S Kapitánem Douglas N. Syverson v příkazu Hunley vyplula 25. července 1962 pro shakedown školení z Kuby až do 6. září 1962. Navštívila několik přístavů v Perském zálivu a Atlantiku a vrátila se do Norfolku 28 Září pro post-shakedown změny až do 8 prosinec 1962. Poté Hunley zaplatil 3denní návštěvu New Yorku, aby hostil seminář důstojníků námořních rezerv „nové lodě pro moderní námořnictvo“. Odletěla z operační základny Norfolk 29. Prosince 1962 do Holy Loch ve Skotsku, kde dorazila 9. ledna 1963. Téměř okamžitě začala brát zatížení z USS Proteus, kterého oficiálně uvolněn 15. Března 1963 jako výběrové řízení na Ponorky Letky 14 na Holy Loch. Tato povinnost pokračovala až do 12. dubna 1964, kdy Hunley se plavil pro konverze za předpokladu, že schopnost zvládnout nové A3 Raketa Polaris. 15.června 1964 znovu nastoupila do funkce Na svatém jezeře.
Polaris milníku bylo dosaženo v prosinci 1965, kdy USS Thomas a. Edison přišel vedle k zahájení 100 refit jaderných balistických ponorek (SSBN) Hunley. To znamenalo, že sto SSBN ponorek odešel na čas z Hunley a ani jeden z nich musel se brzy vrátí z hlídky. To představuje přibližně 200 měsíců Polaris na nádraží nebo 16½ let ponořené strategické odstrašující od Hunley příjezdu v Holy Loch 9. ledna 1963. Hunleyho mottem bylo „sloužíme k zachování míru“. Hunley se vrátil do Spojených států koncem roku 1966 a v roce 1967 operoval z Charlestonu v Jižní Karolíně. Hunley dát pozor na Guam na den po Vánocích, 1967, k úlevě od Proteus na Polaris Bodu od ledna do června 1968, zatímco Proteus památek, self-opravy, s Hunley návratu do Charlestonu v červenci 1968. V roce 1971 Hunley vystřídal Proteuse v Guamu, aby mohl Proteus odejít do loděnice. To bylo, když Hunley byl v Guamu, že divize opravy strojů obdržel záslužné jednotky pochvaly, které vynaložily 4500 hodin opravárenských prací na různých jednotkách USA. Tichomořská Flotila. V roce 1973 se Hunley vrátil do loděnice Bremerton k přepracování. Po dokončení se Hunley vrátil do Charlestonu v Jižní Karolíně, aby znovu sloužil Atlantické flotile. V roce 1978 odešel“ Hunley „do Bostonské námořní loděnice na čištění trupu a opravy ventilů trupu v rámci přípravy na opětovné vysazení“ Proteus “ na Guamu. V tranzitu na Guam,“ Hunley “ šel kolem Jižní Ameriky spíše než přes Panamský průplav. V roce 1980 byl „Hunley“ uleven „Proteus“ a vrátil se do Charlestonu přes Panamský průplav.
Hunley byl vyřazen 30. září 1994 a 3. května 1995 vyřazen z rejstříku námořních plavidel a 1. května 1999 předán Námořní Komisi. Hunley byl následně 5. ledna 2007 prodán společnosti Southern Scrap Materials Company k sešrotování.