Hoe schrijf je methoden

zorg voor inzicht, reproduceerbaarheid en repliceerbaarheid

wat moet je opnemen in je methoden sectie, en hoeveel details is geschikt?

waarom methoden ertoe doen

de sectie methoden was ooit het meest waarschijnlijke deel van een paper dat ten onrechte werd afgekort, overdreven werd samengevat of zelfs werd gedegradeerd tot moeilijk te vinden secties van de website van een uitgever. Hoewel sommige tijdschriften op verantwoorde wijze meer gedetailleerde elementen van methoden in aanvullende secties kunnen opnemen, heeft de beweging voor verhoogde reproduceerbaarheid en strengheid in de wetenschap het belang van de sectie methoden opnieuw bevestigd. Methoden worden nu beschouwd als een sleutelelement bij het vaststellen van de geloofwaardigheid van het gerapporteerde onderzoek, Naast de open beschikbaarheid van gegevens en resultaten.

een sectie over duidelijke methoden heeft invloed op de redactionele evaluatie en het begrip van de lezers, en vormt ook de ruggengraat van transparantie en dupliceerbaarheid.

bijvoorbeeld het Reproduceerbaarheidsproject: Cancer Biology project opgezet in 2013 om experimenten te repliceren uit 50 high profile kanker papers, maar herzien hun doel tot 18 papers zodra ze begrepen hoeveel methodologische details niet was opgenomen in de originele papers.

wat u moet opnemen in uw methods sectie

wat u opneemt in uw methods sectie hangt af van het veld waarin u zich bevindt en welke experimenten u uitvoert. Het algemene principe dat in de meeste tijdschriften wordt gehanteerd, wordt echter goed samengevat in de richtlijnen van PLOS ONE.: “De sectie materialen en methoden moet voldoende details bieden om voldoende bekwame onderzoekers in staat te stellen uw studie volledig te repliceren.”De nadruk ligt hier weloverwogen: de methoden moeten lezers in staat stellen om je paper te begrijpen en je studie te repliceren. Het is echter niet nodig om in te gaan op het detailniveau dat een leek nodig zou hebben-de focus ligt op de lezer die ook getraind is in jouw vakgebied, met de geschikte vaardigheden en kennis om een replicatie te proberen.

een constant principe van rigoureuze wetenschap

een sectie methoden die andere onderzoekers in staat stelt uw resultaten te begrijpen en te repliceren is een constant principe van rigoureuze, transparante en Open wetenschap. Probeer grondig te zijn, zelfs als een bepaald tijdschrift niet hetzelfde detailniveau vereist . Reproduceerbaarheid is onze verantwoordelijkheid. U kunt geen problemen veroorzaken door een minimale standaard van informatie te overschrijden. Als een tijdschrift nog steeds woord-grenzen heeft-hetzij voor het algemene artikel of specifieke secties—en vereist dat sommige methodologische details in een aanvullende sectie staan, is dat OK zolang de extra details doorzoekbaar en vindbaar zijn.

Imagine replicating your own work, years in the future

als onderdeel van PLOS’ presentatie over reproduceerbaarheid en Open Publishing (onderdeel van UCSF ‘ s Reproduceerbaarheidsreeks) raden we aan om het detailniveau in uw methods sectie te plannen door je voor te stellen dat je schrijft voor je toekomstige zelf, je eigen werk te repliceren. Als u bedenkt dat u zich in een andere instelling bevindt, met verschillende accountaanmeldingen, toepassingen, bronnen en toegangsniveaus—kunt u zich voorstellen hoeveel specificiteit u zelf nodig hebt om het exacte experiment opnieuw uit te voeren. Overwegen:

• aan welke details moet je herinnerd worden?
• welke cellijn, of antilichaam, of software, of reagens heeft u gebruikt, en heeft het een Research Resource ID (Rrid) die u kunt citeren?
• welke versie van een vragenlijst heeft u in uw enquête gebruikt?
• welke visuele stimulus heeft u de deelnemers precies laten zien, en is deze publiekelijk beschikbaar?
• welke deelnemers besloot u uit te sluiten?
• welk proces hebt u tijdens uw werk aangepast?

visuele hulpmiddelen voor methoden helpen bij het lezen van het hele papier

Overweeg of een visuele weergave van uw methoden geschikt zou kunnen zijn of uw proces zou kunnen helpen begrijpen. Een visuele referentie lezers kunnen gemakkelijk terugkeren naar, zoals een flow-diagram, besluit-boom, of checklist, kan lezers helpen om het volledige artikel beter te begrijpen, niet alleen de methoden sectie.

ethische overwegingen

naast het beschrijven van wat u hebt gedaan, is het net zo belangrijk om de lezers ervan te verzekeren dat u ook alle relevante ethische richtlijnen hebt gevolgd bij het uitvoeren van uw onderzoek. Hoewel ethische normen en rapportagerichtlijnen vaak in een apart gedeelte van een paper worden gepresenteerd, moet u ervoor zorgen dat uw methoden en protocollen deze richtlijnen ook daadwerkelijk volgen. Lees meer over ethiek.

bestaande normen, checklists, richtsnoeren, partners

hoewel de mate van gedetailleerdheid in een sectie methoden moet worden geleid door de universele principes van rigoureuze wetenschap zoals hierboven beschreven, hebben verschillende disciplines, gebieden en projecten hard gewerkt om consistente normen, richtsnoeren en instrumenten te ontwerpen en te ontwikkelen om alle soorten experimenten te helpen rapporteren. Hieronder vindt u enkele van de belangrijkste initiatieven. Zorg ervoor dat u de inzendrichtlijnen leest voor het specifieke tijdschrift waaraan u zich aanmeldt, om verdere journal – of veldspecifieke beleidsregels te ontdekken die u moet volgen, of initiatieven/tools die u kunt gebruiken.

Randomized Controlled Trials-CONSORT
het project Consolidated Standards of Reporting Trials (CONSORT) omvat verschillende initiatieven die bedoeld zijn om de problemen van ontoereikende rapportage van randomized controlled trials te voorkomen. Het primaire initiatief is een evidence-based minimum set van aanbevelingen voor het rapporteren van gerandomiseerde proeven bekend als de CONSORT Statement.

systematische beoordelingen en meta – Analyses-PRISMA
de aanbevolen Rapportageposten voor systematische beoordelingen en meta-Analyses (PRISMA) is een op feiten gebaseerde minimumreeks van items die gericht zijn op het rapporteren van beoordelingen waarbij gerandomiseerde onderzoeken en andere soorten onderzoek worden geëvalueerd.

onderzoek met dieren-ARRIVE
het onderzoek met dieren: rapportage van in Vivo experimenten (ARRIVE) richtlijnen moedigen aan om de informatie die gerapporteerd wordt in onderzoek met dieren te maximaliseren, waardoor onnodige studies tot een minimum worden beperkt. (Originele studie en voorstel, en bijgewerkte richtlijnen, in PLOS Biology.)

Laboratoriumprotocollen
Protocols.io heeft een platform speciaal ontwikkeld voor het delen en updaten van laboratoriumprotocollen, die hun eigen DOI krijgen toegewezen en kunnen worden gekoppeld vanuit methodiek secties van papers om de reproduceerbaarheid te verbeteren.

consistente rapportage van materialen, ontwerp en analyse – de mdar-checklist
een groep uitgevers van redacteuren en deskundigen heeft een checklist ontwikkeld, getest en uitgerold om te helpen bij het opstellen en harmoniseren van rapportagenormen in de biowetenschappen. De checklist, die beschikbaar is voor gebruik door auteurs om hun methoden samen te stellen, en redacteuren/reviewers om methoden te controleren, stelt een minimumpakket van vereisten voor transparante rapportage vast en is aanpasbaar aan elke discipline binnen de biowetenschappen, door een breed scala aan potentieel relevante methodologische onderwerpen en overwegingen te bestrijken. Als u in de Life Sciences en het schrijven van uw methoden sectie, probeer te werken door middel van de mdar checklist en kijk of het helpt u alle relevante details in uw methoden op te nemen, en of het herinnerde u aan iets wat je anders zou hebben gemist.

samenvatting schrijftips

de belangrijkste uitdaging die u kunt vinden bij het schrijven van uw methoden is het leesbaar houden en het behandelen van alle details die nodig zijn voor reproduceerbaarheid en repliceerbaarheid. Hoewel dit moeilijk is, moet u geen compromissen sluiten over strenge normen voor geloofwaardigheid!

Do

• Houd rekening met toekomstige dupliceerbaarheid, naast begrijpelijkheid en leesbaarheid.
• checklists en veld – en journaalspecifieke richtsnoeren volgen.
• beschouw een toewijding aan rigoureuze en transparante wetenschap als een persoonlijke verantwoordelijkheid, en niet alleen het volgen van tijdschriftrichtlijnen.
• bepaal of er persistent identifiers zijn voor onderzoeksbronnen die u gebruikt en die specifiek kunnen worden aangehaald in uw sectie methoden.
• deponeer uw laboratoriumprotocollen in Protocols.io, een permanente verbinding met hen tot stand brengen. U kunt uw protocollen later bijwerken als u ze verbetert, net als toekomstige wetenschappers die uw protocollen volgen.
• overweeg visuele hulpmiddelen zoals stroomdiagrammen, lijsten, om te helpen bij het lezen van andere secties van het papier.
• Wees specifiek over alle beslissingen die tijdens de experimenten worden genomen die iemand die uw werk reproduceert moet weten.

niet

• samenvatten of afkorten van methoden zonder volledige details te geven in een vindbare aanvullende sectie.
• neem aan dat u altijd kunt onthouden hoe u de experimenten hebt uitgevoerd, of dat u toegang hebt tot privé-of institutionele notebooks en bronnen.
• probeer beperkingen of niet-optimale beslissingen te verbergen die u moest maken-transparantie is de sleutel om de geloofwaardigheid van uw onderzoek te waarborgen.