Une décennie plus tard, au début de la guerre de Sécession, Jackson est nommé colonel des forces de Virginie et est envoyé à Harpers Ferry. Plus tard, il rejoint d’autres forces confédérées.
C’est à la première bataille de Bull Run que Jackson gagne son surnom de » Stonewall. »Lui et ses troupes ont résisté aux assauts ennemis « comme un mur de pierre », selon le général confédéré Barnard Bee, qui a utilisé la conduite exemplaire du colonel Jackson pour encourager ses forces.
En novembre 1861, Jackson est promu major général et reçoit le commandement de toute la vallée de la Shenandoah. Au cours d’une série de batailles, connue sous le nom de Campagne de la Vallée, Jackson vainquit avec succès les forces de l’Union, l’entreprise culminant dans les batailles de Cross Keys et de Port Republic les 8 et 9 juin 1862.
Jackson rejoint alors le général Robert E. Lee dans ce qui sera connu sous le nom de bataille des Sept Jours. Bien que sa performance initiale n’ait pas été impressionnante, Jackson a pu vaincre les forces de l’Union en août 1862 à la bataille de Cedar Mountain, qui a préparé le terrain pour la victoire à la deuxième bataille de Bull Run.
Jackson a également réussi la campagne d’Antietam qui a suivi, où il a été promu lieutenant général.
En décembre 1862, Jackson commande des troupes lors de la bataille de Fredericksburg. Lors de la bataille de Chancellorsville qui suivit, Lee et Jackson répétèrent la tactique de second Bull Run; cela impliquait un mouvement rapide des troupes qui assura leur victoire contre les forces de l’Union du général Hooker le 2 mai 1863.
Cependant, la manœuvre complexe a eu des conséquences fatales. Alors que de nouvelles troupes de l’Union avancent sur les hommes de Jackson, il exhorte ses forces à continuer de marcher. Pour éviter le feu ouvert, Jackson a traversé la forêt et s’est retrouvé en première ligne de ses propres troupes. Le prenant pour l’ennemi, les soldats confédérés tirent sur Jackson. Son bras blessé a été amputé et il a rapidement développé une pneumonie. Jackson meurt le 10 mai 1863 dans un hôpital à 30 miles du lieu de la bataille.