Zwiebeln sollten bei Raumtemperatur, fern von hellem Licht und an einem gut belüfteten Ort gelagert werden. Um dieses Ziel am besten zu erreichen, legen Sie sie entweder in einen hängenden Korb aus Draht oder in eine perforierte Schüssel mit erhöhtem Boden, damit die Luft darunter zirkulieren kann. Die Länge der Lagerfähigkeit variiert mit der Art der Zwiebel. Diejenigen, die schärfer im Geschmack sind, wie gelbe Zwiebeln, halten länger als diejenigen mit einem süßeren Geschmack, wie weiße Zwiebeln, da die Verbindungen, die den scharfen Geschmack erzeugen, auch natürliche Konservierungsstoffe sind. Grüne Zwiebeln sollten in einer perforierten Plastiktüte im Kühlschrank aufbewahrt werden, wo sie etwa eine Woche lang aufbewahrt werden. Alle Zwiebeln sollten weg von Kartoffeln gelagert werden, da sie ihre Feuchtigkeit und Ethylengas absorbieren, wodurch sie leichter verderben.
Der Rest der geschnittenen Zwiebeln sollte fest in Plastikfolie eingewickelt oder in einem verschlossenen Behälter aufbewahrt werden. Sie oxidieren schnell, daher müssen Sie sie innerhalb von ein bis zwei Tagen verwenden. Gekochte Zwiebeln behalten ihren Geschmack in einem luftdichten Behälter am besten bei, behalten aber ihren Geschmack und ihre Frische nur für ein oder zwei Tage. Lagern Sie sie nicht in Metallschüsseln oder Lagerbehältern, da sie sich dadurch verfärben. Geschälte, gehackte Zwiebeln können eingefroren werden, aber dieser Prozess führt dazu, dass sie viel von ihrem Geschmack verlieren.