identificarea prin ADN a avut utilizări eclectice: ieșirea sushi fals, detectarea cărnii de cal în chiftelele Ikea și capturarea unui criminal datorită unui fir de păr de la Snowball the cat, de exemplu. Nick Conley a decis să ia iaurtul Chobani, un produs delicios acuzat în urmă cu câteva săptămâni că adăpostește un contaminant. Îmi place Chobani iaurt și sediul companiei lor este într-un oraș mic aproximativ o oră de la mine în nordul statului New York.
Nick mi-a trimis postarea sa pe blog de la compania sa, Epibiome, și s-a oferit cu grație să o împărtășească. I s-au alăturat la Epibiome fizicianul Aaron Tynes Hammack și chimistul fizic Hsiao-lu Lee. Doctoratul lui Nick este în chimie și a făcut un post-doc în biologia dezvoltării, atât la Stanford, generând un record impresionant de publicații, cât și o companie de cosmetice. Dar cel mai important pentru mine este că el are basset hounds, câinele meu preferat.
Multe mulțumiri Nick!
9 septembrie tocmai am extras ADN bacterian dintr-un set de probe de microbiom facial când am decis să mă răsplătesc cu o ceașcă de iaurt grecesc Chobani cu aromă de var. În mod ciudat, folia de pe ceașcă era bombată, iaurtul era subțire și era extrem de carbonat. Rețineți comparația cu o ceașcă” normală ” cu aromă de căpșuni din fotografie.
o căutare rapidă pe google m-a adus pe pagina de Facebook a lui Chobani, care a arătat că mulți oameni raportau aceeași problemă. Deoarece o mulțime de bacterii sunt capabile de fermentare a acidului lactic, am decis să extragem ADN-ul bacterian din această ceașcă de var funky și o ceașcă de căpșuni „normală” și să facem secvențierea ADNR 16S pentru a identifica bacteriile prezente.
de când am început studiul nostru, Chobani a anunțat o rechemare voluntară și de atunci a raportat că crede că contaminarea provine dintr-o matriță (Mucor circinelloides).
tehnica noastră ne va oferi doar informații despre bacteriile prezente, nu despre mucegaiuri, care sunt un tip de ciupercă. Cu toate acestea, suntem foarte încântați să vedem dacă există bacterii neașteptate în cultură și să înțelegem cum contaminarea mucegaiului schimbă compoziția bacteriilor originale din cultura iaurtului. Vom raporta rezultatele noastre în câteva zile.
și da, am mâncat iaurtul de var și am fost bine. Carbonatarea a fost interesantă, generând un kefir-like (mojito-like?) iaurt. În timp ce puriștii greci de iaurt ar putea lua problema (oricum ar mânca cu adevărat iaurt cu aromă de var?), Cred că Chobani ar trebui să încerce să realizeze carbonatarea cu o bacterie care fermentează acidul lactic și să o lanseze ca produs nou.
Sept 10 suntem bucuroși să anunțăm rezultatele secvențierii ADNR bacteriene 16S din cele două probe de iaurt grecesc Chobani: o ceașcă cu aromă de căpșuni cu aspect normal și o ceașcă de tei rechemată.
am stabilit fără echivoc că cupa de var utilizată în studiul nostru a fost implicată în rechemare, deoarece numărul IMS se potrivește exact cu cel postat pe site-ul de rechemare FDA (iar iaurtul a prezentat toate caracteristicile). Niciun astfel de număr IMS nu a putut fi localizat pe cupa de căpșuni, al cărei conținut părea normal, așa că l-am folosit pentru a compara cu iaurtul de tei amintit.
nu contestăm nimic din ce a raportat Chobani despre cauza rechemării, inclusiv contaminantul mucegaiului și natura sa nepericuloasă. Deși FDA investighează plângerile de boală legate de iaurtul amintit, nu s-a stabilit dacă există sau nu o astfel de legătură. Important, datele pe care le prezentăm mai jos nu arată în niciun fel că iaurtul Chobani reamintit a fost capabil să provoace boli sau să provoace boli de orice fel.
studiul nostru a fost realizat doar pentru a satisface curiozitatea, iar experimentul nostru are mai multe deficiențe, inclusiv: (a) o dimensiune foarte mică a eșantioanelor (n = 2), (b) Compararea aromelor 0% de căpșuni grase și 2% de var gras, (c) neomogenitatea în cupa de iaurt, care ar putea duce la colectarea unei probe nereprezentative, (d) părtinire PCR părtinire PCR, (e) posibilitatea identificării greșite a organismelor care împărtășesc o secvență comună de ADNR 16S, (f) erori de secvențiere care duc la caracterizarea greșită a taxonomiei bacteriene, (g) baze de date de aliniere incorecte și (h) posibilitatea contaminării ADN-ului. Pot exista și alte neajunsuri de care nu suntem conștienți.
mai jos sunt diagrame plăcintă care arată ordinea taxonomică asociată cu cele mai abundente 16S ADNR citește din cupa de căpșuni care apare normal și cupa de tei amintit.
Chobani indică faptul că au trei culturi probiotice în iaurtul lor: Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei și Bifidus. Primele două aparțin ordinelor taxonomice Lactobacillales, iar acesta din urmă aparține Bifidobacteriales, care este în concordanță cu ceea ce am găsit prin secvențierea ADN-ului bacterian în Cupa normală de căpșuni.
cu toate acestea, iaurtul de var amintit prezintă o distribuție considerabil diferită. Dintr-un total de 1.950.616 citiri pentru acest eșantion, 190.331 (9,8%) aparțineau Ordinului Oceanospirillales. Din fericire, datele secvenței conțin mai multe informații decât ordinea; ele oferă, de asemenea, o perspectivă asupra familiei taxonomice a bacteriei (Oceanrickettsiaceae) și a genului (Oceanrickettsia). Acest lucru este în cazul în care lucrurile devin extrem de obscure, cu toate acestea, pentru că în afară de o serie de intrări de secvență în Genbank în Genbank pe un organism de partajare același gen (Oceanrickettsia ariakensis), nu știm aproape nimic despre aceste bacterii. Atât de puțin, de fapt, încât familia și genul taxonomic nu au fost acceptate formal și organismul a fost retrogradat într-o listă de „Gammaproteobacterii neclasificate.”
din ce puțin putem culege, doi oameni de știință chinezi afiliați la Institutul de Oceanologie al Mării Chinei de Sud, Drs. Xiangyun Wu și Yang Zhang au depus datele secvenței pentru Oceanrickettsia ariakensis în baza de date în 2005 și au indicat că au izolat bacteriile dintr-o stridie (Crassostrea ariakensis). Ei au crezut că bacteriile au infectat stridiile și au contribuit la moartea sa masivă.
este foarte important să rețineți că nu există dovezi că această bacterie ar fi patogenă la om. Mai mult, munca lui Wu și Zhang nu pare să fi fost verificată independent sau supusă evaluării inter pares (din câte știm noi).
asta înseamnă că rechemarea iaurtului Chobani a avut vreo legătură cu contaminarea stridiilor? Absolut nu! Este posibil ca bacteriile al căror ADN l-am detectat să fi fost deja prezente în cantități mici într-unul dintre ingredientele iaurtului, iar când mucegaiul a preluat cultura iaurtului, a creat condiții care i-au permis să prospere. În sprijinul acestei teorii, am observat 198 de citiri din totalul de 1.713.939 care corespundeau Ordinului Oceanospirillales (0,012%) în iaurtul de căpșuni. Sau poate descoperirile noastre oferă o perspectivă asupra sursei de contaminare. E prea devreme să spun.
dar ceea ce putem spune este că avem mult mai multe de învățat despre bacterii. Putem doar să cultivăm (și, prin urmare, să studiem cu atenție) aproximativ 1% din speciile bacteriene de pe planetă. Cu cea mai recentă generație de tehnologii de secvențiere, putem secvența totul. Mă întreb ce mai e acolo? Și noi la fel.
nu am încetat să mănânc Chobani iaurt și sunt încă un mare fan! Multe mărci de încredere s-au confruntat cu o rechemare la un moment dat în istoria lor. Contaminarea microbiană este o preocupare constantă în rândul producătorilor de alimente și nu este neobișnuită. Majoritatea covârșitoare a timpului, pasagerii suplimentari pe care îi numim bacterii merg pur și simplu la plimbare, complet neobservați.