a Identificação por DNA teve eclética usa: passeio falso sushi, detecção de carne de cavalo em almôndegas da Ikea, e capturar o assassino graças a um telltale, o cabelo de bola de neve, o gato, por exemplo. Nick Conley decidiu aceitar iogurte Chobani, um delicioso produto acusado há algumas semanas de abrigar um contaminante. Adoro iogurte Chobani e a sede da empresa fica numa cidade pequena a cerca de uma hora de mim, no norte de Nova Iorque.Nick me enviou seu post de blog de sua empresa, Epibiome, e graciosamente se ofereceu para compartilhá-lo. Ele se juntou em Epibiome pelo físico Aaron Tynes Hammack e físico-químico Hsiao-lu Lee. O doutoramento de Nick é em química e fez um pós-doutoramento em biologia do desenvolvimento, ambos em Stanford, gerando um impressionante registo de publicações e uma empresa de cosméticos. Mas o mais importante para mim é que ele tem basset hounds, o meu cão favorito.Muito obrigado, Nick!
Sept 9 tínhamos acabado de extrair ADN bacteriano de um conjunto de amostras de microbiomas faciais quando decidi recompensar-me com uma chávena de iogurte grego Chobani com sabor a lima. Estranhamente, a folha do copo estava a abarrotar, o iogurte era fino e estava extremamente carbonizado. Observe a comparação com um copo” normal ” de morango com sabor na foto.Uma pesquisa rápida no google me levou à página de Chobani no Facebook, que mostrou que muitas pessoas estavam relatando o mesmo problema. Uma vez que muitas bactérias são capazes de fermentação de ácido láctico, decidimos extrair o DNA bacteriano deste copo de Lima funky e um copo de morango “normal” e sequenciamento do 16S rDNA para identificar as bactérias presentes.Desde o início do nosso estudo, Chobani anunciou uma retirada voluntária e desde então informou que acredita que a contaminação é de um molde (Mucor circinelloides).
nossa técnica só nos dará informações sobre as bactérias presentes, não sobre moldes, que são um tipo de fungo. No entanto, estamos muito animados para ver se há alguma bactéria inesperada na cultura e para entender como a contaminação do molde muda a composição da bactéria original na cultura de iogurte. Comunicaremos os nossos resultados dentro de alguns dias.E sim, comi o iogurte de Lima e estava bem. A carbonação foi emocionante, gerando um kefir-like (mojito-like?) iogurte. Enquanto os puristas de iogurte grego podem ter problemas (eles realmente estão comendo iogurte com sabor a lima de qualquer maneira?), I think Chobani should try to achieve the carbonation with a lactic acid fermenting bacterium and launch it as a new product.
Sept 10 nós estamos felizes em anunciar os resultados bacterianos 16s rDNA sequenciamento de nossas duas amostras de iogurte grego Chobani: um copo com sabor a morango de aparência normal, e um copo de Lima chamado.
determinámos inequivocamente que a taça de cal utilizada no nosso estudo estava envolvida na recolha porque o número IMS corresponde exactamente ao publicado no site de recolha da FDA (e o iogurte mostrou todas as características). Nenhum número do IMS poderia estar localizado no copo de morango, cujo conteúdo parecia normal, então usámo-lo para comparar com o iogurte de Lima.Não contestamos nada que Chobani tenha relatado sobre a causa da retirada, incluindo o contaminante de mofo e sua natureza não-perigosa. Embora a FDA esteja investigando queixas de doenças relacionadas com o iogurte chamado de volta, nenhuma determinação foi feita se essa ligação existe ou não. Importante, os dados que apresentamos abaixo não mostram de forma alguma que o iogurte Chobani foi capaz de causar doenças ou causar doenças de qualquer tipo.O nosso estudo foi realizado apenas para satisfazer a curiosidade, e a nossa experiência tem várias deficiências, incluindo:: (a) muito pequenas amostras de tamanho (n = 2), (b) a comparação de 0% de gordura de morango e 2% de gordura cal sabores, (c) inhomogeneity no copo do iogurte, o que poderia levar a uma amostra não representativa de ser recolhidos, (d) PCR viés de PCR viés, (e) a possibilidade de erro de identificação de organismos que compartilham uma sequência 16S rDNA, (f) seqüenciamento de erros, resultando na descaracterização da taxonomia bacteriana, (g) alinhamento incorreto bancos de dados, e (h) possibilidade de contaminação de DNA. Pode haver outras deficiências que desconhecemos.
abaixo estão gráficos circulares mostrando a ordem taxonômica associada com a mais abundante leitura rDNA 16S da Taça de morango com aparência normal e da Taça de Lima.
Chobani indica que eles têm três culturas probióticas em seu iogurte: Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei, e Bifidus. Os dois primeiros pertencem a ordens taxonômicas Lactobacillales e o último pertence a Bifidobacteriales, o que é consistente com o que encontramos sequenciando DNA bacteriano no copo normal de morango.No entanto, o iogurte de Lima recolhido mostra uma distribuição consideravelmente diferente. De um total de 1 950.616 leituras para esta amostra, 190,331 (9,8%) pertenciam à ordem Oceanospirillales. Felizmente, os dados de sequência contêm mais informações do que a ordem; eles também dão uma visão sobre a família taxonômica da bactéria (Oceanrickettsiaceae) e do gênero (Oceanrickettsia). É aqui que as coisas ficam extremamente obscuras, no entanto, porque além de um par de entradas sequenciais em Genbank em Genbank sobre um organismo compartilhando o mesmo gênero (Oceanrickettsia ariakensis), nós não sabemos quase nada sobre essas bactérias. Tão pouco, de fato, que a família taxonômica e o gênero não foram formalmente aceitos e o organismo foi relegado para uma lista de “Gammaproteobacteria não classificada”.”
From what little we can glean, two Chinese scientists affiliated with the South China Sea Institute of Oceanology, DRS. Xiangyun Wu e Yang Zhang, depositaram os dados de sequência para Oceanrickettsia ariakensis na base de dados em 2005 e indicaram que isolaram as bactérias de uma ostra (Crassostrea ariakensis). Eles acreditavam que a bactéria infectou a ostra e contribuiu para a sua morte maciça.
é muito importante notar que não há evidência de que esta bactéria seria patogênica em seres humanos. Além disso, o trabalho de Wu e Zhang não parece ter sido verificado de forma independente ou submetido a revisão por pares (tanto quanto sabemos).Isto significa que a recolha de iogurte Chobani teve alguma coisa a ver com a contaminação das Ostras? Nem pensar! É possível que a bactéria cujo DNA nós detectamos já esteja presente em pequenas quantidades em um dos ingredientes do iogurte, e quando o mofo assumiu a cultura do iogurte, criou condições que lhe permitiram prosperar. Em apoio a esta teoria, observamos 198 leituras de um total de 1.713.939 que correspondia à ordem Oceanospirillales (0,012%) no iogurte de morango. Ou talvez as nossas descobertas forneçam alguma informação sobre a fonte de contaminação. É muito cedo para dizer.Mas o que podemos dizer é que temos muito mais a aprender sobre bactérias. Só podemos cultivar (e, portanto, estudar minuciosamente) cerca de 1% das espécies bacterianas no planeta. Com a última geração de tecnologias de sequenciamento, podemos sequenciar tudo. Pergunto-me o que mais há lá fora? Nós também.
eu ainda não parei de comer Chobani iogurte e ainda sou um grande fã! Muitas marcas de confiança têm enfrentado um recall em algum momento durante a sua história. A contaminação microbiana é uma preocupação constante entre os fabricantes de alimentos e não é incomum. A esmagadora maioria das vezes, os passageiros a mais a que chamamos bactérias simplesmente vão para o passeio, completamente despercebidos.