Die Erste und Zweite Republik
Zwietracht und Gewalt haben Burundi seit der Unabhängigkeit geprägt. Obwohl kein Blutvergießen in dem Ausmaß stattgefunden hat, wie es in Ruanda zu beobachten ist, haben ethnische Konflikte zu Hunderttausenden von Toten und Hunderttausenden von Menschen geführt, die aus ihren Häusern vertrieben wurden. Der erste Vorfall ereignete sich erst im Januar 1965, als Pierre Ngendandumwe, ein Hutu, auf Ersuchen des konstitutionellen Monarchen Mwami Mwambutsa zum zweiten Mal sein Amt als Premierminister antrat. Ngendandumwe wurde am 15.Januar von einem Tutsi-Schützen ermordet, bevor er die Chance hatte, eine Regierung zu bilden. Joseph Bamina, ein weiterer Hutu, diente dann als Premierminister, bis später in diesem Jahr Wahlen abgehalten werden konnten. Obwohl Wahlen den Hutu eine klare Mehrheit der Sitze in der Nationalversammlung gaben, ignorierte Mwambutsa die Ergebnisse und ernannte einen Tutsi—Léopold Biha, seinen Privatsekretär—Premierminister. Mwambutsa bestand darauf, dass die Macht weiterhin bei der Krone ruhen würde, Selbst als er sich entschied, das Land nach einem erfolglosen Putsch zu verlassen, der von einer Gruppe Hutu-Offiziere im Oktober angeführt wurde; er verfügte, dass sein Sohn, Prinz Charles Ndizeyeto, in seiner Abwesenheit regieren sollte.
Die Kontrolle über Burundi fiel vor Ende des nächsten Jahres vollständig in die Hände der Tutsi. Nach dem gescheiterten Putsch wurden etwa 34 Hutu-Offiziere hingerichtet, und die Tutsi-Kontrolle wurde weiter gestärkt, als Michel Micombero im Juli 1966 zum Premierminister ernannt wurde. Micombero, ein Tutsi-Bahima aus der Provinz Bururi, hatte eine Schlüsselrolle bei der Vereitelung des Putsches von 1965 und bei der Organisation von Anti-Hutu-Unruhen auf dem Land gespielt. Ebenfalls im Juli 1966 wurde Mwambutsa von seinem Sohn abgesetzt, der eine extrem kurze Regierungszeit begann, da er selbst im November von Tutsi-Politikern abgesetzt wurde. Mit dem formellen Sturz der Monarchie und der formellen Proklamation der Ersten Republik (mit Micombero als Präsident) wurde das letzte Hindernis auf dem Weg der Tutsi-Herrschaft beseitigt.
Kein anderes Ereignis brachte die Erste Republik mehr in Misskredit als die Völkermordmorde gegen die Hutu-Gemeinschaft im April und Mai 1972. Obwohl Hutu anfangs etwa 2.000 Tutsi töteten, wurden letztendlich schätzungsweise 100.000 bis 200.000 Hutu sowie weitere 10.000 Tutsi getötet. Das Gemetzel kostete etwa 5 Prozent der Bevölkerung das Leben und eliminierte praktisch alle gebildeten Hutu und veranlasste mehr als 100.000 Hutu, aus dem Land zu fliehen. Die Ereignisse von 1972 verursachten nicht nur tiefen und anhaltenden Hass auf beiden Seiten der ethnischen Kluft, sondern führten auch zu erheblichen Spannungen innerhalb der Tutsi-Minderheit und ebneten so den Weg für den Sturz von Micombero im Jahr 1976 und das Aufkommen der Zweiten Republik unter der Präsidentschaft von Jean-Baptiste Bagaza. Obwohl er selbst ein Tutsi-Bahima aus Bururi war (wie Micombero), machte sich Bagaza daran, die UPRONA in einem beispiellosen Ausmaß wiederzubeleben. Gleichzeitig wurden alle Anstrengungen unternommen, um die römisch-katholische Kirche fest unter die Kontrolle des Staates zu bringen, da die von Tutsi kontrollierte Regierung der Meinung war, dass die Politik der Kirche die Hutu begünstigte. Infolge der Bemühungen der Regierung wurden die Aktivitäten der Kirche unterdrückt.