uma década depois, no início da Guerra Civil, Jackson foi contratado para servir como coronel para as forças da Virgínia e foi enviado para Harpers Ferry. Mais tarde, juntou-se a outras forças confederadas.Foi na primeira batalha de Bull Run que Jackson ganhou seu apelido de “Stonewall”. Ele e suas tropas enfrentaram o ataque inimigo como um muro de pedra, de acordo com o general confederado Barnard Bee, que usou a conduta exemplar do Coronel Jackson para encorajar suas forças.Em novembro de 1861, Jackson foi promovido a major-general e recebeu o comando sobre todo o Vale de Shenandoah. Em uma série de batalhas, conhecida como a campanha do Vale, Jackson derrotou com sucesso as forças da União, o esforço culminou nas batalhas de Cross Keys e Port Republic em 8 e 9 de junho de 1862.Jackson então juntou-se ao General Robert E. Lee no que veio a ser conhecido como a batalha dos Sete Dias. Apesar de seu desempenho inicial não foi impressionante, Jackson foi capaz de derrotar as forças da União em agosto de 1862, na batalha de Cedar Mountain, que preparou o palco para a vitória na segunda batalha de Bull Run. Jackson também foi bem sucedido na campanha Antietam subsequente, onde foi promovido a tenente-general. Em dezembro de 1862, Jackson comandou tropas na batalha de Fredericksburg. Na subsequente batalha de Chancellorsville, Lee e Jackson repetiram as táticas da segunda corrida de Touros.; envolveu um movimento rápido das tropas que garantiu sua vitória contra as forças da União do General Hooker em 2 de Maio de 1863. No entanto, a manobra complexa teve consequências fatais. Enquanto novas tropas da União avançavam sobre os homens de Jackson, ele instou suas forças a continuar marchando. Para evitar o fogo aberto, Jackson atravessou a floresta e acabou na linha de frente de suas próprias tropas. Confundindo-o com o inimigo, os soldados confederados mataram Jackson. Seu braço ferido foi amputado, e logo desenvolveu pneumonia. Jackson morreu em 10 de Maio de 1863, em um hospital a 30 milhas do local da batalha.