Harpers Ferry bylo nejprve se usadil v roce 1732 Peter Stephens, jehož „squatter práva“ byly zakoupeny v roce 1747 Robert Harper, pro které bylo město pojmenováno. V roce 1750 dostal Harper patent na 125 akrů (0,5 km2) na současném místě města. V roce 1761 Harper založil trajekt přes Potomac, takže město je výchozím bodem pro osadníky pohybující se do Údolí Shenandoah a dále na západ. V roce 1763 Virginské Valné shromáždění založilo město „Shenandoah Falls at Mr. Harper‘ s Ferry.“
dne 25. října 1783 navštívil Thomas Jefferson Harpers Ferry. Ze skály, která je po něm nyní pojmenována, si prohlédl „průchod Potomac přes modrý hřeben“. Jefferson nazval web “ možná jednou z nejúžasnějších scén v přírodě.“
George Washington, jako prezident Patowmack Company (která byla vytvořena k dokončení řeky vylepšení na Potomacu a její přítoky), cestoval do Harpers Ferry v létě 1785 určit, že je třeba pro bypass kanály. V roce 1794 ho seznámení Washingtonu s touto oblastí vedlo k tomu, aby navrhl místo pro novou zbrojnici a arzenál Spojených států. Některé z Washingtonu rodina přestěhovala do oblasti, Charles Washington, nejmladší plný bratr Prezidenta, která byla založena města Charles Town, asi šest mil na jihozápad. Pra-pra-synovec prezidenta Washingtona, plukovník Lewis Washington, byl držen jako rukojmí během nájezdu Johna Browna v roce 1859.
v roce 1796 federální vláda koupila pozemek od dědiců Roberta Harpera a o tři roky později začala výstavba americké zbrojnice a arzenálu v Harpers Ferry. Mezi 1801 a roku 1861, kdy byla zničena, aby se zabránilo zachycení během Občanské Války, zbrojnice vyrábí více než 600 000 mušket, pušek a pistolí. Industrializace pokračovala v roce 1833, kdy Chesapeake & Ohio Canal dosáhl Harpers Ferry, spojující to s Washingtonem, D. C. O rok později, Baltimore & Ohio Railroad začal vlakovou dopravu přes město.
dne 16. Října 1859 vedl radikální abolicionista John Brown skupinu 21 mužů při nájezdu na arsenal. Brown a jeho muži zaútočili a zajali několik budov; doufal, že pomocí zajatých zbraní zahájí povstání otroků po celém Jihu. Muži Johna Browna byli rychle sevřeni místními občany a milicemi a nuceni se uchýlit do strojovny sousedící se zbrojnicí. Kontingent amerických mariňáků, vedený tehdejším podplukovníkem Robertem e. Lee, zaútočili na dům motoru a zachytil většinu raiderů, zabít pár a utrpení jediného vojáka sami. Brown byl souzen za velezradu proti Virginskému Společenství, odsouzen, a oběšen v Charles Town. Nálet byl katalyzátorem občanské války.
občanská válka byla katastrofální pro Harpers Ferry, který změnil ruce osmkrát mezi 1861 a 1865. Když se Virginie v dubnu 1861 odtrhla, pokusila se americká posádka vypálit arzenál a zničit stroje, aby zabránila konfederaci v jeho použití. Místní zachránili vybavení, které konfederační armáda přenesla na bezpečnější místo v hlavním městě Richmondu. Americká armáda nikdy neobnovila výrobu zbraní v Harpers Ferry.
Po skončení Občanské Války, v roce 1867, historicky černá Skladovatel College byla založena na Camp Hill Reverend Nathan Vařit Brackett. Pozoruhodné absoloventky patří jazzová legenda Don Redman a první prezident Federální republiky Nigérie, Nnamdi Azikiwe. Storer College uzavřen v červnu 1955, a areál je nyní součástí Harpers Ferry National Historical Park.
Dne 15. srpna 1906, Niagarské Hnutí, vedené autor a vědec W. E. B. Du Bois a politický aktivista William Monroe Trotter, se konalo první setkání na Americké půdě v areálu Skladovatel College. Třídenní setkání, které se konalo na zajištění občanských práv pro afroameričany, byl později popsal DuBois jako „jeden z největších setkání, že Američtí Černoši kdy držel.“V roce 1911 se členové Niagarského hnutí spojili s ostatními a vytvořili národní sdružení pro rozvoj barevných lidí, lépe známé jako NAACP.
v roce 1944 se většina města stala součástí správy národního parku a nyní je udržována jako Národní historický Park Harpers Ferry. Všechny oblasti města, které nejsou v parku, jsou obsaženy ve federálně uznávané historické čtvrti Harpers Ferry.