Dnaによる識別には、偽の寿司を外出したり、Ikeaのミートボールで馬の肉を検出したり、Snowball the catからの証拠となる髪のおかげで殺人者を捕獲したりするなど、折衷的な用途がありました。 ニック-コンリーは、数週間前に汚染物質を隠していると非難されたおいしい製品であるチョバニヨーグルトを取ることに決めました。 私はチョバニヨーグルトが大好きで、彼らの会社の本社はニューヨーク州北部の私から約一時間の小さな町にあります。
ニックは私に彼の会社、Epibiomeから彼のブログ記事を送り、優雅にそれを共有することを提供しています。 彼は物理学者アーロン-タインズ-ハンマックと物理化学者シャオ-ルー-リーによってEpibiomeに参加しています。 ニックの博士号は化学であり、スタンフォード大学で発生生物学のポスドクを行い、印象的な出版記録と化粧品会社を生み出しました。 しかし、私にとって最も重要なのは、彼がバセットハウンド、私の好きな犬を持っていることです。
多くのおかげでニック！
Sept9私はライム風味のチョバニギリシャヨーグルトのカップで自分自身に報酬を与えることにしたとき、私たちはちょうど顔のマイクロバイオームサ 奇妙なことに、カップの箔が膨らんでいた、ヨーグルトは薄く、それは非常に炭酸でした。 写真の”通常の”イチゴ風味のカップとの比較に注意してください。
googleで簡単に検索すると、ChobaniのFacebookページに移動し、多くの人が同じ問題を報告していることがわかりました。 多くの細菌は乳酸発酵が可能であるため、このファンキーなライムカップと”通常の”イチゴカップから細菌DNAを抽出し、16S rDNA配列決定を行い、存在する細菌を同定することにしました。
私たちが研究を開始して以来、Chobaniは自主的なリコールを発表し、汚染はカビ（Mucor circinelloides）からのものであると考えていると報告しています。
私たちの技術は、真菌の一種であるカビについてではなく、存在する細菌についての情報のみを提供します。 それにもかかわらず、私たちは、培養中に予期しない細菌が存在するかどうかを確認し、カビの汚染がヨーグルト培養中の元の細菌の組成をどのように変 数日以内に結果を報告します。
そして、はい、私はライムヨーグルトを食べ、私は大丈夫でした。 炭酸化は刺激的で、ケフィアのようなもの（モヒートのようなもの）を生成しました。）ヨーグルト。 ギリシャのヨーグルトの純粋主義者が問題を取るかもしれない間（彼らは実際にとにかく石灰風味のヨーグルトを食べ）、私はチョバニが乳酸発酵菌で炭酸化を達成し、新しい製品として発売することを試みるべきだと思います。
Sept10Chobani Greek yogurtサンプルからの細菌16S rDNA配列決定結果を発表します。
私たちは、IMS番号がFDAのリコールサイトに掲載されているものと正確に一致しているため、私たちの研究で使用されたライムカップがリコールに関与していたことを明確に判断しました（そしてヨーグルトはすべての特性を示していました）。 そのようなIMS番号は、その内容が正常に見えたイチゴのカップに位置することはできませんでしたので、リコールライムヨーグルトと比較するために使用しました。
私たちは、金型汚染物質とその非危険な性質を含む、リコールの原因についてチョバニが報告したものに異議を唱えません。 FDAはリコールされたヨーグルトに関連する病気の苦情を調査していますが、そのようなリンクが存在するかどうかの決定は行われていません。 重要なのは、以下に示すデータは、リコールされたChobaniヨーグルトが病気を引き起こしたり、あらゆる種類の病気を引き起こしたりすることができたことを示しているわけではありません。
私たちの研究は純粋に好奇心を満たすために行われたものであり、私たちの実験には次のようないくつかの欠点があります: (a)非常に小さなサンプルサイズ(n=2)、(b)0%fat strawberryと2%fat lime flavorsの比較、(c)ヨーグルトカップ内の不均一性、これは非代表的なサンプルが収集される可能性、(d)PCRバイアスPCRバイアス、(e)共通の16S rDNA配列を共有する生物の誤同定の可能性、(f)配列決定エラー、(g)誤ったアライメントデータベース、および(h)DNA汚染の可能性。 私たちが気づいていない他の欠点があるかもしれません。
以下は、通常出現するイチゴカップとリコールされたライムカップからの最も豊富な16S rDNA読み取りに関連する分類学的順序を示す円グラフである。
Chobaniは、彼らのヨーグルトにLactobacillus acidophilus、Lactobacillus casei、およびBifidusの3つのプロバイオティクス文化を持っていることを示しています。 最初の二つは分類学的順序Lactobacillalesに属し、後者はBifidobacterialesに属し、これは通常のイチゴカップ内の細菌DNAを配列決定することによって発見されたものと一致している。
しかし、リコールされたライムヨーグルトはかなり異なる分布を示しています。 このサンプルの合計1,950,616読み取りのうち、190,331（9.8％）はOceanospirillales注文に属していました。 幸いなことに、配列データには順序よりも多くの情報が含まれており、細菌（Oceanrickettsiaceae）と属（Oceanrickettsia）の分類学的ファミリーについての洞察も得られます。 しかし、同じ属（Oceanrickettsia ariakensis）を共有する生物のGenbankのGenbankの配列エントリのカップルを除いて、これらの細菌についてはほとんど何も知らないので、物事は非常に不明瞭 実際には、分類学的な家族と属が正式に受け入れられておらず、生物が「分類されていないGammaproteobacteria」のリストに降格されていることはほとんどありません。”
私たちが集めることができる小さなものから、南シナ海海洋学研究所に所属する二人の中国の科学者、博士。 Xiangyun WuとYang Zhangは、2005年にOceanrickettsia ariakensisの配列データをデータベースに寄託し、カキ（Crassostrea ariakensis）から細菌を単離したことを示した。 彼らは、細菌がカキに感染し、その大規模なダイオフに貢献したと信じていました。
この細菌がヒトに病原性を持つという証拠はないことに注意することは非常に重要です。 さらに、WuとZhangの作品は、独立して検証されていないか、または査読を受けていないようです（私たちの知る限り）。
これは、チョバニヨーグルトのリコールが牡蠣の汚染と関係があったことを意味しますか？ 絶対にない！ 我々が検出したDNAの細菌はすでにヨーグルトの成分の一つに少量存在していた可能性があり、カビがヨーグルトの培養を引き継いだとき、それはそれが繁栄することを可能にする条件を作り出した可能性があります。 この理論を支持して、我々はイチゴヨーグルトの注文Oceanospirillales（0.012％）に対応する198の1,713,939の合計のうち、読み取りを観察した。 または、おそらく私たちの調査結果は、汚染源に関するいくつかの洞察を提供します。 言うには時期尚早です。
しかし、私たちが言うことができるのは、細菌について学ぶべきことがたくさんあるということです。 私たちは、地球上の細菌種の約1％を培養することができます（したがって、徹底的に研究することができます）。 最新世代のシーケンシング技術を使用すると、すべてのシーケンスを行うことができます。 そこに他に何があるのだろうか？ 私たちもそうです。
私はチョバニヨーグルトを食べるのをやめておらず、まだ大ファンです！ 多くの信頼できるブランドは、その歴史の中でいくつかの点でリコールに直面しています。 微生物汚染は、食品製造業者の間で常に懸念されており、珍しいことではありません。 時間の圧倒的多数、私達が細菌を単に呼ぶ余分乗客は乗車のために、完全に見過ごされている行く。