o deset let později, na začátku občanské války, byl Jackson pověřen sloužit jako plukovník pro Virginské síly a byl vyslán do Harpers Ferry. Později se připojil k dalším jednotkám Konfederace.
právě v první bitvě u Bull Run si Jackson vysloužil přezdívku “ Stonewall.“On a jeho vojáci se postavili nepřátelskému útoku „jako kamenná zeď“, podle Konfederačního generála Barnarda Beea, který použil příkladné chování plukovníka Jacksona k povzbuzení svých sil.
v listopadu 1861 byl Jackson povýšen na generálmajora a dostal velení nad celým údolím Shenandoah. V sérii bitev, známých jako Valley Campaign, Jackson úspěšně porazil síly Unie, úsilí vyvrcholilo bitvami Cross Keys a Port Republic 8. a 9. Června 1862.
Jackson se pak připojil k generálu Robertu e. Leeovi v tom, co se stalo známým jako sedmidenní Bitva. I když jeho počáteční výkon nebyl působivé, Jackson byl schopen porazit síly Unie v srpnu 1862 v bitvě u Cedar Mountain, který připravil půdu pro vítězství v druhé bitvě u Bull Run.
Jackson byl také úspěšný v následné Antietamové kampani, kde byl povýšen na generálporučíka.
v prosinci 1862 Jackson velel vojskům v bitvě u Fredericksburgu. V následující bitvě u Chancellorsville, Lee a Jackson opakovali taktiku druhého býčího běhu; jednalo se o rychlý obrat vojsk, který zajistil jejich vítězství proti jednotkám Unie generála Hookera 2. května 1863.
složitý manévr však měl fatální následky. Když na Jacksonovy muže postupovaly čerstvé jednotky Unie, vyzval své síly, aby pokračovaly v pochodu. Aby se vyhnul otevřenému ohni, Jackson prořízl les a skončil na frontě svých vlastních jednotek. Zaměnit ho za nepřítele, vojáci Konfederace zastřelili Jacksona. Jeho zraněná ruka byla amputována a brzy se u něj vyvinul zápal plic. Jackson zemřel 10. Května 1863, v nemocnici 30 mil od místa bitvy.