Identyfikacja po DNA ma eklektyczne zastosowania: na przykład wyjście na sztuczne sushi, wykrywanie koniny w klopsikach Ikea i schwytanie mordercy dzięki charakterystycznym włosom kota Śnieżki. Nick Conley postanowił wziąć jogurt Chobani, pyszny produkt oskarżony kilka tygodni temu o ukrywanie zanieczyszczenia. Uwielbiam jogurt Chobani, a ich siedziba firmy znajduje się w małym miasteczku około godziny ode mnie na północy stanu Nowy Jork.
Nick wysłał mi swojego bloga ze swojej firmy Epibiome i łaskawie zaproponował, że się nim podzieli. W Epibiome dołączyli do niego fizyk Aaron Tynes Hammack i fizykolog Hsiao-lu Lee. Nick ma doktorat z chemii i zrobił post-doc z biologii rozwoju, zarówno w Stanford, generując imponujący rekord publikacji i firmy kosmetycznej. Ale najważniejsze dla mnie jest to, że ma Basset hounds, mojego ulubionego psa.
Wielkie dzięki Nick!
9 września właśnie wyodrębniliśmy DNA bakterii z zestawu próbek mikrobiomu twarzy, kiedy postanowiłem nagrodzić się filiżanką greckiego jogurtu Chobani o smaku limonki. Co dziwne, folia na kubku była wybrzuszona, jogurt był cienki i był wyjątkowo gazowany. Zwróć uwagę na porównanie do” normalnego ” kubka o Smaku Truskawkowym na zdjęciu.
szybkie wyszukiwanie w google doprowadziło mnie do strony Chobani na Facebooku, która pokazała, że wiele osób zgłaszało ten sam problem. Ponieważ wiele bakterii jest zdolnych do fermentacji kwasu mlekowego, zdecydowaliśmy się wyodrębnić DNA bakterii z tego funky Lime cup i „normalnego” kubka truskawkowego i zrobić sekwencjonowanie 16s rDNA w celu identyfikacji obecnych bakterii.
od czasu rozpoczęcia badań Chobani ogłosił dobrowolne wycofanie i od tego czasu poinformował, że uważa, że zanieczyszczenie pochodzi z pleśni (Mucor circinelloides).
Nasza technika daje nam tylko informacje o obecnych bakteriach, a nie o pleśniach, które są rodzajem grzybów. Niemniej jednak, jesteśmy bardzo podekscytowani, aby zobaczyć, czy nie ma żadnych nieoczekiwanych bakterii w kulturze i zrozumieć, w jaki sposób zanieczyszczenie pleśni zmienia skład oryginalnych bakterii w kulturze jogurtów. Wyniki będziemy zgłaszać w ciągu kilku dni.
i tak, zjadłam jogurt limonkowy i nic mi nie było. Gazowanie było ekscytujące, generując kefir – like (mojito-like?) jogurt. Podczas gdy greccy puryści jogurtowi mogą mieć problem(czy naprawdę jedzą jogurt o smaku limonki?), Myślę, że Chobani powinien spróbować osiągnąć karbonatyzację bakterią fermentującą kwas mlekowy i wprowadzić ją jako nowy produkt.
10 września z przyjemnością ogłaszamy wyniki sekwencjonowania bakteryjnego 16S rDNA z naszych dwóch próbek jogurtu greckiego Chobani: kubek o Smaku Truskawkowym o normalnym wyglądzie i kubek przypominający limonkę.
ustaliliśmy jednoznacznie, że kubek z limonką użyty w naszym badaniu był zaangażowany w wycofanie, ponieważ numer IMS pasuje dokładnie do tego, który został opublikowany w witrynie wycofania FDA (a jogurt wykazał Wszystkie cechy). Żaden taki numer IMS nie mógł znaleźć się na kubku Truskawkowym, którego zawartość wydawała się normalna, więc użyliśmy go do porównania z przywołanym jogurtem limonkowym.
nie kwestionujemy niczego, co Chobani poinformował o przyczynie wycofania, w tym o zanieczyszczeniu pleśni i jej nieszkodliwym charakterze. Chociaż FDA bada skargi na choroby związane z wycofanym jogurtem, nie ustalono, czy taki związek istnieje. Co ważne, dane, które prezentujemy poniżej, w żaden sposób nie pokazują, że wycofany jogurt Chobani był zdolny do wywołania choroby lub spowodowania jakiejkolwiek choroby.
nasze badania zostały przeprowadzone wyłącznie w celu zaspokojenia ciekawości, a nasz eksperyment ma kilka niedociągnięć, w tym: a) bardzo mały rozmiar próbek (N = 2), B) porównanie 0% tłuszczowych aromatów truskawkowych i 2% tłuszczowych aromatów limonkowych, c) niejednorodność w kubku jogurtowym, co może prowadzić do pobrania niereprezentatywnej próbki, d) odchylenie PCR odchylenie PCR, e) możliwość błędnej identyfikacji organizmów dzielących wspólną sekwencję 16s rDNA, f) błędy sekwencjonowania powodujące błędne oznaczenie taksonomii bakterii, g) nieprawidłowe dopasowanie baz danych oraz H) możliwość zanieczyszczenia DNA. Mogą istnieć inne niedociągnięcia, o których nie jesteśmy świadomi.
poniżej znajdują się Wykresy kołowe przedstawiające kolejność taksonomiczną związaną z najliczniej występującą 16s rDNA z normalnie występującego kubka truskawkowego i kubka limonkowego.
Chobani wskazuje, że mają trzy Kultury probiotyczne w swoim jogurcie: Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei i Bifidus. Pierwsze dwa należą do rzędu taksonomicznego Lactobacillales, a drugi do Bifidobacteriales, co jest zgodne z tym, co odkryliśmy przez sekwencjonowanie DNA bakterii w normalnym kubku Truskawkowym.
jednak wycofany jogurt limonkowy wykazuje znacznie inny rozkład. Spośród 1 950 616 czytań dla tej próbki, 190 331 (9,8%) należało do rzędu Oceanospirillales. Na szczęście dane o sekwencji zawierają więcej informacji niż kolejność; dają również wgląd w taksonomiczną rodzinę bakterii (Oceanrickettsiaceae) i rodzaju (Oceanrickettsia). To jest, gdzie rzeczy stają się bardzo niejasne, jednak, ponieważ oprócz kilku wpisów sekwencji w Genbank w Genbank na organizmie z tego samego rodzaju (Oceanrickettsia ariakensis), prawie nic nie wiemy o tych bakterii. W rzeczywistości tak niewiele, że rodzina taksonomiczna i rodzaj nie zostały formalnie zaakceptowane, a organizm został przeniesiony do listy ” Niezaklasyfikowanych Gammaproteobacteria.”
z tego, co niewiele możemy wyciągnąć, dwaj chińscy naukowcy związani z Południowochińskim morskim Instytutem Oceanologii, DRS. Xiangyun Wu i Yang Zhang zdeponowali w 2005 roku dane dotyczące sekwencji dla Oceanrickettsia ariakensis i wskazali, że wyizolowali bakterie z ostrygi (Crassostrea ariakensis). Wierzyli, że bakterie zainfekowały ostrygę i przyczyniły się do jej masowego wymierania.
bardzo ważne jest, aby pamiętać, że nie ma dowodów na to, że ta bakteria byłaby patogenna u ludzi. Ponadto, prace Wu i Zhanga nie wydają się być niezależnie zweryfikowane lub poddane wzajemnej weryfikacji (zgodnie z naszą najlepszą wiedzą).
czy to oznacza, że wycofanie jogurtu Chobani miało coś wspólnego ze skażeniem ostryg? Absolutnie nie! Możliwe, że bakterie, których DNA wykryliśmy, mogły już być obecne w niewielkich ilościach w jednym ze składników jogurtu, a kiedy pleśń przejęła kulturę jogurtu, stworzyła warunki, które pozwoliły jej się rozwijać. Na poparcie tej teorii zaobserwowaliśmy 198 odsłon z 1 713 939 wszystkich, które odpowiadały rządowi Oceanospirillales (0,012%) w jogurcie Truskawkowym. A może nasze odkrycia dają wgląd w źródło skażenia. Za wcześnie, by mówić.
ale możemy powiedzieć, że mamy dużo więcej do nauczenia się o bakteriach. Możemy tylko Kultury (i dlatego, dokładnie zbadać) około 1% gatunków bakterii na planecie. Dzięki najnowszej generacji technologii sekwencjonowania możemy uporządkować wszystko. Ciekawe, co jeszcze tam jest? My też.
nie przestałam jeść jogurtu Chobani i nadal jestem wielką fanką! Wiele zaufanych marek stanęło w obliczu wycofania w pewnym momencie swojej historii. Zanieczyszczenie mikrobiologiczne jest stałym problemem wśród producentów żywności i nie jest rzadkością. Przytłaczająca większość czasu, dodatkowych pasażerów nazywamy bakteriami po prostu iść na przejażdżkę, zupełnie niezauważone.