ハーパーズ・フェリーは1732年にピーター・スティーブンスによって最初に入植され、1747年にロバート・ハーパーによって「不法占拠者の権利」が購入され、町の名前が付けられました。 1750年頃、ハーパーは町の現在の場所に125エーカー(0.5km2)の特許を与えられた。 1761年、ハーパーはポトマック川を渡ってフェリーを設立し、町をシェナンドー渓谷とさらに西に移動する開拓者の出発点とした。 1763年、バージニア州議会はハーパーズ-フェリーにシェナンドア滝の町を設立した。
1783年10月25日、トーマス・ジェファーソンはハーパーズ・フェリーを訪れた。 彼は今彼にちなんで命名されている岩から”青い尾根を介してポトマックの通路”を見ました。 ジェファーソンはこのサイトを「おそらく自然の中で最も巨大なシーンの1つ。”
ジョージ-ワシントンは、Patowmack Company（ポトマックとその支流の川の改良を完了するために結成された）の社長として、バイパス運河の必要性を判断するために1785年の夏にハーパーズ-フェリーに旅した。 1794年、ワシントンがこの地域に精通していたことから、新しいアメリカ合衆国の武器庫と武器庫のための場所を提案した。 ワシントンの家族の何人かがこの地域に移住し、大統領の最年少の兄弟であるチャールズ・ワシントンが南西に6マイルほど離れたチャールズ・タウン市を設立した。 ワシントン大統領の甥ルイス・ワシントン大佐は、1859年にジョン・ブラウンが襲撃した際に人質にされていた。
1796年、連邦政府はロバート-ハーパーの相続人から土地の小包を購入し、三年後、ハーパーズ-フェリーの米国の武器庫と武器庫の建設が始まりました。 南北戦争中に捕獲を防ぐために破壊された1801年から1861年の間に、武器庫は600,000以上のマスケット銃、ライフル、ピストルを生産しました。 工業化は1833年にチェサピーク&オハイオ運河がハーパーズ-フェリーに到達し、ワシントンD.C.と結ばれたときに続いた。 1年後、ボルチモア&オハイオ鉄道が町を通って列車の運行を開始した。
1859年10月16日、急進的な奴隷制度廃止運動家ジョン・ブラウンは21人の集団を率いて武器庫を襲撃した。 ブラウンとその部下は幾つかの建物を攻撃して捕獲し、捕獲された武器を使って南部全体で奴隷蜂起を開始することを望んでいた。 ジョン・ブラウンの部隊はすぐに地元市民と民兵に拘束され、武器庫に隣接するエンジンハウスに避難することを余儀なくされた。 ロバート-E中佐が率いるアメリカ海兵隊の偶発隊。 リーはエンジンハウスを襲撃し、襲撃者のほとんどを捕獲し、数人を殺し、一人の死傷者を被った。 ブラウンはバージニア州連邦に対する反逆罪で裁判にかけられ、有罪判決を受け、チャールズタウンで絞首刑に処された。 この襲撃は南北戦争の触媒であった。
南北戦争はハーパーズ・フェリーにとって悲惨なものであり、1861年から1865年の間に8回手を変えた。 1861年4月にバージニアが脱退したとき、アメリカ軍守備隊は武器庫を燃やして機械を破壊しようとし、南軍がそれを使用するのを阻止した。 地元の人々が装備を保存し、南軍は首都リッチモンドのより安全な場所に移した。 アメリカ軍はハーパーズ-フェリーでの武器生産を更新しなかった。
南北戦争が終わった後、1867年、ネイサン-クック-ブラケット牧師によってキャンプ-ヒルに歴史的にブラック-ストアーカレッジが設立された。 著名な卒業生には、ジャズの伝説のドン-レッドマンとナイジェリア連邦共和国の初代大統領、Nnamdi Azikiweが含まれています。 ストア・カレッジは1955年6月に閉鎖され、キャンパスは現在ハーパーズ・フェリー国立歴史公園の一部となっている。
1906年8月15日、作家で学者のW.E.B.Du Boisと政治活動家のWilliam Monroe Trotterが率いるナイアガラ運動は、Storer Collegeのキャンパスでアメリカの土壌に関する最初の会合を開 アフリカ系アメリカ人の公民権を確保するために開催された三日間の集会は、後にデュボアによって”アメリカ黒人がこれまでに開催した最大の会議の一つ”と表現された。”1911年に、ナイアガラ運動のメンバーは、より良いNAACPとして知られている着色された人々の進歩のための全国協会を形成するために他の人と参加しました。
1944年、町の大部分は国立公園局の一部となり、現在はハーパーズフェリー国立歴史公園として維持されている。 公園内にない町のすべての領域は、連邦政府が認めたハーパーズフェリー歴史地区内に含まれています。