ett decennium senare, i början av inbördeskriget, fick Jackson i uppdrag att tjäna som överste för Virginia-styrkorna och skickades till Harpers Ferry. Senare gick han med i andra konfedererade styrkor.
det var vid första slaget vid Bull Run som Jackson fick sitt smeknamn ” Stonewall.”Han och hans trupper stod upp mot fiendens angrepp” som en stenmur”, enligt Confederate General Barnard Bee, som använde överste Jacksons exemplariska beteende för att uppmuntra sina styrkor.
i November 1861 befordrades Jackson till generalmajor och fick befäl över hela Shenandoah Valley. I en serie strider, känd som Valley Campaign, besegrade Jackson framgångsrikt Unionsstyrkor, strävan som kulminerade i striderna i Cross Keys och Port Republic den 8 och 9 juni 1862.
Jackson gick sedan med i General Robert E. Lee i det som blev känt som sju dagars strid. Även om hans första prestation inte var imponerande kunde Jackson besegra unionens styrkor i augusti 1862 vid slaget vid Cedar Mountain, som satte scenen för segern vid andra slaget vid Bull Run.
Jackson var också framgångsrik i den efterföljande Antietam-kampanjen, där han befordrades till generallöjtnant.
i December 1862 befallde Jackson trupper i slaget vid Fredericksburg. I det efterföljande slaget vid Chancellorsville upprepade Lee och Jackson taktiken för second Bull Run; det innebar en snabbvridande rörelse av trupperna som försäkrade deras seger mot General Hookers fackliga styrkor den 2 maj 1863.
men den komplexa manövern hade dödliga konsekvenser. När nya fackliga trupper avancerade mot Jacksons män, uppmanade han sina styrkor att fortsätta marschera. För att undvika öppen eld skar Jackson genom skogen och hamnade i frontlinjen för sina egna trupper. Miste honom för fienden, de konfedererade soldaterna sköt Jackson. Hans sårade arm amputerades och han utvecklade snart lunginflammation. Jackson dog den 10 maj 1863 på ett sjukhus 30 mil från stridsplatsen.