Algieria przez kilka lat znajdowała się pod bezpośrednim rządami wojskowymi, podczas których partia pozostawała w opozycji do rządu w pierwszej części wojny, zwłaszcza w 1995 podpisując umowę z platformą Sant ’ Egidio, która była bardzo krytyczna wobec wojskowego establishmentu. Po wewnętrznych zmaganiach o władzę i zmianie przywództwa powrócił do wspierania prezydentury. Po przywróceniu formalnej demokracji, FLN początkowo nie odzyskała znaczącej pozycji; w wyborach parlamentarnych w 1997 stała się trzecią co do wielkości partią, otrzymując 14% głosów i zdobywając 69 Z 231 mandatów. W wyborach w 2002 r. odniósł jednak osuwiskowe zwycięstwo, zdobywając 199 z 389 mandatów.
partia nominowała Alego Benflisa jako swojego kandydata w wyborach prezydenckich w 2004 roku. Zajął drugie miejsce za urzędującym Abdelazizem Boutefliką, ale otrzymał zaledwie 6,4% głosów. W 2005 FLN utworzyła Sojusz Prezydencki z Narodowym Rajdem na rzecz Demokracji (RND) i ruchem społeczeństwa na rzecz pokoju (MSP).
w wyborach parlamentarnych w 2007 roku FLN zmniejszyła się do 163 miejsc, chociaż Abdelaziz Belkhadem pozostał premierem FLN. Bouteflika był kandydatem partii w wyborach prezydenckich w 2009, które wygrał uzyskując 90% głosów.
w 2012 opuścił Sojusz Prezydencki i dołączył do Sojuszu zielonej Algierii. Pomimo tego, FLN pozostała największą partią po wyborach parlamentarnych w 2012 roku, zdobywając 208 z 462 mandatów. Bouteflika został ponownie wybrany z listy FLN w wyborach prezydenckich w 2014, uzyskując 82% głosów. Starszy i schorowany Bouteflika jest powszechnie postrzegany jako zwykły frontman czegoś, co często opisywano jako „mroczną” grupę generałów i oficerów wywiadu znaną Algierczykom zbiorowo jako le pouvoir („władza”) i której poszczególni członkowie są nazywani décideurs, a The Economist napisał w 2012 roku”najpotężniejszym człowiekiem w kraju może być Mohamed Mediene, znany jako Toufiq, który kierował wywiadem wojskowym przez dwie dekady”. Generał Mohamed Mediene, szef wywiadu wojskowego w latach 1990-2015, był znany jako czołowy décideur w le pouvior i za swoją tajemnicę z The Economist, w której 21 września 2013 r.donosił: „pomimo jego wiodącej roli w pokonaniu islamskich bojowników w brutalnej wojnie domowej w latach 1991-2000 i jego mniej publicznej roli jako króla w pouvoir, twarz generała Mediene pozostaje nieznana; mówi się, że każdy, kto go widział, wkrótce potem wygasa. 13 września 2015 ogłoszono, że Mediène przechodzi na emeryturę, a prezydent Bouteflika mianował na jego miejsce generała Athmane Tartaga. Dymisja Mediène ’ a była postrzegana jako kulminacja długiej „zakulisowej walki o władzę” z Boutefliką, pozostawiając tego ostatniego w pełni u władzy i dając mu więcej władzy w celu ustalenia własnego następcy.
w wyborach parlamentarnych w 2017 FLN zdobyła 164 z 462 mandatów, tracąc tym samym 44 mandaty; jednak dzięki dobrym wynikom RND (która zdobyła 100 miejsc), Sojusz Prezydencki był w stanie utrzymać większość parlamentarną i nadal rządzić krajem.
stosunki z żydowskimi Algierczykami Edytuj
Żydzi w Algierii otrzymali obywatelstwo francuskie w okresie kolonialnym, począwszy od 1870 roku, podczas gdy muzułmanie odmówili obywatelstwa przez Francuzów. Żydzi w Algierii byli postrzegani jako pośrednik w stosunkach francusko-muzułmańskich, jednak brak obywatelstwa w imieniu muzułmanów wywołał napięcie między tymi dwoma grupami. Podczas wojny algierskiej Żydzi czuli się zmuszeni do wyboru Stron; albo byli Algierczykami i walczyli z FLN o niepodległość, albo byli Francuzami i walczyli z Francuzami o utrzymanie Algierii jako kolonii. Na początku wojny algierskiej FLN zaoferowała Żydom możliwość przyłączenia się do ich wysiłków, a w zamian Żydzi otrzymaliby Algierskie obywatelstwo, gdy Algieria uzyska niepodległość. Większość Żydów w Algierii stanęła po stronie rządu francuskiego, ku przerażeniu FLN i ich zwolenników. W trakcie wojny Żydzi w Algierii zaczęli czuć się tak, jakby FLN była skierowana do Żydów, a nie tylko do Francuzów mieszkających w Algierii. Doprowadziło to do wzrostu napięć między Żydami i muzułmanami w okolicy. Po wojnie obywatelstwo Algierskie zostało rozszerzone tylko na muzułmanów, których ojcowie i dziadkowie byli muzułmanami w czasie, gdy FLN uzyskała niepodległość od rządu francuskiego. Algierscy Żydzi nie byli już uważani za Algierczyków, ale nadal zachowali obywatelstwo francuskie. Z francuskim obywatelstwem większość Żydów w Algierii zdecydowała się na emigrację do Francji, z niewielką liczbą Żydów decydujących się na emigrację do Izraela, a jeszcze mniejszą liczbą Żydów decydujących się na pozostanie w Algierii pod rządami FLN.