Michael Scofield (Wentworth Miller) wyśledził Gretchen Morgan (Jodi Lyn O ’ Keefe) i Jamesa Whistlera (Chris Vance) do Los Angeles. Para negocjuje dla” Scylli”, karty/płyty z ważnymi danymi firmy, a Whistler zabija swojego obecnego właściciela, zamiast za niego płacić. Zanim on i Gretchen zakończą operację, przybywa Michael, planując ich zabić jako zemstę za śmierć Sary Tancredi (Sarah Wayne Callies). Gretchen twierdzi, że Sara żyje, ale zanim zdoła cokolwiek powiedzieć, przybywa policja w odpowiedzi na morderstwo popełnione przez Whistlera. Nie wiedząc o tym Gretchen, Whistler skopiował kartę, zachowując oryginał dla siebie i dając kopię przedstawicielowi firmy po wyjściu. Gdy generał (Leon Russom) odkrywa to, rozkazuje Wyattowi (Cress Williams), firmowemu zabójcy, zabić Gretchen.
Lincoln Burrows (Dominic Purcell) jest nadal w Panamie z Sofią Lugo (Danay Garcia) i L. J. Burrows (Marshall Allman), gdy Michael do niego dzwoni. Rozmawiają o ostatnich wydarzeniach w Sonie: więźniowie przeprowadzili zamieszki, spalili to miejsce i pozwolili Theodore ’ owi „T-Bag 'owi” Bagwellowi (Robert Knepper), Fernando Sucre (Amaury Nolasco) i Bradowi Bellickowi (Wade Williams) uciec. Michael pyta też, jak pewny jest Lincoln, że Sara nie żyje. Po rozmowie z Michaelem kontaktują się Alexander Mahone (William Fichtner) i Whistler, którzy potajemnie współpracują z Homeland Security, aby zniszczyć firmę. Kluczem do tego planu jest karta o nazwie kodowej „Scylla”, która zawiera informacje o wszystkich agentach i operacjach firmy, ale może być dekodowana tylko z nieznanego obiektu. Whistler ponownie mówi, że Sara wciąż żyje, gdy przybywa Wyatt i atakuje ich, zabijając Whistlera i odzyskując oryginalną kopię Scylli. Aby poznać prawdę, Michael podróżuje do Chicago i kontaktuje się z przyjacielem Sary Bruce ’ em Bennettem (Wilbur Fitzgerald), aby dowiedzieć się na pewno, czy Sara nadal żyje, ale zostaje złapana przez policję. Tymczasem Lincoln, Sofia i L. J. zostają zaatakowani przez agenta firmy. Lincoln zabija zabójcę w walce i zostaje aresztowany przez Panamską policję. Mahone wraca do domu swojej rodziny, by odkryć, że przed domem Pam znajduje się policyjny płot. Obawiając się, że coś mogło stać się Pam i Cameron, szybko wychodzi z samochodu i biegnie w kierunku domu, ale policjant zatrzymuje go i mówi mu „że nie chcesz tam wchodzić”. Ponieważ nadal jest poszukiwany w Stanach Zjednoczonych, Mahone zostaje natychmiast aresztowany.
Michael i Lincoln zostają ponownie aresztowani przez agenta Dona Selfa (Michael Rapaport). Self jest agentem ABW, który pracował nie tylko z Whistlerem, ale także z Aldo Burrowsem (Anthony Denison), aby zlikwidować firmę. Nie mogąc ufać ludziom w rządzie, Self organizuje, aby Michael i Lincoln byli częścią nieoficjalnej, nieoficjalnej operacji odzyskania Scylli od firmy, z gwarancją ich wolności, gdy wszystko się skończy. Bracia odrzucają ofertę. Bruce wpłaca kaucję, a kiedy zostają uwolnieni, ponownie spotyka Michaela z Sarą, która ukrywa się przed firmą w Chicago po torturach Gretchen. Kiedy Wyatt atakuje grupę w ich rzekomo tajnej kryjówce, Michael, Lincoln i Sara postanawiają dołączyć do zespołu Selfa, wierząc, że mogą być bezpieczni tylko wtedy, gdy firma zostanie zniszczona. Do drużyny powołani są również Mahone, Bellick i Sucre-którzy zostali schwytani podczas próby odwiedzenia córeczki Sucre.
w subplocie, T-Bag jedzie z Panamy do Stanów Zjednoczonych, szukając Michaela, aby się zemścić. Próbuje dostać się do San Diego, podążając za wskazówkami zapisanymi w bird book Whistlera (która, nie wiedząc o nim, zawiera informacje o tym, gdzie rozszyfrować Scyllę), ale jego kierowcy kradną pieniądze T-Bag ’ owi i porzucają go na pustyni wraz ze swoim nadwagą towarzysza.