cebulę należy przechowywać w temperaturze pokojowej, z dala od jasnego światła i w dobrze wentylowanym miejscu. Aby najlepiej osiągnąć ten cel, umieść je w wiszącym koszu z drutu lub perforowanej misce z podniesioną podstawą, aby powietrze mogło krążyć pod spodem. Długość możliwości przechowywania zależy od rodzaju cebuli. Te, które są bardziej cierpkie w smaku, takie jak żółta cebula, będą utrzymywać się dłużej niż te o słodszym smaku, takie jak biała cebula, ponieważ związki, które wytwarzają ostry smak, są również naturalnymi konserwantami. Zielona cebula powinna być przechowywana w perforowanej plastikowej torbie w lodówce, gdzie będą przechowywać przez około tydzień. Wszystkie cebule powinny być przechowywane z dala od ziemniaków, ponieważ będą absorbować ich wilgoć i gaz etylenowy, powodując, że łatwiej się psują.
reszta pokrojonej cebuli powinna być szczelnie owinięta w folię lub przechowywana w szczelnym pojemniku. Szybko się utleniają, więc musisz ich użyć w ciągu jednego do dwóch dni. Gotowana cebula zachowa swój smak najlepiej w szczelnym pojemniku, ale nadal utrzyma ich smak i świeżość tylko przez dzień lub dwa. Nie przechowuj ich w metalowych miskach lub pojemnikach do przechowywania, ponieważ spowoduje to ich odbarwienie. Obrane, posiekane cebule można zamrozić, ale ten proces spowoduje, że stracą dużo smaku.