Douglas N. Syverson kapitánnyal a parancsnokság alatt Hunley 25 július 1962-ig vitorlázott Kubából 6 szeptember 1962-ig. Meglátogatta több öböl és Atlanti kikötők és visszatért Norfolk szeptember 28 utáni shakedown változtatások December 8-ig 1962. Ezt követően a Hunley 3 napos látogatást tett New Yorkban, hogy otthont adjon a haditengerészeti tartalék tisztek szemináriumának “új hajók a Modern haditengerészet számára”. Ő távozott a Norfolk működési bázis 29 December 1962 a Szent Loch, Skócia, érkező 9 január 1963. Szinte azonnal elkezdte levenni a rakományt USSPROTEUS, akit hivatalosan megkönnyebbült 15 Március 1963 mint pályázat tengeralattjáró század 14 A Szent Loch. Ez a kötelesség április 12-ig folytatódott, 1964-ig, amikor Hunley átalakításra hajózott, amely képes volt kezelni az új A3 Polaris rakétát. Ő folytatta feladatait a Szent Loch június 15-én 1964.
a Polaris mérföldkövet 1965 decemberében érték el, amikor USSTOMAS A. Edison mellett jött, hogy megkezdje a nukleáris ballisztikus tengeralattjáró (SSBN) által a Hunley. Ez azt jelentette, hogy száz SSBN tengeralattjáró indult el időben Hunley – ból, és egyiküknek sem kellett korán visszatérnie a járőrözésből. Ez mintegy 200 hónapos Polaris-t jelentett az állomáson, vagy 16 évnyi elmerült stratégiai elrettentést Hunley 9 január 1963-I megérkezése óta. Hunley mottója: “a béke megőrzését szolgáljuk”. Hunley 1966 végén tért vissza az Egyesült Államokba, 1967-ben pedig a dél-karolinai Charlestonból működött. Hunley 1967 karácsonyát követő napon Guamba indult, hogy 1968 januárjától júniusig a Polaris Pointnál felmentse Proteust, miközben a Proteus önjavításon esett át, Hunley 1968 júliusában visszatért Charlestonba. 1971-ben Hunley ismét felmentette Proteust Guamban, hogy Proteus hajógyárba menjen. Amíg Hunley Guamban volt, a Gépjavító részleg megkapta az érdemleges Egységdicséretet, miután 4500 órányi javítási munkát fordított az Egyesült Államok különböző egységeire. Csendes-Óceáni Flotta. 1973-ban Hunley visszatért a Bremertoni hajógyárba átalakítás céljából. Befejezése után Hunley visszatért Charlestonba, Dél-Karolinába, hogy ismét kiszolgálja az Atlanti flottát. 1978-ban a ” Hunley “a bostoni haditengerészeti hajógyárba ment a hajótest tisztítására és a hajótest szelepének javítására, hogy előkészítse a” Proteus ” tehermentesítését Guamban. Guamba utazva a “Hunley” Dél-Amerika körül ment, nem pedig a Panama-csatornán. 1980-ban a “Hunley” – t a” Proteus ” leváltotta, és a Panama-csatornán keresztül visszatért Charlestonba.
Hunley leszerelték szeptember 30-án 1994 és ütött a haditengerészeti hajó nyilvántartás május 3-án 1995 és átadta a Tengerészeti Bizottság május 1-jén 1999. Hunley ezt követően eladták a Southern Scrap Materials Company január 5-én 2007 selejtezés.