ensimmäinen ja toinen tasavalta
epäsopu ja väkivalta ovat leimanneet Burundia itsenäistymisestä lähtien. Vaikka verenvuodatusta ei ole tapahtunut samassa mittakaavassa kuin Ruandassa, etniset selkkaukset ovat johtaneet satojentuhansien ihmisten kuolemaan ja satojentuhansien ihmisten siirtymiseen kodeistaan. Ensimmäinen välikohtaus tapahtui vasta tammikuussa 1965, jolloin Hutu Pierre Ngendandumwe astui toisen kerran pääministeriksi perustuslaillisen monarkin Mwami Mwambutsan pyynnöstä. Ngendandumwe joutui tutsien asemiehen salamurhaamaksi 15. tammikuuta, ennen kuin hän ehti muodostaa hallituksen. Joseph Bamina, toinen Hutu, toimi tämän jälkeen pääministerinä, kunnes vaalit voitiin järjestää myöhemmin samana vuonna. Vaikka vaalit antoivat Hutuille selvän enemmistön kansalliskokouksen paikoista, Mwambutsa sivuutti tulokset ja nimitti yksityissihteeri—pääministerikseen Tutsi—Léopold Bihan. Mwambutsa vaati, että valta pysyisi edelleen kruunulla, vaikka hän päätti lähteä maasta hutuupseerien johtaman epäonnistuneen vallankaappauksen jälkeen lokakuussa; hän määräsi poikansa prinssi Charles Ndizeyeton hallitsemaan hänen poissa ollessaan.
Burundin hallinta siirtyi kokonaan tutsien käsiin ennen seuraavan vuoden loppua. Epäonnistuneen vallankaappauksen jälkeen noin 34 Hutuupseeria teloitettiin, ja tutsien kontrolli vahvistui entisestään, kun Michel Micombero nimitettiin pääministeriksi heinäkuussa 1966. Bururin provinssista kotoisin oleva Tutsi-Bahima Micombero oli ollut avainasemassa vuoden 1965 vallankaappauksen estämisessä ja hutujen vastaisten mellakoiden järjestämisessä maaseudulla. Myös heinäkuussa 1966 hänen poikansa syrjäytti Mwambutsan, joka aloitti erittäin lyhyen valtakauden, sillä Tutsipoliitikot syrjäyttivät hänet itse marraskuussa. Monarkian muodollisen kukistamisen ja ensimmäisen tasavallan virallisen julistamisen (Micomberon ollessa presidenttinä) myötä viimeinen este tutsien ylivallan tiellä poistui.
mikään muu tapahtuma ei aiheuttanut suurempaa häpeää ensimmäiselle tasavallalle kuin hutuyhteisöön kohdistuneet kansanmurhat huhti-ja toukokuussa 1972. Vaikka hutut tappoivat aluksi noin 2 000 tutsia, lopulta surmattiin arviolta 100 000-200 000 hutua ja toiset 10 000 tutsia. Verilöyly vaati noin 5 prosentin hengen väestöstä ja käytännössä eliminoi kaikki koulutetut hutut sekä sai yli 100 000 hutua pakenemaan maasta. Sen lisäksi, että vuoden 1972 tapahtumat synnyttivät syvää ja pysyvää vihaa etnisen kuilun molemmin puolin, ne aiheuttivat huomattavia jännitteitä Tutsivähemmistössä, mikä tasoitti tietä Micomberon syrjäyttämiselle vuonna 1976 ja toisen tasavallan syntymiselle Jean-Baptiste Bagazan johdolla. Vaikka Bagaza oli itse Bururilainen Tutsi-Bahima (kuten Micombero), hän ryhtyi elvyttämään UPRONAA ennennäkemättömässä mittakaavassa. Samalla pyrittiin kaikin keinoin saamaan roomalaiskatolinen kirkko tiukasti valtion valvontaan, sillä tutsien hallitsema hallitus katsoi kirkon politiikan suosivan hutuja. Hallituksen toimien seurauksena kirkon toiminta tukahdutettiin.