Com o Capitão Douglas N. Syverson no comando, Hunley navegou 25 de julho de 1962 para o shakedown de formação fora de Cuba até 6 de setembro de 1962. Ela visitou vários portos do Golfo e do Atlântico e retornou a Norfolk em 28 de setembro para alterações pós-shakedown até 8 de dezembro de 1962. Depois disso, o Hunley fez uma visita de 3 dias à cidade de Nova Iorque para sediar o Seminário de oficiais da Reserva Naval “novos navios para a Marinha moderna”. Ela partiu da base operacional de Norfolk em 29 de dezembro de 1962 para Holy Loch, Escócia, chegando em 9 de janeiro de 1963. Quase imediatamente ela começou a tomar a carga de USS Proteus, a quem ela oficialmente aliviou 15 de Março de 1963 como tender para o Esquadrão Submarino 14 em Holy Loch. Este dever continuou até 12 de abril de 1964, quando Hunley navegou para a conversão que forneceu a capacidade de lidar com o novo míssil A3 Polaris. Ela retomou suas funções em Holy Loch em 15 de junho de 1964.
um marco Polaris foi alcançado em dezembro de 1965, quando o USS Thomas A. Edison veio ao lado para iniciar a 100ª reequipação de um submarino balístico nuclear (SSBN) pelo Hunley. Isto significava que cem submarinos SSBN tinham saído a tempo de Hunley e nenhum deles teve que fazer um retorno antecipado da Patrulha. Isto representou cerca de 200 meses de Polaris na estação ou 16 anos e meio de dissuasão estratégica submerso desde a chegada de Hunley em Holy Loch 9 de janeiro de 1963. O lema de Hunley era “Nós servimos para preservar a paz”. Hunley retornou aos Estados Unidos no final de 1966 e em 1967 operou fora de Charleston, Carolina do Sul. Hunley colocou para Guam no dia após o Natal de 1967, para aliviar Proteus em Polaris Point de Janeiro a junho de 1968, enquanto Proteus passou por uma auto-revisão, com Hunley retornando para Charleston em julho de 1968. Em 1971 Hunley aliviou Proteus em Guam novamente,a fim de Proteus para ir para o estaleiro. Foi enquanto Hunley estava em Guam que a divisão de Reparo De Máquinas recebeu o louvor da unidade meritória, tendo gasto 4500 horas de trabalho de reparo em várias unidades dos EUA. Frota Do Pacífico. Em 1973, Hunley retornou ao estaleiro de Bremerton para uma revisão de conversão. Após a conclusão, Hunley retornou para Charleston, Carolina do Sul, para novamente servir a frota do Atlântico. Em 1978, “Hunley “foi para o estaleiro naval de Boston para limpeza de casco e reparos de válvulas de casco em preparação para o alívio de” Proteus ” mais uma vez em Guam. Em trânsito para Guam, “Hunley” percorreu a América do Sul em vez de atravessar o canal do Panamá. Em 1980, “Hunley “foi substituído por” Proteus ” e retornou a Charleston através do canal do Panamá. Hunley foi descomissionado em 30 de setembro de 1994 e retirado do registo Naval em 3 de Maio de 1995 e entregue à Comissão Marítima em 1 de Maio de 1999. Hunley foi posteriormente vendido para a Southern Scrap Materials Company em 5 de janeiro de 2007.