ダグラス・N・サイバーソン大尉が指揮を執ると、ハンリーは1962年7月25日にキューバ沖で整調訓練のため出航し、1962年9月6日まで訓練を行った。 9月28日にノーフォークに帰還し、整調後の改修は1962年12月8日まで行われた。 その後、ハンリーはニューヨーク市を3日間訪問し、海軍予備役将校セミナー”New Ships for the Modern Navy”を開催した。 1962年12月29日にノーフォークを出航しスコットランドのホーリー・ロッホに向かい、1963年1月9日に到着した。 ほぼ即座にプロテウス(Uss Proteus)から積み荷を降ろし始め、1963年3月15日に正式にホーリー湖で第14潜水戦隊に配属された。 この任務は1964年4月12日まで続き、ハンリーは新しいA3ポラリスミサイルを扱う能力を提供する変換のために出航した。 1964年6月15日にホーリー・ロッホでの任務を再開した。
ポラリスのマイルストーンは、1965年12月にUss Thomas A.EdisonがHunleyによる核弾道潜水艦（SSBN）の100回目の修理を開始するために一緒に来たときに達成されました。 これは、100隻のSSBN潜水艦がハンリーから時間通りに出ていたことを意味し、そのうちの1隻は哨戒から早期に帰還しなければならなかったことを意味していた。 これは、1963年1月9日にハンリーがホーリーロッホに到着して以来、約200ヶ月のポラリス、または16年半の水没した戦略的抑止力を表していました。 ハンリーのモットーは”私たちは平和を維持するために奉仕する”でした。 ハンリーは1966年後半にアメリカ合衆国に戻り、1967年にサウスカロライナ州チャールストンを出航した。 ハンリーは1967年のクリスマスの翌日にグアムに向けて出航し、1968年1月から6月までポラリス・ポイントでプロテウスを救助し、プロテウスは自己オーバーホールを行い、1968年7月にチャールストンに帰還した。 1971年、ハンリーはプロテウスが造船所に行くために再びグアムでプロテウスを解放した。 ハンリーがグアムにいる間、機械修理部門は米国の様々なユニットに4500時間の修理労働を費やした功績のあるユニット表彰を受けました。 太平洋艦隊所属。 1973年、ハンリーはオーバーホールのためにブレマートン造船所に戻った。 完成後、ハンリーはサウスカロライナ州チャールストンに戻り、大西洋艦隊に再就役した。 1978年、”ハンリー”は再びグアムで”プロテウス”を緩和するための準備のために、船体清掃と船体弁修理のためにボストン海軍造船所に行った。 グアムへの輸送では、”ハンリー”はパナマ運河を通過するのではなく、南アメリカを回った。 1980年、”ハンリー”は”プロテウス”に救助され、パナマ運河を経由してチャールストンに帰還した。
ハンリーは1994年9月30日に退役し、1995年5月3日に海軍艦艇登録簿から除籍され、1999年5月1日に海事委員会に引き渡された。 その後、ハンリーは2007年1月5日にサザン・スクラップ・マテリアルズ・カンパニーに売却され、スクラップとして売却された。