identifikation-for-DNA har haft eklektisk anvendelse: udflugt falsk sushi, detektering af hestekød i Ikea kødboller og fangst af en morder takket være et afslørende hår fra snebold katten, for eksempel. Nick Conley besluttede at påtage sig Chobani yoghurt, et lækkert produkt, der for et par uger siden blev anklaget for at have en forurening. Jeg elsker Chobani yoghurt og deres firma hovedkvarter er i en lille by omkring en time fra mig i upstate NY York.
Nick sendte mig sit blogindlæg fra sit firma, Epibiome, og har nådigt tilbudt at dele det. Han er sammen med Epibiome af fysikeren Aaron Tynes Hammack og den fysiske kemiker Hsiao-lu Lee. Nicks ph. D.er i Kemi, og han gjorde en post-doc i udviklingsbiologi, både på Stanford, genererer en imponerende publikationsrekord og et kosmetikfirma. Men vigtigst for mig er, at han har basset hounds, min yndlingshund.
mange tak Nick!
September 9 Vi havde netop ekstraheret bakterielt DNA fra et sæt ansigtsmikrobiomprøver, da jeg besluttede at belønne mig selv med en kop lime-flavored Chobani græsk yoghurt. Mærkeligt nok svulmede folien på koppen, yoghurten var tynd, og den var ekstremt kulsyreholdig. Bemærk sammenligningen med en” normal ” jordbærsmagret kop på billedet.
en hurtig google-søgning bragte mig til Chobanis Facebook-side, som viste, at mange mennesker rapporterede det samme problem. Da masser af bakterier er i stand til mælkesyrefermentering, besluttede vi at udtrække det bakterielle DNA fra denne funky kalkkop og en “normal” jordbærkop og udføre 16S rDNA-sekventering for at identificere de tilstedeværende bakterier.
siden vi påbegyndte vores undersøgelse, Chobani annoncerede en frivillig tilbagekaldelse og har siden rapporteret, at den mener, at forureningen er fra en form (Mucor circinelloides).
vores teknik giver os kun information om de tilstedeværende bakterier, ikke om forme, som er en type svamp. Ikke desto mindre er vi meget glade for at se, om der er uventede bakterier i kulturen, og for at forstå, hvordan formforureningen ændrer sammensætningen af de originale bakterier i yoghurtkulturen. Vi rapporterer vores resultater inden for få dage.
og ja, jeg spiste lime yoghurt og jeg havde det fint. Karboneringen var spændende og genererede en kefir-lignende (mojito-lignende?) yoghurt. Mens græske yoghurt purister kan tage problem (ville de virkelig spise lime-flavored yoghurt alligevel?), Tror jeg Chobani bør forsøge at opnå carbonationen med en mælkesyrefermenterende bakterie og lancere den som et nyt produkt.
10.September vi er glade for at kunne annoncere de bakterielle 16S rDNA-sekventeringsresultater fra vores to Chobani græske yoghurtprøver: en jordbær-flavored kop med normalt udseende og en tilbagekaldt lime kop.
vi har bestemt utvetydigt, at kalkkoppen, der blev brugt i vores undersøgelse, var involveret i tilbagekaldelsen, fordi IMS-nummeret matcher nøjagtigt det, der blev offentliggjort på FDA-tilbagekaldelsesstedet (og yoghurten viste alle egenskaber). Intet sådant IMS-nummer kunne findes på jordbærkoppen, hvis indhold syntes normalt, så vi brugte det til at sammenligne med den tilbagekaldte kalkyoghurt.
vi bestrider ikke noget Chobani har rapporteret om årsagen til tilbagekaldelsen, herunder formforureningen og dens ikke-farlige natur. Selvom FDA undersøger klager over sygdom relateret til den tilbagekaldte yoghurt, er der ikke truffet nogen beslutning om, hvorvidt et sådant link eksisterer. Det er vigtigt, at de data, vi præsenterer nedenfor, ikke på nogen måde viser, at den tilbagekaldte Chobani yoghurt var i stand til at forårsage sygdom eller forårsaget sygdom af nogen art.
vores undersøgelse blev udført udelukkende for at tilfredsstille nysgerrighed, og vores eksperiment har flere mangler, herunder: (a) en meget lille prøvestørrelse (n = 2), (B) sammenligning af 0% fedt jordbær og 2% fedtkalksmag, (c) inhomogenitet i yoghurtkoppen, hvilket kan føre til, at der indsamles en ikke-repræsentativ prøve, (d) PCR-bias PCR-bias, (e) muligheden for fejlidentifikation af organismer, der deler en fælles 16S rDNA-sekvens, (f) sekventeringsfejl, der resulterer i forkert karakterisering af bakteriel taksonomi, (g) forkerte justeringsdatabaser og (h) mulighed for DNA-kontaminering. Der kan være andre mangler, som vi ikke er opmærksomme på.
nedenfor er cirkeldiagrammer, der viser den taksonomiske rækkefølge, der er forbundet med den mest rigelige 16S rDNA, der læses fra den normale udseende jordbærkop og den tilbagekaldte kalkkop.
Chobani indikerer, at de har tre probiotiske kulturer i deres yoghurt: Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei og Bifidus. De to første hører til taksonomiske ordrer Lactobacillales, og sidstnævnte hører til Bifidobacteriales, hvilket er i overensstemmelse med det, vi fandt ved sekventering af bakterielt DNA i den normale jordbærkop.
den tilbagekaldte kalkyoghurt viser imidlertid en betydeligt anden fordeling. Ud af i alt 1.950.616 læsninger for denne prøve tilhørte 190.331 (9,8%) ordenen Oceanospirillales. Heldigvis indeholder sekvensdataene mere information end ordren; de giver også indsigt i den taksonomiske familie af bakterien (Oceanrickettsiaceae) og slægten (Oceanrickettsia). Det er her, tingene bliver ekstremt uklare, fordi bortset fra et par sekvensposter i Genbank i Genbank på en organisme, der deler samme slægt (Oceanrickettsia ariakensis), ved vi næsten ingenting om disse bakterier. Så lidt, faktisk, at den taksonomiske familie og slægt ikke er formelt accepteret, og organismen er henvist til en liste over “uklassificerede Gammaproteobakterier.”
fra det lille, vi kan hente, to kinesiske forskere tilknyttet Det Sydkinesiske Havinstitut for Oceanologi, Drs. I 2005 deponerede sekvensdataene for Oceanrickettsia ariakensis i databasen og angav, at de isolerede bakterierne fra en østers (Crassostrea ariakensis). De troede, at bakterierne inficerede østersen og bidrog til dens massive dø-off.
det er meget vigtigt at bemærke, at der ikke er tegn på, at denne bakterie ville være patogen hos mennesker. Desuden ser det ikke ud til, at vi er blevet uafhængigt verificeret eller udsat for fagfællebedømmelse (efter vores bedste viden).
betyder det, at Chobani yoghurt tilbagekaldelse havde noget at gøre med østers forurening? Absolut ikke! Det er muligt, at de bakterier, hvis DNA vi opdagede, allerede har været til stede i små mængder i en af yoghurtens ingredienser, og da formen overtog yoghurtkulturen, skabte den forhold, der gjorde det muligt for den at trives. Til støtte for denne teori observerede vi 198 læser ud af 1.713.939 i alt, der svarede til order Oceanospirillales (0,012%) i jordbær yoghurt. Eller måske giver vores resultater en vis indsigt i forureningskilden. Det er for tidligt at sige.
men hvad vi kan sige er, at vi har meget mere at lære om bakterier. Vi kan kun Kultur (og derfor grundigt studere) omkring 1% af bakteriearterne på planeten. Med den nyeste generation af sekventeringsteknologier kan vi sekvensere alt. Gad vide hvad der ellers er derude? Det gør vi også.
jeg er ikke stoppet med at spise Chobani yoghurt og er stadig en stor fan! Mange pålidelige mærker har været udsat for en tilbagekaldelse på et tidspunkt i løbet af deres historie. Mikrobiel kontaminering er en konstant bekymring blandt fødevareproducenter og er ikke ualmindeligt. Det overvældende flertal af tiden, de ekstra passagerer, vi kalder bakterier, går simpelthen med på turen, helt ubemærket.