první a druhá republika
nesoulad a násilí poznamenaly Burundi od nezávislosti. Ačkoli ke krveprolití nedošlo v měřítku, které bylo vidět ve Rwandě, etnický konflikt vyústil ve statisíce úmrtí a statisíce lidí byly vysídleny ze svých domovů. K prvnímu incidentu došlo až v lednu 1965, kdy se na žádost ústavního panovníka Mwami Mwambutsy podruhé ujal úřadu předsedy vlády Pierre Ngendandumwe. Ngendandumwe byl zavražděn Tutsijským střelcem 15. ledna, než měl šanci založit vládu. Joseph Bamina, další Hutu, pak sloužil jako předseda vlády, dokud se volby nemohly konat později v tomto roce. I když volbách dali Hutu jasnou většinu křesel v Národním Shromáždění, Mwambutsa ignoroval výsledky a jmenován Tutsi—Léopold Biha, jeho osobní tajemník předsedy vlády. Mwambutsa trval na tom, že moc bude i nadále odpočívat s korunou, i když se v říjnu rozhodl opustit zemi po neúspěšném převratu vedeném skupinou hutuských důstojníků; rozhodl, že jeho syn, princ Charles Ndizeyeto, bude vládnout v jeho nepřítomnosti.
kontrola Burundi padla zcela do rukou Tutsiů před koncem příštího roku. Po neúspěšném převratu bylo popraveno asi 34 hutuských důstojníků a Tutsijská kontrola byla dále posílena, když byl v červenci 1966 jmenován premiérem Michel Micombero. Tutsi-Bahima z provincie Bururi, Micombero hrál klíčovou roli při maření převratu v roce 1965 a při organizování anti-hutuských nepokojů na venkově. Také v červenci 1966 byl Mwambutsa sesazen svým synem, který zahájil mimořádně krátkou vládu, protože on sám byl v listopadu sesazen tutsijskými politiky. S formálním svržením monarchie a formálním vyhlášením první republiky (s Micomberem jako prezidentem) byla odstraněna poslední překážka v cestě Tutsijské nadvlády.
žádná jiná událost nevedla k větší diskreditaci první republiky než genocidní vraždy spáchané na komunitě Hutuů v dubnu a květnu 1972. Ačkoli Hutu zpočátku zabil asi 2 000 Tutsiů, nakonec bylo zabito odhadem 100 000 až 200 000 Hutuů a dalších 10 000 Tutsiů. Masakr si vyžádal životy přibližně 5 procent populace a prakticky vyloučeny všechny vzdělaný Hutu, stejně jako způsobuje více než 100.000 Hutu uprchnout ze země. Kromě toho vytváří hluboké a trvalé nenávisti na obou stranách etnické rozdělení, události roku 1972 se stal zdrojem značného napětí během Tutsijské menšiny, a tak připravuje půdu pro svržení Micombero v roce 1976 a nástup Druhé Republiky v rámci předsednictví Jean-Baptiste Bagaza. I když sám Tutsi-Bahima z Bururi (jako Micombero), Bagaza stanovené oživit UPRONA v nebývalém rozsahu. Ve stejné době, že bylo učiněno vše, aby Římsko-Katolická Církev pevně pod kontrolou státu, jako Tutsi-kontrolované vládou si myslel, že církev je politik příznivých Hutu. V důsledku úsilí vlády byla činnost církve potlačena.