ミトコンドリアDNA(mtDNA)とY染色体は、ヒトの系統を再構築する試みにおいて、分子古人類学者によって広く使用されている。 どちらも一倍体の方法で継承されます：女性を介してmtDNAと男性を介してY。 MtDNAのために、母性的な継承はspermiogenesisの間にmitochondriaのユビキチン化に基づいて早いはい形成の精液のmidpieceの蛋白質分解の種特定のメカニズムによって、保障されます。 両方のゲノムは組換えを欠いていると考えられ、したがって、中性変異の高い率に責任があります。 ヒトY染色体については、精子形成を制御する遺伝子が選択されており、その結果、長期的な生殖の成功が差動することが明らかになった。 これは系譜学や狩猟採集社会の研究から裏付けられているが、これらは現代の遺伝の分子マーカーによって提供される厳しさを欠いている。 選択は、X染色体上の二次的な性的特徴を制御する遺伝子の濃度によってより複雑になる。 同様に、mtDNAは、配偶子形成および胚発生の生物学的エネルギー、ならびに長寿、疾患および老化プロセスに影響を及ぼす。 Y染色体とミトコンドリアのハプロタイプの両方が系統発生再建のためのそれらの使用を歪める可能性が男性不妊のパターンと有意な関連を示 さらに、mtDNAの分子分析は、PCRなどの分子技術によって誤って増幅される可能性のある多数の核ミトコンドリア偽遺伝子（Numts）の存在によって複雑になる。 このレビューでは、これらの複雑な相互作用のいくつかを調べ、人間の進化を理解する上でより論争の問題のいくつかは、これらの遺伝子マーカーの生物学