10年後、南北戦争が始まると、ジャクソンはバージニア軍の大佐に任命され、ハーパーズ・フェリーに派遣されました。 その後、彼は他の南軍に加わった。
ジャクソンが「ストーンウォール」というあだ名をつけたのは、第一次ブルランの戦いであった。 ジャクソン大佐の模範的な行動を使って軍隊を奨励した南軍のバーナード-ビー将軍によると、”彼と彼の軍隊は”石の壁のように”敵の攻撃に立ち上がった。
1861年11月、ジャクソンは少将に昇進し、シェナンドー渓谷全体の指揮権を与えられた。 バレー方面作戦として知られる一連の戦闘で、ジャクソンは北軍を打ち負かし、その努力は1862年6月8日と9日のクロス・キーズとポート・リパブリックの戦いで最高潮に達した。
ジャクソンはその後、ロバート・E・リー将軍と合流し、「七日間の戦い」と呼ばれるようになった。 最初の戦闘はあまり印象的ではなかったが、ジャクソンは1862年8月のシーダーマウンテンの戦いで北軍を打ち負かすことができ、これが第2次ブルランの戦いでの勝利の舞台となった。
ジャクソンはその後のアンティータム方面作戦でも成功し、中将に昇進した。
1862年12月、ジャクソンはフレデリックスバーグの戦いで部隊を指揮した。 その後のチャンセラーズビルの戦いでは、リーとジャクソンは第二次ブルランの戦術を繰り返した。; それは1863年5月2日にフッカー将軍の北軍に対する勝利を確実にした部隊による急旋回運動を含んでいた。
しかし、複雑な操作は致命的な結果をもたらした。 新たな北軍がジャクソンの部隊に前進したとき、その部隊に行軍を続けるよう促した。 直火を避けるために、ジャクソンは森を切り通し、自分の軍隊の最前線に終わった。 彼を敵と勘違いして、南軍兵士はジャクソンを撃った。 彼の負傷した腕は切断され、彼はすぐに肺炎を発症した。 ジャクソンは1863年5月10日、戦闘の場所から30マイル離れた病院で死亡した。