controverses en latere carrière
Sosa bleef een sterke hitter voor de volgende zes seizoenen bij de Cubs, maar hij begon problemen te ondervinden in 2003. Hij werd geschorst voor verschillende spellen voor het gebruik van een gekurkte vleermuis in een spel en zijn naam kwam ook naar voren in een onderzoek naar steroid gebruik, een beschuldiging die hij onvermurwbaar heeft ontkend. Sosa protesteerde zelfs tegen zijn onschuld voor leden van het Congres in 2005. Hij vertelde een congrescommissie dat ” ik nooit illegale prestatiebevorderende drugs heb genomen. Ik heb mezelf nooit geïnjecteerd of iemand mij met iets laten injecteren, ” volgens de New York Times. Datzelfde jaar werd Sosa verhandeld aan de Baltimore Orioles.In 2006 speelde hij niet, maar in 2007 keerde Sosa terug naar de Major League voor de Texas Rangers. Dit bleek zijn laatste slagbeurt te zijn. Tijdens zijn 18 jaar als professioneel speler, hij is geselecteerd als lid van de National League All-Star team zeven keer. Sosa heeft 609 homeruns gescoord en heeft een career batting gemiddelde van .273.
in 2009 bevond Sosa zich opnieuw midden in een drugsschandaal. Een rapport in de New York Times onthulde dat Sosa een positieve drugstest had in 2003, waaruit bleek dat hij een soort prestatiebevorderende drug had gebruikt. De test, gedaan door de MLB, moest anoniem zijn, maar de informatie werd gelekt naar de krant door een onbekende bron. Het Congres Comité besloot Sosa niet te vervolgen voor meineed voor zijn 2005 getuigenis.Hoewel hij nooit juridische stappen onder ogen kreeg, heeft Sosa nog steeds een donkere wolk boven zijn kansen om de Baseball Hall of Fame te worden. De voormalige slagman heeft indrukwekkende carrièrestatistieken, maar zijn vermeende drugsgebruik zal een struikelblok zijn voor de meeste kiezers.