Postaven v roce 1372, chrám Wat Phnom stojí na jediném kopci v Phnom Penh, který propůjčil Kambodžské město své jméno. Podle legendy byl chrám původně postaven tak, aby obsahoval čtyři sochy Buddhy nalezené ve stromu plovoucím v nedaleké řece.
v roce 1372, nebo tak příběh pokračuje, bohatý Vdovec jménem Daun Penh narazil na padlý strom koki plovoucí v řece poblíž jejího domova. Uvnitř stromu našla čtyři bronzové sochy Buddhy. Ohromen tímto objevem, Penh a její sousedé postavili dočasnou svatyni na kusu vyvýšené půdy poblíž jejího domu. Místní obyvatelé na její počest nazvali malý kopec Phnom Penh nebo „Penhův kopec“.
asi o 60 let později se král Ponhea Yat, poslední král Khmerské říše, přestěhoval do Phnompenhu. Dal rozkaz zvětšit velikost kopce a postavit na něm dřevěný chrám. To byla první přestavba chrámu Wat Phnom—jeden z mnoha v průběhu následujících staletí—a zbytky Ponhea Yat jsou stále sídlí v stupa za hlavní chrám.
hlavní chrám byl přestavěn v letech 1434, 1806, 1894 a 1926. Jeho význam v průběhu let rostl a klesal, v závislosti na rozmarech králů, a byly provedeny rozsáhlé renovace, aby vyhovovaly ideologiím různých vládců, včetně Rudých Khmerů a Pol Pot. Byly přidány nové svatyně a sochy, a původní stěny byly při mnoha příležitostech omítnuty a natřeny.
Dnes, chrám je směsicí stylů a struktur, z celé své více než 600 let historie, včetně zahrady postaven francouzi na konci 19. století a svatyně, které představují Taoistické, Konfuciánské, Hinduistické víry.
velký hlavní vchod vede po východním schodišti, jeho cestu střeží lvi a naga, mýtičtí hadi hinduismu a buddhismu. Uvnitř chrámu stojí velký bronzový Buddha, stěny pokryté obrazy, které vyprávějí jeho příběh, a nástěnné malby, které připomínají Reamker, Khmerské verze Rámájany.
Mnoho dalších svatyní dot stranách a základny z kopce, ale některé jsou důležitější než svatyně Daun Penh, údajný zakladatel wat. Před její svatyně je často přeplněné s lidmi opuštění nabídky potravin a modlí se, aby Daun Penh, a mnoho žen sem hold chrámu ženské zakladatel.
Jiné pozoruhodné vlastnosti patří malá svatyně zasvěcená ducha nebo džina Preah Chau, který je myšlenka nabídnout ochranu před nepřáteli a je populární zejména mezi Vietnamské komunity. K dispozici je také více než 200 stop široké květinové hodiny, původně dárek z Francie v roce 1960, ale v roce 2000 byl nahrazen novou verzí, kterou dala Čína jako dárek.