Identifikace podle DNA má eklektický použití: výlet falešné sushi, detekci koňského masa v Ikea karbanátky, a dopadení vraha a to díky poznávacím vlasy od Snowball kočka, například. Nick Conley se rozhodl vzít si Chobani jogurt, lahodný produkt obviněný před několika týdny z držení kontaminantu. Miluji Chobani jogurt a jejich sídlo společnosti je v malém městě asi hodinu ode mě v severní části státu New York.
Nick mi poslal svůj blogový příspěvek od své společnosti Epibiome a milostivě se nabídl, že se o něj podělí. V Epibiome se k němu připojili fyzik Aaron Tynes Hammack a fyzikální chemik Hsiao-lu Lee. Nickův PhD je v chemii a udělal post-doc ve vývojové biologii, oba na Stanfordu, generování působivého publikačního záznamu a kosmetické společnosti. Ale nejdůležitější pro mě je, že má basetové psy, můj oblíbený pes.
Mnohokrát děkuji Nick!
Září 9 právě jsme extrahovali bakteriální DNA ze sady vzorků mikrobiomu obličeje, když jsem se rozhodl odměnit se šálkem limetkového řeckého jogurtu Chobani. Kupodivu byla fólie na šálku vyboulená, jogurt byl tenký a byl extrémně sycený. Všimněte si srovnání s“ normálním “ šálkem s jahodovou příchutí na fotografii.
rychlé vyhledávání google mě přivedl k Chobani je Facebook stránka, která ukázala, že mnoho lidí hlásí stejný problém. Protože spousta bakterií jsou schopné mléčné kvašení, rozhodli jsme se pro extrakci bakteriální DNA z této funky vápna šálek a „normální“ jahodový pohár a udělat 16S rDNA sekvencování k identifikaci bakterií přítomných.
od doby, kdy jsme zahájili naši studii, Chobani oznámil dobrovolné stažení a od té doby oznámil, že věří, že kontaminace pochází z formy (Mucor circinelloides).
naše technika nám poskytne pouze informace o přítomných bakteriích, nikoli o plísních, které jsou typem houby. Nicméně, jsme velmi rádi, aby zjistili, zda existují nějaké nečekané bakterií v kultuře a pochopit, jak formy kontaminace, změny složení původní bakterie v jogurtové kultuře. Naše výsledky budeme hlásit během několika dní.
a ano, Snědl jsem limetový jogurt a byl jsem v pořádku. Karbonace byla vzrušující a vytvářela kefír podobný (mojito?) jogurt. Zatímco řečtí jogurtoví puristé by mohli mít problém (opravdu by stejně jedli jogurt s limetkovou příchutí?), Myslím, že Chobani se měli snažit dosáhnout sycení s mléčné kvašení bakterie a spusťte jej jako nový produkt.
Sept 10 Jsme rádi oznamujeme, bakteriální 16S rDNA sekvencování výsledky z našich dvou Chobani řecký jogurt vzorků: jahoda s příchutí šálek normální vzhled, a připomněl, vápno cup.
zjistili Jsme jednoznačně, že vápno pohár použita v naší studii byl zapojen do odvolání, protože IMS číslo odpovídá přesně zveřejněny na FDA připomenout stránky (a jogurt ukázal všechny vlastnosti). Žádný takový IMS číslo může být umístěn na jahodový pohár, jehož obsah se objevil normální, takže jsme použili k porovnání s třeba připomenout, vápno jogurt.
nezpochybňujeme nic, co Chobani nahlásil o příčině stažení, včetně kontaminace plísní a její nezávadné povahy. Ačkoli FDA vyšetřuje stížnosti na nemoci související s staženým jogurtem, nebylo stanoveno, zda taková souvislost existuje nebo ne. Důležité je, že údaje, které uvádíme níže, v žádném případě neukazují, že stažený jogurt Chobani byl schopen způsobit nemoc nebo způsobit onemocnění jakéhokoli druhu.
naše studie byla provedena čistě pro uspokojení zvědavosti a náš experiment má několik nedostatků, včetně: (a) velmi malá velikost vzorků (n = 2), (b) ve srovnání s 0% tuku, jahoda a 2% tuku limetkovou příchutí, (c) nehomogenity v jogurtu poháru, což by mohlo vést k nereprezentativní vzorek shromažďovány, (d) PCR PCR bias bias, (e) možnost chybné identifikace organismů sdílení společného 16S rDNA sekvence, (f) sekvenování chybám v charakterizace bakteriální taxonomie, (g) nesprávné zarovnání databáze, a (h) možnost kontaminace DNA. Mohou existovat další nedostatky, o kterých si nejsme vědomi.
Níže jsou koláčové grafy ukazující taxonomické pořadí spojena s nejhojnější 16S rDNA čte z normální zobrazení jahodový pohár a připomněl vápna šálek.
Chobani naznačuje, že mají ve svém jogurtu tři probiotické kultury: Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei a Bifidus. První dva patří do taxonomické objednávky Lactobacillales a druhý patří k Bifidobacteriales, což je v souladu s tím, co jsme našli sekvenováním bakteriální DNA v normální jahodový pohár.
avšak odvolaný limetový jogurt vykazuje značně odlišné rozložení. Z celkového počtu 1,950,616 čte pro tento vzorek, 190,331 (9.8%) patří do řádu Oceanospirillales. Naštěstí data sekvence obsahují více informací než pořadí; poskytují také vhled do taxonomické rodiny bakterie (Oceanrickettsiaceae) a rodu (Oceanrickettsia). To je místo, kde se věci velmi obskurní, nicméně, protože kromě pár sekvence záznamů v Genbank v Genbank na organismus sdílení stejného rodu (Oceanrickettsia ariakensis), nevíme skoro nic o těchto bakterií. Tak málo, ve skutečnosti, že taxonomická rodina a Rod nebyly formálně přijaty a organismus byl zařazen do seznamu “ nezařazených Gammaproteobakterií.“
Z toho, co můžeme sbírat, dva Čínští vědci spojeni s jihočínského Moře Ústav Oceánologie, Drs. Xiangyun Wu a Zhang Yang, která je uložena posloupnost dat pro Oceanrickettsia ariakensis do databáze v roce 2005 a uvedl, že jsou izolované bakterie z ústřice (Crassostrea ariakensis). Věřili, že bakterie infikovaly ústřici a přispěly k jejímu masivnímu odumírání.
je velmi důležité poznamenat, že neexistuje žádný důkaz, že by tato bakterie byla u lidí patogenní. Kromě toho se zdá, že práce Wu a Zhanga nebyla nezávisle ověřena nebo podrobena vzájemnému hodnocení(podle našich nejlepších znalostí).
znamená to, že stažení jogurtu Chobani mělo něco společného s kontaminací ústřice? Rozhodně ne! Je možné, že bakterie, jejichž DNA jsme zaznamenali již může být přítomen v malých množstvích v jedné z jogurtu suroviny, a když je forma převzal jogurt kultury, vytvořil podmínky, které umožnily, že se daří. Na podporu této teorie, jsme pozorovali 198 čte z 1,713,939 celkem, který odpovídal na objednávku Oceanospirillales (0.012%) v jahodový jogurt. Nebo snad naše zjištění poskytují určitý pohled na zdroj kontaminace. Je příliš brzy na to říct.
ale můžeme říci, že se o bakteriích musíme dozvědět mnohem více. Můžeme pouze kultivovat (a proto důkladně studovat) asi 1% bakteriálních druhů na planetě. S nejnovější generací sekvenčních technologií můžeme sekvenovat vše. Zajímalo by mě, co ještě je tam venku? My taky.
nepřestala jsem jíst jogurt Chobani a jsem stále velký fanoušek! Mnoho důvěryhodných značek čelilo odvolání v určitém okamžiku během své historie. Mikrobiální kontaminace je neustálým problémem mezi výrobci potravin a není neobvyklá. Drtivou většinu času, další cestující, kterým říkáme bakterie, prostě jdou na jízdu, zcela bez povšimnutí.