vuosikymmen myöhemmin, sisällissodan alkaessa, Jackson komennettiin Virginian joukkojen everstiksi ja lähetettiin Harpers Ferrylle. Myöhemmin hän liittyi muihin Konfederaation joukkoihin.
ensimmäisessä Bull Runin taistelussa Jackson sai lempinimensä ” Stonewall. Konfederaation kenraali Barnard been mukaan hän puolusti joukkoineen vihollisen hyökkäystä ”kuin kivimuuria”, joka käytti eversti Jacksonin esimerkillistä käytöstä joukkojensa rohkaisemiseen.
marraskuussa 1861 Jackson ylennettiin kenraalimajuriksi ja hän sai komentoonsa koko Shenandoahin laakson. The Valley Campaign-nimellä tunnetussa taistelusarjassa Jackson onnistui kukistamaan unionin joukot, mikä huipentui Cross Keysin ja Port Republicin taisteluihin 8.ja 9. kesäkuuta 1862.
Jackson osallistui tämän jälkeen kenraali Robert E. Leen kanssa niin sanottuun Seven Days’ battleen. Vaikka hänen ensiesiintymisensä ei ollut vakuuttava, Jackson onnistui lyömään unionin joukot elokuussa 1862 Cedar Mountainin taistelussa, mikä pohjusti voiton toisessa Bull Runin taistelussa.
Jackson menestyi myös seuranneessa Antietam-kampanjassa, jossa hänet ylennettiin kenraaliluutnantiksi.
joulukuussa 1862 Jackson komensi joukkoja Fredericksburgin taistelussa. Seuranneessa Chancellorsvillen taistelussa Lee ja Jackson toistivat toisen Bull Runin taktiikan; toukokuuta 1863, jolloin joukot tekivät nopean käänteen, joka varmisti voittonsa kenraali Hookerin unionin joukkoja vastaan.
monimutkaisella manööverillä oli kuitenkin kohtalokkaat seuraukset. Kun tuoreet unionin joukot etenivät Jacksonin miesten kimppuun, hän kehotti joukkojaan jatkamaan marssimista. Välttääkseen avotulta Jackson oikaisi metsän läpi ja päätyi omien joukkojensa etulinjaan. Luullen häntä viholliseksi Konfederaation sotilaat ampuivat Jacksonin. Hänen haavoittunut kätensä amputoitiin, ja hän sairastui pian keuhkokuumeeseen. Jackson kuoli 10. toukokuuta 1863 sairaalassa 30 kilometrin päässä taistelupaikasta.