Harpers Ferry ble først bosatt i 1732 Av Peter Stephens, hvis «husokkupant rettigheter» ble kjøpt i 1747 Av Robert Harper, for hvem byen ble navngitt. Rundt 1750 ble Harper gitt patent på 125 dekar (0,5 km2) på den nåværende plasseringen av byen. I 1761 etablerte Harper en ferge over Potomac-Elven, noe som gjorde byen til et utgangspunkt for bosettere som flyttet inn I Shenandoah Valley og videre vestover. I 1763 Etablerte Virginia General Assembly byen » Shenandoah Falls At Mr. Harpers Ferry.»
Den 25. oktober 1783 besøkte Thomas Jefferson Harpers Ferry. Han så «passasjen Av Potomac om Blue Ridge» fra en stein som nå er oppkalt etter ham. Jefferson kalte området » kanskje en av de mest overveldende scener i naturen.»
George Washington, som president For Patowmack Company (som ble dannet for å fullføre elveforbedringer På Potomac og dens sideelver), reiste til Harpers Ferry sommeren 1785 for å bestemme behovet for bypass-kanaler. I 1794 Fikk Washingtons kjennskap til området ham til å foreslå stedet for Et Nytt amerikansk arsenal. Noen Av Washingtons familie flyttet til området; Charles Washington, yngste fullbror Av Presidenten, grunnla Byen Charles Town, noen seks miles sørvest. President Washingtons tipp-tipp-nevø, Oberst Lewis Washington, ble holdt som gissel under john Browns raid i 1859.
i 1796 den føderale regjeringen kjøpt en pakke av land fra arvingene Til Robert Harper, og tre år senere, byggingen begynte PÅ DEN AMERIKANSKE Armory og Arsenal På Harpers Ferry. Mellom 1801 og 1861, da det ble ødelagt for å hindre fangst under Borgerkrigen, produserte armory mer enn 600 000 musketter, rifler og pistoler. Industrialiseringen fortsatte i 1833 da Chesapeake & Ohio Canal nådde Harpers Ferry og knyttet Den sammen Med Washington, D. C. Et år senere begynte Baltimore & Ohio Railroad å ta tog gjennom byen.
Den 16.oktober 1859 ledet den radikale abolisjonisten John Brown en gruppe på 21 menn i et angrep på arsenal. Brown og hans menn angrep og fanget flere bygninger; han håpet å bruke de fangede våpnene til å starte et slaveopprør i Hele Sør. John Browns menn ble raskt festet ned av lokale borgere og milits, og tvunget til å ta tilflukt i motorhuset ved siden av armory. En kontingent AV Us Marines, ledet av daværende Oberstløytnant Robert E. Lee stormet motorhuset og erobret det meste av plyndrerne, drepte noen få og led et eneste havari selv. Brown ble dømt for forræderi mot Samveldet Av Virginia, dømt, og hengt I Charles Town. Raidet var en katalysator for Borgerkrigen.
Borgerkrigen var katastrofal for Harpers Ferry, som skiftet eier åtte ganger mellom 1861 og 1865. Da Virginia trakk seg ut i April 1861, forsøkte den amerikanske garnisonen å brenne arsenalet og ødelegge maskineriet for å hindre Konføderasjonen i å bruke det. Lokalbefolkningen reddet utstyret, som Den Konfødererte Hæren overførte til et sikrere sted i Hovedstaden Richmond. Den AMERIKANSKE Hæren fornyet aldri våpenproduksjonen i Harpers Ferry.
etter Slutten Av Borgerkrigen, i 1867, ble den historisk black Storer College grunnlagt På Camp Hill Av Pastor Nathan Cook Brackett. Kjente alumni inkluderer jazzlegenden Don Redman og Den Første Presidenten I Forbundsrepublikken Nigeria, Nnamdi Azikiwe. Storer College stengt i juni 1955, og campus er nå en del Av Harpers Ferry National Historical Park.
Den 15. August 1906 holdt Niagara-Bevegelsen, ledet Av forfatter Og forsker W. E. B. Du Bois og politisk aktivist William Monroe Trotter, sitt første møte På Amerikansk jord på Campus Av Storer College. Den tre-dagers samling, som ble holdt for å sikre sivile rettigheter For Afroamerikanere, Ble senere beskrevet Av DuBois som » en Av De største møtene Som Amerikanske Negre noensinne holdt.»I 1911 kom Medlemmene av Niagara-Bevegelsen sammen med andre for å danne National Association for The Advancement Of Colored People, bedre kjent SOM NAACP.
i 1944 ble det meste av byen en Del Av National Park Service og er nå vedlikeholdt Som Harpers Ferry National Historical Park. Alle områder av byen som ikke er Innenfor Parken, finnes i Det føderalt anerkjente Harpers Ferry Historic District.