-katolska kyrkan ordentligt under statens kontroll, eftersom den Tutsi-kontrollerade regeringen trodde att kyrkans politik gynnade Hutu. Som ett resultat av regeringens ansträngningar undertrycktes kyrkans verksamhet.