Quando os Estados Unidos entraram na segunda Guerra Mundial, em 1917, Pershing foi dado o comando da Força Expedicionária Americana.Esta não era uma boa altura para uma guerra pelo Exército. Havia suprimentos limitados, nenhuma aeronave para um exército ainda lutando com o recrutamento e organização.
havia também uma montanha diplomática à escala: os franceses e os britânicos esperavam que os americanos servissem sob seus comandos. Pershing recusou, e exigiu com sucesso campos separados para seus homens, bem como treinamento de oficiais e sargentos americanos.Em junho de 1918, os alemães lançaram uma grande ofensiva para capturar cruzamentos cruciais de pontes no Rio Marne, na França. Durante todo o mês, a Força Expedicionária Americana travou uma guerra defensiva e contra-ofensiva contra os alemães na sangrenta batalha de Belleau Wood.Em meados de julho, a Força Expedicionária Americana foi novamente testada na batalha de Chateau-Thierry. As vitórias em ambos os compromissos levaram ao fim da última grande ofensiva alemã da guerra.Em setembro de 1918, Pershing liderou com sucesso as forças americanas e francesas numa ofensiva contra a linha alemã no saliente Saint-Mihiel. Esta vitória provou a competência e a qualidade das tropas americanas e foi seguida pela ofensiva final da guerra, Meuse-Argonne.O lento e sangrento avanço das tropas aliadas progrediu até 11 de novembro de 1918, quando um armistício foi finalmente declarado.