Harpers Ferry foi fundada em 1732, por Pedro Stephens, cujo “posseiro os” direitos foram comprados em 1747 por Robert Harper, para quem a cidade foi nomeada. Em cerca de 1750 Harper recebeu uma patente de 125 acres (0,5 km2) no local atual da cidade. Em 1761 Harper estabeleceu uma balsa através do Rio Potomac, fazendo da cidade um ponto de partida para os colonos que se deslocam para o Vale de Shenandoah e mais a oeste. Em 1763, a Assembleia Geral da Virgínia estabeleceu a cidade de “Shenandoah Falls at Mr. Harper’s Ferry.Em 25 de outubro de 1783, Thomas Jefferson visitou Harpers Ferry. Ele viu “a passagem do Potomac embora o cume Azul” a partir de uma rocha que agora é nomeado para ele. Jefferson chamou o site de “talvez uma das cenas mais estupendas da natureza”.”
George Washington, presidente da Patowmack Empresa (que foi formada para concluir rio de melhorias no Potomac e seus afluentes), viajou para a Harpers Ferry, durante o verão de 1785, para determinar a necessidade de canais de bypass. Em 1794, a familiaridade de Washington com a área o levou a propor o local para um novo arsenal e arsenal dos Estados Unidos. Alguns membros da família de Washington mudaram-se para a área; Charles Washington, o irmão mais novo do Presidente, fundou a cidade de Charles Town, a cerca de seis milhas a sudoeste. O sobrinho-neto do Presidente Washington, o coronel Lewis Washington, foi feito refém durante o ataque de John Brown em 1859.Em 1796, o governo federal comprou uma parcela de terra aos herdeiros de Robert Harper, e três anos depois, a construção começou no arsenal e Arsenal dos EUA em Harpers Ferry. Entre 1801 e 1861, quando foi destruída para impedir a captura durante a Guerra Civil, o arsenal produziu mais de 600.000 mosquetes, rifles e pistolas. A industrialização continuou em 1833, quando o canal de Chesapeake & Ohio chegou a Harpers Ferry, ligando-o a Washington, D. C. Um ano depois, a ferrovia de Baltimore & Ohio começou o serviço de trem através da cidade.Em 16 de outubro de 1859, o abolicionista radical John Brown liderou um grupo de 21 homens em um ataque ao arsenal. Brown e seus homens atacaram e capturaram vários edifícios; ele esperava usar as armas capturadas para iniciar uma revolta de escravos em todo o sul. Os homens de John Brown foram rapidamente cercados por cidadãos e milícias locais, e forçados a refugiar-se na casa das máquinas adjacente ao arsenal. Um contingente de fuzileiros americanos, liderado pelo então tenente-coronel Robert E. Lee, invadiu a casa das máquinas e capturou a maioria dos raiders, matando alguns e sofrendo uma única baixa. Brown foi julgado por traição contra a comunidade da Virgínia, condenado e enforcado em Charles Town. O ataque foi um catalisador para a Guerra Civil.A Guerra Civil foi desastrosa para Harpers Ferry, que mudou de mãos oito vezes entre 1861 e 1865. Quando Virginia se separou em abril de 1861, a guarnição dos EUA tentou queimar o arsenal e destruir a maquinaria, para evitar que os confederados a usassem. Os locais salvaram o equipamento, que o Exército Confederado transferiu para um local mais seguro em sua capital Richmond. O Exército dos EUA nunca renovou a produção de armas em Harpers Ferry.
após o fim da Guerra Civil, em 1867, o historicamente black Storer College foi fundado em Camp Hill pelo Reverendo Nathan Cook Brackett. Entre os ex-alunos notáveis estão Don Redman e o primeiro presidente da República Federal da Nigéria, Nnamdi Azikiwe. = = ligações externas = = Em 15 de agosto de 1906, o movimento Niagara, liderado pelo autor e estudioso W. E. B. Du Bois e ativista político William Monroe Trotter, realizou sua primeira reunião em solo americano no campus do Storer College. O encontro de três dias, que foi realizado para garantir direitos civis para afro-americanos, foi mais tarde descrito por DuBois como “um dos maiores encontros que negros americanos já realizaram”. Em 1911, os membros do movimento Niagara juntaram-se a outros para formar a Associação Nacional para o avanço das pessoas de cor, mais conhecida como NAACP.
em 1944 a maior parte da cidade tornou-se parte do serviço do Parque Nacional e agora é mantida como o Parque Histórico Nacional Harpers Ferry. Todas as áreas da cidade fora do parque estão contidas no distrito histórico de Harpers Ferry.