pierwsza i druga Republika
niezgoda i przemoc oznaczały Burundi od czasu uzyskania niepodległości. Chociaż w Rwandzie nie doszło do rozlewu krwi na taką skalę, konflikty etniczne spowodowały śmierć setek tysięcy osób i wysiedlenie setek tysięcy ludzi ze swoich domów. Do pierwszego incydentu doszło dopiero w styczniu 1965, kiedy to Pierre Ngendandumwe, Hutu, po raz drugi objął urząd premiera, na wniosek monarchy Konstytucyjnego, Mwami Mwambutsa. Ngendandumwe został zamordowany przez bandytę Tutsi 15 stycznia, zanim miał szansę na utworzenie rządu. Joseph Bamina, inny Hutu, następnie pełnił funkcję premiera do czasu przeprowadzenia wyborów jeszcze w tym samym roku. Chociaż wybory dały Hutu zdecydowaną większość miejsc w Zgromadzeniu Narodowym, Mwambutsa zignorował wyniki i mianował Tutsi-Léopolda Bihę, swojego prywatnego sekretarza-premiera. Mwambutsa nalegał, aby władza nadal spoczywała w koronie, nawet gdy zdecydował się opuścić kraj po nieudanym zamachu stanu dowodzonym przez grupę oficerów Hutu w październiku; zarządził, że jego syn, książę Karol Ndizeyeto, będzie rządził pod jego nieobecność.
Kontrola Burundi wpadła całkowicie w ręce Tutsi przed końcem następnego roku. Po nieudanym zamachu stanu, około 34 oficerów Hutu zostało straconych, a kontrola Tutsi została jeszcze wzmocniona, gdy Michel Micombero został mianowany premierem w lipcu 1966. Micombero, Tutsi-Bahima z prowincji Bururi, odegrał kluczową rolę w udaremnieniu zamachu stanu w 1965 roku i w organizowaniu zamieszek przeciwko Hutu na wsi. Również w lipcu 1966 r. Mwambutsa został obalony przez swojego syna, który rozpoczął niezwykle krótkie rządy, ponieważ sam został obalony przez polityków Tutsi w listopadzie. Wraz z formalnym obaleniem monarchii i formalnym proklamowaniem Pierwszej Republiki (z Micombero jako prezydentem), ostatnia przeszkoda na drodze dominacji Tutsi została usunięta.
żadne inne wydarzenie nie spowodowało większej dyskredytacji Pierwszej Republiki niż ludobójcze zabójstwa popełnione na społeczności Hutu w kwietniu i maju 1972 roku. Chociaż Hutu początkowo zabiło około 2000 Tutsi, ostatecznie około 100 000 do 200 000 Hutu zostało zabitych, a także kolejne 10 000 Tutsi. Rzeź pochłonęła życie około 5 procent populacji i praktycznie wyeliminowała wszystkich wykształconych Hutu, a także spowodowała, że ponad 100 000 Hutu uciekło z kraju. Oprócz tworzenia głębokiej i trwałej nienawiści po obu stronach podziałów etnicznych, wydarzenia z 1972 roku stały się źródłem znacznych napięć w mniejszości Tutsi, torując tym samym drogę do obalenia Micombero w 1976 roku i nadejścia Drugiej Republiki pod prezydenturą Jean-Baptiste Bagazy. Choć sam był Tutsi-Bahimą z Bururi (podobnie jak Micombero), Bagaza postanowił ożywić UPRONĘ na niespotykaną dotąd skalę. W tym samym czasie dołożono wszelkich starań, aby Kościół Rzymskokatolicki był mocno pod kontrolą państwa, ponieważ rząd kontrolowany przez Tutsi uważał, że polityka kościoła faworyzuje Hutu. W wyniku starań rządu działalność Kościoła została stłumiona.