Po nizozemské Východní Indie Společnost zkrachovala a byla rozpuštěna v roce 1800, Batavian Republiky znárodněny jeho dluhy a majetek a rozšířila své územní nároky na kolonie, známé jako holandské Východní Indie. Batavia se vyvinula z regionálního sídla společnosti do hlavního města kolonie.
rozšíření na Jiheditovat
v roce 1808 se Herman Willem Daendels rozhodl opustit zchátralé, nezdravé Staré Město. Nové centrum města bylo postaveno dále na jih, na panství Weltevreden. Batavia se stala městem se dvěma centry; Kota byla obchodním centrem s kancelářemi a sklady lodních a obchodních společností, a Weltevreden byl domovem vlády, vojenský, a obchody. Centra byla spojena Molenvlietským kanálem a silnicí podél kanálu.
britská vláda
za britské vlády byl Daendels nahrazen Stamford Raffles.:115–122:25 v roce 1811 se Raffles-který byl zaměstnán ve Východoindické společnosti jako tajemník guvernéra Malacca-rozhodl převzít vládu v Batavii. Jedním z důvodů bylo zabránit francouzským využiti úplně, protože Napoleon byl nominován Daendels (kteří úzce spolupracovali s francouzi).
v roce 1816 se Holanďané vrátili, aby vládli regionu. Evropané byli přivedeni do souostroví, aby založili kolonii na volné půdě, což vyvolalo války v Javě a Sumatře. Velké množství vojáků bylo přinesl do nizozemské Indie potlačit nepokoje (zejména na Sumatře) a rozšířit nizozemská vláda vliv mimo Java. Holanďané však nikdy dobyli celé souostroví.
rozvoj Weltevreden jako kolonie administrativní centrum pokračoval, postupně přesouvá městě Batavia jižně od Centru Batavia. Objevil se nový empírový styl architektury Indie; byly postaveny bíle omítnuté vily s velkou přední verandou, zejména kolem Koningspleinu a ve Weltevredenu. Tato novější část Batavie měla obecně otevřenější vzhled než vyvinutá Oud Batavia, Panoráma města kanálu.
na Rozdíl od první poloviny 19. století, v druhé polovině století bylo klidné období, vyznačující se tím, že ekonomické a technologické expanzi a stabilní vlády. V roce 1856 byla mezi Batavií a Buitenzorgem instalována první telegrafní linka v regionu. V roce 1859 byla Batavia spojena se Singapurem s prvním mezinárodním telegrafním spojením Nizozemské východní Indie. Město dokončilo své první plynárny o dva roky později a jeho ulice byly do roku 1862 osvětleny plynem. První tramvaje a telefony přišly v roce 1882.
koňské tramvaje, zavedené do Batavie v roce 1869, byly v roce 1882 modernizovány na parní pohon a v roce 1900 na elektřinu. První městská železnice také začala v roce 1869 a trať z Batavie do Buitenzorgu byla dokončena v roce 1873. První ledový dům ve městě byl postaven v roce 1870.
otevření Suezského průplavu v roce 1869 zvýšilo potřebu nového přístavu. Přístavu Tanjung Priok byla dokončena v roce 1885, výměna staletí-starý, nedostatečné Sunda Kelapa, výrazně zvyšuje obchodu a cestovního ruchu v Batavia, a nizozemské Východní Indie.
Pěstování Systém (cultuurstelsel), byl v polovině 19. století nizozemská vláda politiku, která vyžaduje část zemědělské produkce exportních plodin. Indonéští historici ji označují jako tanam paksa (vynucená výsadba).
1870 zrušení Pěstování Systém vedl k rychlému rozvoji soukromého podnikání v nizozemské Východní Indii. Na Jávě byla založena řada obchodních společností a finančních institucí, zejména v Batavii. Chátrající stavby Starého Města byly nahrazeny kancelářemi, obvykle podél řeky Ciliwung. Soukromé společnosti vlastnily (nebo spravovaly) plantáže, ropná pole a doly. První železniční trať ostrova byla otevřena v roce 1867 a železniční stanice byly postaveny v městských centrech, jako je Batavia.
školy, nemocnice, továrny, kanceláře, obchodní společnosti a pošty byly zřízeny po celém městě. Zlepšení v Batavia je doprava, zdravotnictví a technologie povzbudil více holanďané se přestěhovat do hlavního města, a Batavian společnosti se stal stále více holanďanů. Město obchoduje s Evropou, a zvýšené přepravní vedla k výstavbě nového přístavu Tanjung Priok mezi 1877 a 1883.
cizinci byli místně známí jako totoks, odlišující nové čínské příjezdy od peranakanů. Mnoho totoků přijalo indonéskou kulturu, na sobě kebayas, sarongy a letní šaty.
do konce 19. století, Batavia populace byla 115,887 lidí; z těchto, 8,893 byli Evropané, 26,817 byli Číňané a 77,700 byly domorodých ostrovanů. Rozšiřující se obchodní činnost města vedla k imigraci velkého počtu nizozemských zaměstnanců a venkovských jávských do Batavie. 1905 populace Batavia a jeho okolí dosáhla 2,1 milionu, včetně 93 000 Číňanů, 14 000 Evropanů a 2800 Arabů. Tento růst vedl ke zvýšené poptávce po bydlení a ceny pozemků prudce stoupaly. Nové domy byly postaveny blízko sebe a osady kampung zaplnily prostory mezi domy. Osady, postavené s malým ohledem na tropické podmínky regionu, vedlo k přeplněnosti, špatná hygiena, a nedostatek veřejné vybavenosti. Jáva měla epidemii moru v roce 1913.
opuštěné příkopy a hradby staré Batavie zažily v tomto období boom, protože podél Ciliwungu byly založeny obchodní společnosti. Staré město se brzy znovu etablovalo jako obchodní centrum, s 20. – a budovy ze 17. století přiléhající k sobě.
nizozemský Etické Politiky byla zavedena v roce 1901, rozšíření vzdělávacích příležitostí pro domorodé obyvatelstvo z nizozemské Východní Indie. V roce 1924 byla v Batavii založena právnická škola. Počet obyvatel města při sčítání lidu v roce 1930 činil 435 000.:50
the University of Batavia byla založena v roce 1941, a později se stal University of Indonesia. V roce 1946 nizozemská koloniální vláda založila Nood Universiteit (Emergency University) v Jakartě. Následující rok byl název změněn na Universiteit van Indonesië (UVI). Po indonéské národní revoluce vláda založila Universiteit Indonesia, státní univerzita, v Jakartě v únoru 1950. Jeho název byl později změněn na Universitas Indonesia.
Volksraad členské Muhammad Husní Thamrin kritizoval koloniální vlády za ignorování kampungs a stravování bohaté na Menteng. V roce 1909 založil Tirto Adhi Soerjo v Batavii Islámský obchodní svaz na podporu indonéských obchodníků. Následovaly pobočky v dalších oblastech. V roce 1920 Oemar Said Tjokroaminoto a Agus Salim založili v Batavii výbor na podporu osmanského chalífátu.
špioni varovali Holanďany před plánovanou vzpourou v roce 1926 a vůdci Komunistické strany Indonésie (PKI) byli zatčeni. Andries Cornelis Dirk de Graeff nahrazuje Dirk Fock jako generálního guvernéra, a povstání v Batavia, Banten, a Priangan byly rychle rozdrceny. Ozbrojení komunisté obsadili telefonní ústřednu Batavia na jednu noc, než byli zajati. Nizozemci poslali vězně do Bandenu a do trestanecké kolonie v Boven-Digoel v Západní Nové Guineji, kde mnozí zemřeli na malárii. Sukarno a Studium Klub založil Indonéské Nacionalistické Asociace (který se stal Indonéský Národní Strany a později se připojil Partai Sarekat Islam, Budi Utomo, a Surabaya Klubu Studie k vytvoření Unie Indonéských Politických Sdružení) dne 4. července 1927.
v říjnu 1928 se v Batavii konal kongres mládeže a skupiny začaly označovat město jako Jakarta. Požadovali indonéskou nezávislost, vystavili červenobílou vlajku a zpívali indonéskou národní hymnu, kterou napsal Rudolf Supratman. Nizozemci zakázali vlajku, národní hymnu a slova „Indonésie“ a „Indonéština“.
Dne 5. Března 1942, Batavia klesl na Japonce. Holanďané se 9. března 1942 oficiálně vzdali japonským okupačním silám a vláda kolonie byla převedena do Japonska. Batavia byla přejmenována na Jakarta. Hospodářská situace a fyzická kondice indonéských měst se během okupace zhoršily. Budovy byly přeměněny na internační tábory pro Holanďany.
po japonské porážce v roce 1945 zažila oblast během indonéského boje za nezávislost období přechodu a otřesů. Během japonské okupace, a když indonéští nacionalisté vyhlásili nezávislost 17. srpna 1945, bylo město přejmenováno na Jakarta. V roce 1945 byla krátce obsazena spojenci a vrácena Nizozemcům. Nizozemské jméno Batavia zůstalo mezinárodně uznávaným názvem, dokud nebylo dosaženo indonéské nezávislosti a Jakarta vyhlásila národní Hlavní město 27. prosince 1949.