Waarom wordt Lysine afgekort als 'K'? [duplicaat]

Šorm et al. waren de eersten die een specifiek eenletterkortingssysteem publiceerden, in On proteins. Lxiii. lagere structuren in de ketens van eiwitten verzamelen. Tsjechisch. Scheikunde. Commun. 1961, 26, 531-578.

In deze publicatie werd ook een eerder, niet eerder gepubliceerd systeem van Hans Neurath gepubliceerd.

indien praktische symbolen worden voorgesteld, moeten zij aan de volgende eisen voldoen:: (l) Er moeten 23 verschillende éénlettersymbolen van aminozuren in eiwitstructuren worden gekozen, (2) Er moeten alleen eenvoudige symbolen worden gebruikt die momenteel in drukkerijen toegankelijk zijn en die met gemeenschappelijke schrijfmachines kunnen worden geschreven, (3) de symbolen moeten de mogelijkheid bieden om aan te geven of de binding van de sequentie binnen één letter wordt bepaald of, bij wijze van alternatief, tot nu toe onbepaald, en (4) het gebruik van symbolen moet internationaal toepasbaar zijn.

het gebruik van cijfers is uitgesloten volgens eis (1), en het gebruik van Griekse of andere ongewone letters en symbolen volgens eis (2). De meest geschikte manier lijkt het gebruik van de gemeenschappelijke letters van het Latijnse alfabet, dat voldoet aan eis (4) en maakt het mogelijk om onderscheid te maken volgens (3) tussen bepaalde en onbepaalde sequenties door te kiezen tussen hoofdletters of kleine letters. Om een bepaalde volgorde van de peptideketen uit te drukken stellen wij voor hoofdletters te gebruiken volgens tabel VIII, en verder kleine letters te plaatsen op plaatsen waar tot nu toe haakjes en komma ‘ s zijn gebruikt. Onze symbolen zijn afgeleid van de Engelse namen van aminozuren. Aangezien echter identieke letters vaak terugkeren aan het begin van de namen konden ze niet consequent worden gebruikt in onze symbolen. Evenmin kon een grondig systeem worden samengesteld met twee-lettersymbolen van de eerste twee letters van de naam (b. v. glutaminezuur, glutamine, glycine).; bovendien zou dit in strijd zijn met het beoogde systeem van éénlettersymbolen. Daarom hebben we gecompromitteerd en worden de eerste letters slechts in sommige gevallen voorgesteld als symbolen (asparaatzuur, glutaminezuur, cystine (half -), histidine, methionine, proline, serine, tryptofaan, valine), in veel andere gevallen werden karakteristieke symbolen gekozen die ofwel afgeleid zijn van de spelling (ala – l, arg – r, lys – i, leu – u, ileu – w, phe – f) ofwel van de grafische weergave (glu – g, glu(NH$_2$)- q) werden gekozen.

Šorm was de eerste die “Q” voor glutamine gebruikte. (Neurath had “E” gebruikt voor zowel glutamine als glutaminezuur.)

Neurath gebruikte ” O “voor lysine en Šorm gebruikte”I”.

geen enkel verenigd systeem werd gebruikt tot selectie door IUPAC.

Geef een antwoord

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd.

More: