cu căpitanul Douglas N. Syverson la comandă, Hunley a navigat la 25 iulie 1962 pentru antrenament de shakedown în largul Cubei până la 6 septembrie 1962. A vizitat mai multe porturi din Golf și Atlantic și s-a întors la Norfolk pe 28 septembrie pentru modificări post-shakedown până la 8 decembrie 1962. După care Hunley a efectuat o vizită de 3 zile la New York pentru a găzdui Seminarul ofițerilor de rezervă navală „Nave noi pentru Marina modernă”. A plecat de la baza de Operare Norfolk la 29 decembrie 1962 pentru Holy Loch, Scoția, ajungând la 9 ianuarie 1963. Aproape imediat a început să scoată încărcătura de pe USS Proteus, pe care l-a eliberat oficial la 15 martie 1963 ca tandru la Escadrila submarină 14 la Holy Loch. Această datorie a continuat până la 12 aprilie 1964, când Hunley a navigat pentru conversie, ceea ce a oferit capacitatea de manipulare a noii rachete A3 Polaris. Și-a reluat atribuțiile la Sfântul Loch la 15 iunie 1964.
o piatră de hotar Polaris a fost atinsă în decembrie 1965 când USS Thomas A. Edison a venit alături pentru a începe a 100-a reparație a unui submarin balistic nuclear (SSBN) de către Hunley. Acest lucru a însemnat că o sută de submarine SSBN au ieșit la timp din Hunley și niciunul dintre ei nu a trebuit să se întoarcă devreme din patrulare. Aceasta a reprezentat aproximativ 200 de luni de Polaris pe stație sau 16 ani de la sută de descurajare strategică scufundată de la sosirea lui Hunley în Sfântul Loch 9 ianuarie 1963. Motto-ul lui Hunley a fost „servim pentru a păstra pacea”. Hunley s-a întors în Statele Unite la sfârșitul anului 1966 și în 1967 a operat din Charleston, Carolina de Sud. Hunley a plecat în Guam a doua zi după Crăciun, 1967, pentru a-l elibera pe Proteus la Polaris Point din ianuarie până în iunie 1968, în timp ce Proteus a suferit o auto-revizuire, Hunley revenind la Charleston în iulie 1968. În 1971, Hunley l-a eliberat din nou pe Proteus în Guam pentru ca Proteus să meargă la șantierul naval. În timp ce Hunley se afla în Guam, Divizia de reparații a mașinilor a primit Meritoasa recomandare a unității, după ce a cheltuit 4500 de ore de muncă de reparații pe diferite unități din SUA. Flota Pacificului. În 1973 Hunley s-a întors la șantierul naval Bremerton pentru revizuirea conversiei. După finalizare, Hunley s-a întors la Charleston, Carolina de Sud, pentru a deservi din nou flota Atlanticului. În 1978,” Hunley „a mers la șantierul naval din Boston pentru curățarea corpului și reparațiile supapelor corpului în pregătirea pentru ameliorarea” Proteus ” încă o dată în Guam. În tranzit spre Guam,” Hunley ” a mers în jurul Americii de Sud, mai degrabă decât prin Canalul Panama. În 1980,” Hunley „a fost eliberat de” Proteus ” și s-a întors la Charleston prin Canalul Panama.
Hunley a fost dezafectat la 30 septembrie 1994 și a fost scos din registrul navelor navale la 3 mai 1995 și predat Comisiei Maritime la 1 mai 1999. Hunley a fost ulterior vândut către Southern Scrap Materials Company la 5 ianuarie 2007 pentru casare.