Argelia estuvo bajo gobierno militar directo durante varios años, durante los cuales el partido se mantuvo en oposición al gobierno durante la primera parte de la guerra, en particular en 1995, firmando la Plataforma de San Egidio, que fue muy crítica con el establishment militar. Después de luchas internas de poder y un cambio de liderazgo, volvió a apoyar a la presidencia. Después de que se restaurara la democracia formal, el FLN inicialmente no logró recuperar su posición prominente; en las elecciones parlamentarias de 1997 emergió como el tercer partido más grande, recibiendo el 14% de los votos y ganando 69 de los 231 escaños. Sin embargo, obtuvo una victoria aplastante en las elecciones de 2002, ganando 199 de los 389 escaños.
El partido nominó a Ali Benflis como su candidato para las elecciones presidenciales de 2004. Terminó segundo por detrás del actual Abdelaziz Bouteflika, pero recibió solo el 6,4% de los votos. En 2005, el FLN formó la Alianza Presidencial con la Coalición Nacional por la Democracia (RND) y el Movimiento de la Sociedad por la Paz (MSP).
En las elecciones parlamentarias de 2007, el FLN se redujo a 163 escaños, aunque Abdelaziz Belkhadem del FLN siguió siendo Primer Ministro. Bouteflika fue el candidato del partido en las elecciones presidenciales de 2009, que ganó con el 90% de los votos.
En 2012, el MSP dejó la Alianza Presidencial y se unió a la Alianza de Argelia Verde. A pesar de ello, el FLN siguió siendo el partido más grande después de las elecciones parlamentarias de 2012, ganando 208 de los 462 escaños. Bouteflika fue reelegido por el FLN en las elecciones presidenciales de 2014 con el 82% de los votos. El anciano y enfermo Bouteflika es ampliamente visto como un mero líder de lo que a menudo se ha descrito como un grupo «sombrío» de generales y oficiales de inteligencia conocidos por los argelinos colectivamente como le pouvoir («el poder») y cuyos miembros individuales se llaman décideurs con The Economist escribiendo en 2012 «El hombre más poderoso de la tierra puede ser Mohamed Mediène, conocido como Toufiq, que ha dirigido la inteligencia militar durante dos décadas». El general Mohamed Mediène, jefe de inteligencia militar de 1990 a 2015, era conocido por ser un destacado décideur dentro de le pouvior y por su secreto con The Economist reportando el 21 de septiembre de 2013: «A pesar de su papel principal en derrotar a militantes islámicos en una brutal guerra civil entre 1991 y 2000, y su papel menos público como hacedor de reyes en el pouvoir, el rostro del General Mediene sigue siendo desconocido; se dice que cualquiera que lo haya visto expira poco después. El 13 de septiembre de 2015, se anunció que Mediène se retiraba y el Presidente Bouteflika había nombrado al General Athmane Tartag para sucederle. El despido de Mediène fue visto como la culminación de una larga «lucha de poder entre bastidores» con Bouteflika, dejando a este último completamente a cargo y dándole más poder para determinar su propio sucesor.
En las elecciones parlamentarias de 2017, el FLN ganó 164 de los 462 escaños, perdiendo así 44 escaños; sin embargo, gracias al buen desempeño de la RND (que obtuvo 100 escaños), la Alianza Presidencial pudo mantener una mayoría parlamentaria y continuar gobernando el país.
Relación con argelinos judíoseditar
A los judíos de Argelia se les dio la ciudadanía francesa durante la era colonial a partir de 1870, mientras que a los musulmanes se les negó la ciudadanía por los franceses. Los judíos en Argelia eran vistos como un intermediario para las relaciones franco-musulmanas; sin embargo, la falta de ciudadanía en nombre de los musulmanes creó tensión entre los dos grupos. Durante la Guerra de Argelia, los judíos se sentían obligados a elegir bando; eran argelinos y luchaban con el FLN por la independencia, o eran franceses y luchaban con los franceses para mantener Argelia como colonia. Al comienzo de la Guerra de Argelia, el FLN ofreció a los judíos la oportunidad de unirse a sus esfuerzos, y a cambio se les daría la ciudadanía argelina cuando Argelia obtuviera la independencia. La mayoría de los judíos de Argelia se pusieron del lado del Gobierno francés, para gran consternación del FLN y sus partidarios. Durante el transcurso de la guerra, los judíos en Argelia comenzaron a sentir que el FLN estaba atacando a judíos y no solo a los franceses que vivían en Argelia. Esto llevó a un aumento de las tensiones entre judíos y musulmanes en la zona. Después de la guerra, la ciudadanía argelina solo se extendió a los musulmanes cuyos padres y abuelos eran musulmanes en el momento en que el FLN obtuvo la independencia del Gobierno francés. Los judíos argelinos ya no se consideraban argelinos, pero aún conservaban la ciudadanía francesa. Con su ciudadanía francesa, la mayoría de los judíos en Argelia decidieron emigrar a Francia, con un pequeño número de judíos que decidieron emigrar a Israel y un número aún menor de judíos que decidieron quedarse en Argelia bajo el gobierno del FLN.