Identification-by-DNA has had eklektic uses: outing fake sushi, detecting horsemeat in Ikea meatballs, and capturing a murderer than to A telltale hair from Snowball The cat, example. Nick Conley päätti tarttua Chobani-jogurttiin, herkulliseen tuotteeseen, jota syytettiin muutama viikko sitten saastuneen aineen kätkemisestä. Rakastan Chobani yogurt ja heidän yhtiönsä pääkonttori on pienessä kaupungissa noin tunnin päässä minusta New Yorkin osavaltion pohjoisosassa.
Nick lähetti minulle blogikirjoituksensa yrityksestään Epibiomesta ja on ystävällisesti tarjoutunut jakamaan sen. Hänen lisäkseen Epibiomessa ovat fyysikko Aaron Tynes Hammack ja fysikaalinen kemisti Hsiao-lu Lee. Nickin tohtorin tutkinto on kemiassa, ja hän suoritti kehitysbiologian post doc-tutkinnon sekä Stanfordissa, tuottaen vaikuttavan julkaisutiedon että kosmetiikkayrityksen. Tärkeintä minulle on, että hänellä on basset hounds, lempikoirani.
Paljon kiitoksia Nick!
syyskuun 9.päivä olimme juuri saaneet bakteerin DNA: ta kasvomikrobiominäytteistä, kun päätin palkita itseni kupillisella limellä maustettua Chobani-kreikkalaista jogurttia. Kumma kyllä, kupin folio pullistui, jogurtti oli ohutta ja erittäin hiilihappoista. Huomaa vertailu” normaaliin ” mansikalla maustettuun kuppiin kuvassa.
pikainen google-haku toi minut Chobanin Facebook-sivulle, josta kävi ilmi, että monet ihmiset kertoivat samasta asiasta. Koska monet bakteerit kykenevät maitohappokäymiseen, päätimme ottaa bakteerin DNA: ta tästä funky lime cupista ja ”normaalista” mansikkakupista ja tehdä 16S rDNA-sekvensoinnin bakteerien tunnistamiseksi.
aloitettuamme tutkimuksemme Chobani ilmoitti vapaaehtoisesta takaisinkutsusta ja on sittemmin kertonut uskovansa saastumisen olevan peräisin homeesta (Mucor circinelloides).
tekniikkamme antaa meille tietoa vain siinä esiintyvistä bakteereista, ei homeista, jotka ovat eräs sienilaji. Olemme kuitenkin erittäin innoissamme nähdäksemme, löytyykö viljelmästä yllättäviä bakteereja ja ymmärtääksemme, miten homekontaminaatio muuttaa jogurttiviljelmän alkuperäisten bakteerien koostumusta. Raportoimme tuloksemme muutaman päivän sisällä.
ja kyllä, söin limettijogurtin ja olin kunnossa. Karbonaatio oli jännittävä, jolloin syntyi kefiirimäinen (mojito-like?) jogurtti. Vaikka kreikkalaiset jogurttipuristajat saattavat kiistellä (söisivätkö he todellisuudessa limetin maustamaa jogurttia joka tapauksessa?), Minusta Chobani pitäisi yrittää saavuttaa karbonaatio maitohappoa käyvällä bakteerilla ja käynnistää se uutena tuotteena.
10. syyskuuta olemme iloisia voidessamme ilmoittaa bakteeriperäisen 16S rDNA-sekvensoinnin tulokset kahdesta Chobani-kreikkalaisesta jogurttinäytteestämme: normaalin näköisestä mansikanmakuisesta kupista ja palautetusta limekupista.
olemme yksiselitteisesti todenneet, että tutkimuksessamme käytetty kalkkimuki oli mukana takaisinkutsussa, koska IMS-numero vastaa täsmälleen FDA: n takaisinkutsusivustolla ilmoitettua määrää (ja jogurtilla oli kaikki ominaisuudet). Tällaista IMS-numeroa ei voitu paikantaa mansikkakupissa, jonka sisältö näytti normaalilta, joten vertasimme sitä takaisinvedettyyn lime-jogurttiin.
emme kiistä mitään, mitä Chobani on kertonut takaisinvedon syystä, mukaan lukien homeen saastuminen ja sen vaarattomuus. Vaikka Yhdysvaltain elintarvike-ja lääkevirasto FDA tutkii takaisinvedettyyn jogurttiin liittyviä sairastumisvalituksia, ei ole selvitetty, onko tällaista yhteyttä olemassa. Tärkeää on, että tiedot esitämme alla eivät millään tavalla osoittavat, että muistutti Chobani jogurtti pystyi aiheuttamaan sairauden tai aiheutti sairauden minkäänlaista.
tutkimuksemme tehtiin puhtaasti uteliaisuuden tyydyttämiseksi, ja kokeessamme on useita puutteita, mm.: (a) hyvin pieni näytteiden koko (n = 2), (B) vertailu 0% rasvaa mansikka ja 2% rasvaa kalkki makuja, (c) inhomogeneity jogurtti cup, joka voi johtaa epäedustava näyte kerätään, (d) PCR bias PCR bias, (e) mahdollisuus virheellisen tunnistamisen organismien yhteisen 16S rDNA sekvenssi, (f) sekvensointivirheet johtavat virheelliseen tunnistamiseen bakteerien taksonomian, (g) virheellinen yhdenmukaistaminen tietokannat, ja (h) mahdollisuus DNA kontaminaation. Voi olla muitakin puutteita, joista emme ole tietoisia.
alla on piirakkakaaviot, joissa näkyy taksonominen järjestys, joka liittyy runsaimpiin 16S rDNA: n lukuihin normaalilta näyttävästä mansikkakupista ja takaisinkutsutusta limettikupista.
Chobani ilmoittaa, että heillä on jogurteissaan kolme probioottiviljelmää: Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei ja Bifidus. Kaksi ensimmäistä kuuluvat taksonomisiin lahkoihin Lactobacillales ja jälkimmäinen kuuluu Bifidobacteriales-lahkoon, mikä vastaa sitä, mitä löysimme sekvensoimalla bakteerien DNA: ta tavallisesta mansikkakupista.
takaisinvedetyn limettijogurtin jakauma on kuitenkin huomattavasti erilainen. Tämän otoksen 1 950 616 lukemasta 190 331 (9,8%) kuului Oceanospirillales-lahkoon. Onneksi sekvenssitiedot sisältävät enemmän tietoa kuin lahko; ne antavat myös käsityksen bakteerin (Oceanrickettsiaceae) taksonomisesta suvusta ja suvusta (Oceanrickettsia). Tämä on, jos asiat saavat erittäin hämärä, kuitenkin, koska lukuun ottamatta pari sekvenssi merkinnät Genbank Genbank organismin jakaa saman suvun (Oceanrickettsia ariakensis), emme tiedä juuri mitään näistä bakteereista. Itse asiassa niin vähän, että taksonomista sukua ja sukua ei ole virallisesti hyväksytty ja organismi on siirretty ”luokittelemattomien Gammaproteobakteerien luetteloon.”
what little we can gleanch, two Chinese scientists related to the South China Sea Institute of Oceanology, Drs. Xiangyun Wu ja Yang Zhang tallettivat Oceanrickettsia ariakensis-bakteerin sekvenssitiedot tietokantaan vuonna 2005 ja ilmoittivat eristäneensä bakteerin osterista (Crassostrea ariakensis). He uskoivat, että bakteeri tartutti osterin ja vaikutti sen valtavaan häviämiseen.
on erittäin tärkeää huomata, että ei ole todisteita siitä, että tämä bakteeri olisi patogeeninen ihmisille. Lisäksi Wun ja Zhangin työtä ei näytä riippumattomasti todennetun tai vertaisarvioidun (parhaan tietomme mukaan).
tarkoittaako tämä, että Chobani-jogurtin takaisinvedolla oli mitään tekemistä osterien saastumisen kanssa? Ehdottomasti ei! On mahdollista, että bakteeria, jonka DNA: ta löysimme, on jo ollut pieniä määriä yhdessä jogurtin ainesosasta.kun Home valtasi jogurttiviljelmän, se loi olosuhteet, jotka mahdollistivat sen kukoistamisen. Tämän teorian tueksi havaitsimme 198 lukua 1,713,939 kokonaismäärästä, joka vastasi järjestystä Oceanospirillales (0,012%) mansikka-jogurtissa. Tai ehkä havaintomme antavat jonkinlaisen käsityksen saastumisen lähteestä. On liian aikaista sanoa.
mutta voimme sanoa, että meillä on paljon enemmän opittavaa bakteereista. Voimme vain kulttuuri (ja siksi, perusteellisesti tutkia) noin 1% bakteerilajeista planeetalla. Uusimman sukupolven sekvensointitekniikalla voimme sekvensoida kaiken. Mitähän muuta siellä on? Niin mekin.
en ole lopettanut Chobani-jogurtin syömistä ja olen edelleen suuri fani! Monet luotetut brändit ovat kohdanneet takaisinvedon jossain vaiheessa historiansa aikana. Mikrobikontaminaatio on jatkuva huolenaihe elintarvikevalmistajien keskuudessa, eikä se ole harvinaista. Valtaosan ajasta ylimääräiset matkustajat, joita kutsumme bakteereiksi, yksinkertaisesti lähtevät mukaan ajelulle, täysin huomaamatta.