Le cipolle devono essere conservate a temperatura ambiente, lontano dalla luce intensa e in un’area ben ventilata. Per realizzare al meglio questo obiettivo, metterli in un cesto appeso a filo o in una ciotola perforata con una base rialzata in modo che l’aria possa circolare sotto. La lunghezza della capacità di stoccaggio varia con il tipo di cipolla. Quelli che sono più pungenti nel sapore, come le cipolle gialle, manterranno più a lungo di quelli con un gusto più dolce, come le cipolle bianche, poiché i composti che producono il gusto acuto sono anche conservanti naturali. Le cipolle verdi devono essere conservate in un sacchetto di plastica perforato in frigorifero, dove rimarranno per circa una settimana. Tutte le cipolle devono essere conservate lontano dalle patate, in quanto assorbiranno l’umidità e il gas etilene, causando loro di rovinare più facilmente.
Il resto delle cipolle tagliate deve essere avvolto strettamente in un involucro di plastica o conservato in un contenitore sigillato. Si ossidano rapidamente, quindi dovrai usarli entro uno o due giorni. Le cipolle cotte manterranno il loro gusto migliore in un contenitore ermetico ma ancora terranno il loro sapore e freschezza per soltanto un giorno o due. Non conservarli in ciotole di metallo o contenitori di stoccaggio, in quanto ciò li farà scolorire. Le cipolle sbucciate e tritate possono essere congelate, ma questo processo farà perdere loro gran parte del loro sapore.