w czasie studiów na Harvardzie, Murray brał udział w wykładach Alfreda Northa Whiteheada, których filozofia procesu oznaczała jego myślenie filozoficzne i metafizyczne w całej karierze zawodowej.
w 1927 roku, w wieku 33 lat, Murray został zastępcą dyrektora Harvard Psychological Clinic. Rozwinął koncepcje ukrytych potrzeb (nie ujawnianych otwarcie), oczywistych potrzeb (obserwowanych w działaniach ludzi), „Prasy” (zewnętrznych wpływów na motywację) i „thema”—”wzorca prasy i potrzeby, które łączą się wokół poszczególnych interakcji”.
Murray współpracował ze Stanleyem Cobbem, Bullardem profesorem neuropatologii w szkole medycznej, aby wprowadzić psychoanalizę do programu nauczania na Harvardzie, ale aby trzymać tych, którzy uczyli jej z dala od aparatu decyzyjnego w Wiedniu. Wraz z Cobbem założył Boston Psychoanalytic Society po 1931 roku, ale obaj zostali wykluczeni z członkostwa z powodów politycznych.
w 1935 roku Murray i Morgan opracowali koncepcję apercepcji i założenie, że myślenie każdego człowieka jest kształtowane przez subiektywne procesy, uzasadnienie testu apercepcji tematycznej. Używali terminu „apercepcja” w odniesieniu do procesu rzutowania obrazów fantasy na obiektywny bodziec.
w 1937 roku Murray został dyrektorem Harvard Psychological Clinic. W 1938 opublikował Explorations in Personality, a classic in psychology, zawierający opis testu apercepcji tematycznej. W 1938 Murray działał jako konsultant rządu brytyjskiego, powołując oficerską komisję selekcyjną. Praca Murraya w Harvard Psychological Clinic pozwoliła mu zastosować swoje teorie w projektowaniu procesów selekcji za pomocą „testu sytuacyjnego”, oceny opartej na praktycznych zadaniach i działaniach, analizy określonych kryteriów (np.” przywództwa”) przez wielu raterów w różnych działaniach. Wyniki zebrano w celu dokonania ogólnej oceny.
II wojna światowa, Office of Strategic Services, 1939-456
podczas ii Wojny Światowej opuścił Harvard i pracował jako podpułkownik w Office of Strategic Services (OSS). James Miller, odpowiedzialny za selekcję tajnych agentów w OSS podczas II wojny światowej, powiedział, że test sytuacji został użyty przez Brytyjską Radę doboru oficerów wojennych i OSS do oceny potencjalnych agentów.
w 1943 roku Murray pomógł w pełnej analizie osobowości Adolfa Hitlera, zleconej przez szefa OSS MGen. William „Wild Bill” Donovan. Raport powstał we współpracy z psychoanalitykiem Walterem C. Langerem, Dr Ernstem Krisem Z New School for Social Research i dr Bertramem D. Lewinem Z New York Psychoanalytic Institute. W raporcie wykorzystano wiele źródeł do profilowania Hitlera, w tym informatorów, takich jak Ernst Hanfstaengl, Hermann Rauschning, Księżniczka Stephanie von Hohenlohe, Gregor Strasser, Friedelinde Wagner i Kurt Ludecke. Przełomowe studium było pionierem profilowania przestępców i psychologii politycznej. Oprócz przewidywania, że Hitler wybierze samobójstwo, jeśli klęska Niemiec będzie bliska, wspólny raport Murraya stwierdził, że Hitler był impotentem w odniesieniu do stosunków heteroseksualnych i że istnieje możliwość, że Hitler uczestniczył w związku homoseksualnym. Raport stwierdzał: „przekonanie, że Hitler jest homoseksualistą, rozwinęło się prawdopodobnie (A) z faktu, że wykazuje on tak wiele cech kobiecych, oraz (b) z faktu, że w partii było tak wielu homoseksualistów w pierwszych dniach i wielu nadal zajmuje ważne stanowiska. Prawdopodobnie prawdą jest, że Hitler nazywa Alberta Forstera „Bubi”, co jest powszechnym przydomkiem stosowanym przez homoseksualistów w odniesieniu do swoich partnerów.”
Harvard human experiments, 1959-626
w 1947 powrócił na Harvard jako główny badacz, wykładał i założył wraz z innymi the Psychological Clinic Annex.
od końca 1959 do początku 1962 roku Murray był odpowiedzialny za nieetyczne eksperymenty, w których używał dwudziestu dwóch studentów Harvardu jako przedmiotów badawczych. Między innymi eksperymenty miały na celu zmierzenie reakcji jednostek na ekstremalny stres. Nieświadomi studenci zostali poddani temu, co Murray nazwał „gwałtownymi, zamiatającymi i osobiście obraźliwymi” atakami. Specjalnie dopasowane ataki na ich ego, cenione idee i przekonania były wykorzystywane do wywoływania wysokiego poziomu stresu i stresu. Następnie testerzy wielokrotnie oglądali nagrania swoich reakcji na te słowne nadużycia.
wśród nich był 17-letni Ted Kaczyński, matematyk, który stał się Unabomberem, krajowym terrorystą wymierzonym w naukowców i technologów przez 18 lat. Książka Alstona Chase ’ a Harvard and the Unabomber: Edukacja amerykańskiego terrorysty łączy obraźliwe doświadczenia Kaczyńskiego pod Murrayem z jego późniejszą karą kryminalną.
w 1960 roku Timothy Leary rozpoczął badania nad lekami psychodelicznymi na Harvardzie, które Murray nadzorował.