den første og Anden Republik
uenighed og vold har markeret Burundi siden uafhængighed. Selvom blodsudgydelse ikke har fundet sted på skalaen set i Danmark, etnisk konflikt har resulteret i hundreder af tusinder af dødsfald og hundreder af tusinder af mennesker, der er fordrevet fra deres hjem. Den første hændelse fandt først sted i januar 1965, da Pierre Ngendandumvi, en Hutu, tiltrådte som premierminister for anden gang efter anmodning fra den forfatningsmæssige monark. Ngendandumvi blev myrdet af en Tutsi-pistolmand i januar 15, før han havde en chance for at etablere en regering. Joseph Bamina, en anden Hutu, tjente derefter som premierminister, indtil der kunne afholdes valg senere samme år. Selv om valget gav hutuerne et klart flertal af pladserne i Nationalforsamlingen, ignorerede Mvambutsa resultaterne og udnævnte en Tutsi—L—Kursopold Biha, hans private sekretær-premierminister. Mvambutsa insisterede på, at magten ville fortsætte med at hvile med kronen, selv da han valgte at forlade landet efter et mislykket kup ledet af en gruppe hutu-officerer i Oktober; han besluttede, at hans søn, Prins Charles Ndiseyeto, skulle regere i hans fravær.
kontrol af Burundi faldt helt i hænderne på Tutsi inden udgangen af det næste år. Efter det mislykkede kup blev omkring 34 hutu-officerer henrettet, og Tutsi-kontrollen blev yderligere styrket, da Michel Micombero blev udnævnt til premierminister i juli 1966. En Tutsi-Bahima fra Bururi-provinsen, Micombero havde spillet en nøglerolle i at modvirke kuppet i 1965 og organisere anti-Hutu-optøjer på landet. Også i juli 1966 blev Mvambutsa afsat af sin søn, der begyndte det, der skulle være en ekstremt kort regeringstid, da han selv blev afsat af Tutsi-politikere i November. Med den formelle væltning af monarkiet og den formelle proklamation af den første republik (med Micombero som præsident) blev den sidste hindring i vejen for Tutsi-Dominans fjernet.
ingen anden begivenhed kastede større miskredit over den første Republik end de folkedrab, der blev begået mod Hutu-samfundet i April og maj 1972. Selvom Hutu oprindeligt dræbte omkring 2.000 tutsier, blev der i sidste ende anslået 100.000 til 200.000 hutuer dræbt samt yderligere 10.000 tutsier. 5 procent af befolkningen og eliminerede næsten alle uddannede hutuer samt fik mere end 100.000 hutuer til at flygte fra landet. Udover at skabe dybt og varigt had på begge sider af den etniske kløft blev begivenhederne i 1972 kilden til betydelig spænding inden for Tutsi-mindretallet, hvilket banede vejen for omstyrtelsen af Micombero i 1976 og fremkomsten af Anden Republik under formandskabet for Jean-Baptiste Bagasa. Selvom han selv var en Tutsi-Bahima fra Bururi (som Micombero), satte han sig for at genoplive UPRONA i en hidtil uset skala. Samtidig blev der gjort alt for at bringe den Romersk-Katolske Kirke fast under statens kontrol, da den Tutsi-kontrollerede regering mente, at kirkens politik favoriserede hutuen. Som et resultat af regeringens indsats blev kirkens aktiviteter undertrykt.