마이클 스코필드(웬트워스 밀러)는 그레첸 모건(조디 린 오키프)과 제임스 휘슬러(크리스 밴스)를 로스 앤젤레스로 추적했습니다. 이 쌍은 중요한 회사 데이터의 카드/디스크 인”실라”에 대해 협상 중이며 휘슬러는 비용을 지불하기보다는 현재 소유자를 죽입니다. 그와 그레첸이 작전을 마치기 전에 마이클은 사라 탄크레디(사라 웨인 칼리스)의 죽음에 대한 복수로 그들을 죽일 계획입니다. 그레첸은 사라가 살아 있다고 주장하지만,그녀가 다른 말을 할 수 있기 전에 경찰은 휘슬러가 저지른 살인에 대한 응답으로 도착합니다. 그레첸에 미지,휘슬러는 카드를 복사했다,자신을 위해 원본을 유지,그리고 나가는 길에 회사 담당자에게 사본을 제공. 장군(레온 러섬)이이를 발견하자 그는 회사 암살자 인 와이어트(유채과 야채 윌리엄스)에게 그레첸을 죽이라고 명령합니다.
링컨 버로우즈(도미닉 퍼셀)는 소피아 루고(다나이 가르시아)와 엘 제이 버로우즈(마샬 올만)와 함께 파나마에 마이클이 그를 부를 때 아직도있다. 그들은 소나의 최근 사건에 대해 토론합니다:수감자들이 폭동을 일으켜 장소를 불 태우고 시어 도어”티백”백웰(로버트 크 래퍼),페르난도 수크레(아마 우리 놀라 스코)및 브래드 벨릭(웨이드 윌리엄스)탈출. 마이클은 또한 링컨이 사라가 죽었다는 것을 얼마나 확신하는지에 대해 묻습니다. 대화가 끝난 후 마이클은 알렉산더 마혼(윌리엄 피 흐트 너)과 휘슬러가 비밀리에 국토 안보부와 협력하여 회사를 파괴한다. 이 계획의 핵심은 카드입니다,코드 명”실라”,이는 모든 회사의 에이전트 및 운영에 대한 정보를 포함,하지만 알 수없는 시설 내에서 디코딩 할 수 있습니다. 휘슬러는 와이어트가 도착하여 그들을 공격하여 휘슬러를 죽이고 실라의 원본을 회수 할 때 사라가 아직 살아 있음을 다시 암시합니다. 진실을 알기 위해 마이클은 시카고로 가서 사라의 친구 인 브루스 베넷(윌버 피츠 제럴드)과 접촉하여 사라가 아직 살아 있는지 여부를 확인하지만 경찰에 잡힌다. 한편 링컨,소피아,엘 제이는 회사 요원의 공격을받습니다. 링컨은 전투에서 암살자를 죽이고 파나마 경찰에 의해 체포됩니다. 마혼은 팸의 집 밖에 경찰 울타리가 있다는 것을 발견하기 위해 가족의 집으로 돌아갑니다. 팸과 카메론에게 무슨 일이 일어날까봐 두려워 그는 빨리 차에서 나와 집을 향해 달려가지만 경찰은 그를 막아”거기에 들어가고 싶지 않다”고 말한다. 그는 여전히 미국에서 수배되고 있기 때문에,마혼은 즉시 체포된다.
마이클과 링컨은 돈 셀프(마이클 라파 포트)요원에 의해 구금되어 재결합된다. 1980 년대 미국 남부에 살던 서로 다른 여성들이 예상밖의 우정을 쌓게 되고,그들의 인생을 책으로 엮는 비밀스런 프로젝트를 진행하면서 가슴 따뜻… 정부 내에서 사람들을 신뢰 할 수 없습니다,자기 마이클과 링컨은 비공식적 인의 일부가 될 수 있도록 정렬,오프-더-책 작업은 회사에서 실라를 복구,이 모든 것을 때 자유를 보장. 형제들은 제안을 거절합니다. 브루스는 자신의 보석금을 지불,그들은 출시 할 때,그는 사라와 마이클을 재결합,그레첸에 의해 고문 후 시카고에있는 회사에서 숨어 된 사람. 와이어트는 자신의 가정 비밀 은신처에서 그룹을 공격 할 때,마이클,링컨과 사라는 회사가 파괴되면 그들은 단지 안전 할 수 있다고 믿고,자기의 팀에 합류하기로 결정. 수크레의 여자 아기를 방문하는 동안 캡처 된-또한 팀에 초안 마혼,벨릭과 수크레입니다.
티백은 파나마에서 미국으로 가고 있으며,복수를 위해 마이클을 찾고 있다. 그는 샌디에고에 도착하려고,휘슬러의 새 책에 기록 된 방향에 따라(그에게 미지의,실라를 디코딩 할 위치에 대한 정보가 포함되어 있습니다),그러나 그의 드라이버는 티백의 돈을 훔쳐 자신의 과체중 동반자와 함께 사막에서 그를 포기.