un deceniu mai târziu, la începutul Războiului Civil, Jackson a fost însărcinat să servească drept colonel pentru Forțele Virginia și a fost trimis la Harpers Ferry. Mai târziu, s-a alăturat altor forțe Confederate.
în prima bătălie de la Bull Run, Jackson și-a câștigat porecla „Stonewall.”El și trupele sale s-au ridicat în fața asaltului inamic „ca un zid de piatră”, potrivit generalului confederat Barnard Bee, care a folosit conduita exemplară a colonelului Jackson pentru a-și încuraja forțele.
în noiembrie 1861, Jackson a fost promovat general-maior și a primit comanda asupra întregii văi Shenandoah. Într-o serie de bătălii, cunoscute sub numele de campania Valley, Jackson a învins cu succes forțele Uniunii, efortul culminând cu bătăliile de la Cross Keys și Port Republic la 8 și 9 iunie 1862.
Jackson s-a alăturat apoi generalului Robert E. Lee în ceea ce a devenit cunoscut sub numele de Bătălia de șapte zile. Deși performanța sa inițială nu a fost impresionantă, Jackson a reușit să învingă forțele Uniunii în August 1862 la bătălia de la Cedar Mountain, care a pregătit scena victoriei la a doua bătălie de la Bull Run.
Jackson a avut succes și în campania ulterioară Antietam, unde a fost promovat la locotenent general.
în decembrie 1862, Jackson a comandat trupe în Bătălia de la Fredericksburg. În bătălia ulterioară de la Chancellorsville, Lee și Jackson au repetat tactica celui de-al doilea Bull Run; a implicat o mișcare rapidă a trupelor care le-a asigurat victoria împotriva forțelor Uniunii ale generalului Hooker la 2 mai 1863.
cu toate acestea, manevra complexă a avut consecințe fatale. În timp ce trupele proaspete ale Uniunii înaintau asupra oamenilor lui Jackson, el și-a îndemnat forțele să continue marșul. Pentru a evita focul deschis, Jackson a tăiat pădurea și a ajuns în prima linie a propriilor trupe. Confundându-l cu inamicul, soldații confederați l-au împușcat pe Jackson. Brațul său rănit a fost amputat și în curând a dezvoltat pneumonie. Jackson a murit la 10 mai 1863, într-un spital la 30 de mile de locul bătăliei.