10 년 후,남북 전쟁이 시작될 때 잭슨은 버지니아 군대의 대령으로 임명되어 하 퍼스 페리로 파견되었습니다. 나중에 그는 다른 남부 연합군에 합류했습니다.
불런 첫 전투에서 잭슨은”스톤월”이라는 별명을 얻었다.”그와 그의 군대는 돌담처럼 적의 공격에 맞섰다”고 잭슨 대령의 모범적 인 행동을 사용하여 그의 군대를 격려 한 남부 연합 장군 버나드 비에 따르면.
1861 년 11 월,잭슨은 소장으로 승진하여 셰넌도어 계곡 전체를 지휘하였다. 계곡 캠페인으로 알려진 일련의 전투에서 잭슨은 1862 년 6 월 8 일과 9 일 크로스 키와 포트 리퍼블릭 전투에서 절정에 달하는 연합군을 성공적으로 물리 쳤습니다.
잭슨은 7 일간의 전투로 알려진 로버트 리 장군에 합류했다. 비록 그의 초기 공연이 인상적이지는 않았지만,잭슨은 1862 년 8 월 시더 마운틴 전투에서 연합군을 물리칠 수 있었고,이 전투는 두 번째 불런 전투에서 승리를 위한 무대를 마련했다.
잭슨은 이후 앤티 텀 캠페인에서 성공,그는 중장으로 승진했다.
1862 년 12 월,잭슨은 프레더릭스버그 전투에서 군대를 지휘했다. 챈 슬러 스빌의 후속 전투에서,리와 잭슨은 두 번째 황소 실행의 전술을 반복; 그것은 1863 년 5 월 2 일 후커 장군의 연합군에 대한 승리를 확신하는 군대의 빠른 회전 운동을 포함했습니다.
그러나 복잡한 기동은 치명적인 결과를 초래했다. 새로운 연합군이 잭슨의 부하들에게 진격 할 때,그는 그의 군대가 계속 행진하도록 촉구했다. 사격을 피하기 위해 잭슨은 숲을 뚫고 자신의 군대 최전선에 섰습니다. 그를 적군으로 착각 한 남부 군인들은 잭슨을 쐈다. 그의 부상당한 팔은 절단되었고 곧 폐렴이 발생했습니다. 잭슨은 1863 년 5 월 10 일 전투 현장에서 30 마일 떨어진 병원에서 사망했다.