met Kapitein Douglas N. Syverson aan het hoofd zeilde Hunley op 25 juli 1962 voor een training voor afpersing op Cuba tot 6 September 1962. Ze bezocht verschillende havens in de Golf en de Atlantische Oceaan en keerde terug naar Norfolk op 28 September voor aanpassingen na de afpersing tot 8 December 1962. Daarna brachten de Hunley een 3-daagse bezoek aan New York City om het Naval Reserve Officers Seminar “New Ships for the Modern Navy”te organiseren. Ze vertrok van de Norfolk Operating Base op 29 December 1962 naar Holy Loch, Schotland, en arriveerde op 9 januari 1963. Bijna onmiddellijk begon ze de lading van de USS Proteus af te nemen, die ze officieel op 15 maart 1963 ontsloeg als tender voor Submarine Squadron 14 op Holy Loch. Deze dienst duurde tot 12 April 1964 toen Hunley voer voor conversie die de mogelijkheid bood om de nieuwe A3 Polaris raket te hanteren. Ze hervatte haar taken in Holy Loch op 15 juni 1964.
een Polaris mijlpaal werd bereikt in december 1965 toen de USS Thomas A. Edison langszij kwam om te beginnen met de 100ste refit van een nucleaire ballistische onderzeeër (SSBN) door de Hunley. Dit betekende dat honderd SSBN-onderzeeërs op tijd uit Hunley waren vertrokken en dat geen van hen vroeg moest terugkeren van de patrouille. Dit betekende ongeveer 200 maanden Polaris op station of 16½ jaar ondergedompeld strategisch afschrikmiddel sinds Hunley ‘ s aankomst in Holy Loch 9 januari 1963. Hunley ’s motto was” Wij dienen om de vrede te bewaren”. Hunley keerde eind 1966 terug naar de Verenigde Staten en opereerde in 1967 vanuit Charleston, South Carolina. Hunley vertrok naar Guam op de dag na Kerstmis 1967 om Proteus te ontlasten in Polaris Point van januari tot juni 1968, terwijl Proteus een zelfrevisie onderging, waarbij Hunley in juli 1968 terugkeerde naar Charleston. In 1971 ontsloeg Hunley Proteus opnieuw in Guam om Proteus naar de scheepswerf te laten gaan. Het was terwijl Hunley in Guam was dat de Machinery Repair Division de Meritorious Unit Commendation ontving, die 4500 uur reparatiewerk op verschillende eenheden van de V. S. Pacific Fleet. In 1973 keerde Hunley terug naar Bremerton Shipyard voor revisie. Na voltooiing keerde Hunley terug naar Charleston, South Carolina, om opnieuw de Atlantische vloot te bedienen. In 1978 ging” Hunley “naar de Boston Naval Shipyard voor het reinigen van de romp en reparatie van de rompkleppen ter voorbereiding op het verlichten van” Proteus ” opnieuw in Guam. Op doorreis naar Guam,” Hunley ” ging rond Zuid-Amerika in plaats van via het Panamakanaal. In 1980 werd “Hunley” afgelost door “Proteus” en keerde terug naar Charleston via het Panamakanaal. Hunley werd op 30 September 1994 uit dienst genomen, op 3 mei 1995 uit het Naval Vessel Register geschrapt en op 1 mei 1999 overgedragen aan de maritieme Commissie. Op 5 januari 2007 werd Hunley verkocht aan de Southern Scrap Materials Company.