Les Première et Deuxième républiques
La discorde et la violence ont marqué le Burundi depuis son indépendance. Bien que les effusions de sang ne se soient pas produites à l’échelle observée au Rwanda, les conflits ethniques ont fait des centaines de milliers de morts et des centaines de milliers de personnes ont été déplacées de leurs foyers. Le premier incident n’a eu lieu qu’en janvier 1965, lorsque Pierre Ngendandumwe, un Hutu, a pris ses fonctions de premier ministre pour la deuxième fois, à la demande du monarque constitutionnel, Mwami Mwambutsa. Ngendandumwe a été assassiné par un tireur tutsi le 15 janvier, avant qu’il n’ait eu l’occasion d’établir un gouvernement. Joseph Bamina, un autre Hutu, a ensuite été premier ministre jusqu’à ce que des élections puissent avoir lieu plus tard dans l’année. Bien que les élections aient donné aux Hutus une nette majorité de sièges à l’Assemblée nationale, Mwambutsa a ignoré les résultats et nommé un Tutsi — Léopold Biha, son secrétaire—premier ministre particulier. Mwambutsa a insisté sur le fait que le pouvoir continuerait de reposer sur la Couronne, même lorsqu’il a choisi de quitter le pays après un coup d’État infructueux mené par un groupe d’officiers hutus en octobre; il décréta que son fils, le prince Charles Ndizeyeto, devait régner en son absence.
Le contrôle du Burundi tomba complètement aux mains des Tutsis avant la fin de l’année suivante. Après le coup d’État avorté, quelque 34 officiers hutus ont été exécutés, et le contrôle des Tutsis a encore été renforcé lorsque Michel Micombero a été nommé premier ministre en juillet 1966. Un Tutsi-Bahima de la province de Bururi, Micombero avait joué un rôle clé dans la lutte contre le coup d’État de 1965 et dans l’organisation d’émeutes anti-hutu dans les campagnes. Toujours en juillet 1966, Mwambutsa a été déposé par son fils, qui a commencé ce qui devait être un règne extrêmement court, car lui-même a été déposé par des politiciens tutsis en novembre. Avec le renversement formel de la monarchie et la proclamation officielle de la Première République (avec Micombero comme président), le dernier obstacle sur la voie de la domination tutsie a été levé.
Aucun autre événement n’a jeté plus de discrédit sur la Première République que les massacres génocidaires perpétrés contre la communauté hutu en avril et mai 1972. Bien que les Hutus aient initialement tué quelque 2 000 Tutsis, on estime qu’en fin de compte, entre 100 000 et 200 000 Hutus ont été tués, ainsi que 10 000 autres Tutsis. Le carnage a coûté la vie à environ 5% de la population et a pratiquement éliminé tous les Hutus éduqués, en plus de provoquer la fuite de plus de 100 000 Hutus du pays. En plus de créer une haine profonde et durable des deux côtés de la fracture ethnique, les événements de 1972 sont devenus la source de tensions considérables au sein de la minorité tutsie, ouvrant ainsi la voie au renversement de Micombero en 1976 et à l’avènement de la Deuxième République sous la présidence de Jean-Baptiste Bagaza. Bien que lui-même un Tutsi-Bahima de Bururi (comme Micombero), Bagaza a entrepris de revigorer l’UPRONA à une échelle sans précédent. Dans le même temps, tous les efforts ont été déployés pour placer l’Église catholique romaine fermement sous le contrôle de l’État, car le gouvernement contrôlé par les Tutsis pensait que la politique de l’Église favorisait les Hutus. À la suite des efforts du gouvernement, les activités de l’église ont été réprimées.