Michael Scofield (Wentworth Miller) har sporet Gretchen Morgan (Jodi Lyn O ‘ Keefe) Og James Whistler (Chris Vance) Til Los Angeles. Paret forhandler for «Scylla», et kort/plate med viktige Bedriftsdata, Og Whistler dreper sin nåværende eier i stedet for å betale for Det. Før Han og Gretchen kan fullføre sin operasjon, Michael kommer, planlegger å drepe dem som hevn For Drapet På Sara Tancredi (Sarah Wayne Callies). Gretchen hevder At Sara er i live, men før hun kan si noe annet, kommer politiet som svar På et mord begått Av Whistler. Ukjent For Gretchen, Whistler har kopiert Kortet, holde originalen for seg selv, og gi kopien til En Representant For Selskapet på vei ut. Når Generalen (Leon Russom) oppdager dette, beordrer Han Wyatt (Cress Williams), En bedriftsmorder, å få Gretchen drept.
Lincoln Burrows (Dominic Purcell) er fortsatt I Panama med Sofia Lugo (Danay Garcia) og Lj Burrows (Marshall Allman) når Michael kaller Ham. De diskuterer de siste hendelsene I Sona: fangene gjorde opprør, brente stedet ned og lot Theodore» T-Bag » Bagwell (Robert Knepper), Fernando Sucre (Amaury Nolasco) og Brad Bellick (Wade Williams) flykte. Michael spør også om Hvor sikker Lincoln er At Sara er død. Etter samtalen blir Michael kontaktet Av Alexander Mahone (William Fichtner) Og Whistler, som i hemmelighet jobber med Homeland Security for å ødelegge Selskapet. Nøkkelen til denne planen er Kortet, kodenavnet «Scylla», som inneholder informasjon om Alle Selskapets agenter og operasjoner, men kan bare dekodes fra et ukjent anlegg. Whistler antyder igjen At Sara fortsatt lever når Wyatt kommer og angriper Dem, dreper Whistler og henter den originale kopien Av Scylla. For å få vite sannheten, Reiser Michael til Chicago og kontakter saras venn Bruce Bennett (Wilbur Fitzgerald) for å finne ut om Sara fortsatt er i live, men blir tatt av politiet. I Mellomtiden blir Lincoln, Sofia og L. J. angrepet av En Firmaagent. Lincoln dreper morderen i en kamp, og blir arrestert av Det Panamanske politiet. Mahone returnerer til hjemmet til sin familie bare for å oppdage at det er et politigjerde utenfor Pam hjem. I frykt for At Noe kan ha skjedd Med Pam Og Cameron, går Han raskt ut av bilen og løper mot huset, men politimannen stopper ham og forteller ham «at du ikke vil gå inn der». Siden Han fortsatt er ønsket i Usa, Mahone er umiddelbart arrestert så vel.
Michael Og Lincoln blir gjenforent i varetekt av Agent Don Self (Michael Rapaport). Self er Homeland Security agent som jobbet ikke bare Med Whistler, Men Med Aldo Burrows( Anthony Denison), for å ta Ned Selskapet. Ute av stand til å stole på folk i regjeringen, Arrangerer Self Å få Michael og Lincoln til å være en del av en uoffisiell, off-the-books operasjon for å gjenopprette Scylla fra Selskapet, med deres frihet garantert når det er over. Brødrene avslo tilbudet. Bruce betaler sin kausjon, og når De blir løslatt, gjenforener Han Michael Med Sara, som har gjemt Seg fra Selskapet i Chicago etter å ha blitt torturert Av Gretchen. Når Wyatt angriper gruppen på deres angivelig hemmelig gjemmested, Michael, Lincoln og Sara bestemmer seg for Å bli Med Self team, tro at De bare kan være trygge når Selskapet er ødelagt. Også utarbeidet i teamet Er Mahone, Bellick Og Sucre-som ble fanget mens du prøver å besøke Sucre jente.
I en subplot, t-Bag er på vei fra Panama Til Usa, på jakt Etter Michael for å få sin hevn. Han prøver Å komme Til San Diego, etter retning skrevet I Whistlers bird book (som, ukjent for Ham, inneholder informasjon om hvor Han skal dekode Scylla), men sjåførene stjeler t-Bags penger og forlater ham i ørkenen med sin overvektige følgesvenn.